+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zvz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cytochrome c prime beta from Methylococcus capsulatus (Bath): Chemically Reduced Ferrous Form | ||||||
![]() | Cytochrome c | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome c prime / Beta-sheet | ||||||
機能・相同性 | Cytochrome P460 / Cytochrome P460 superfamily / Cytochrome P460 / metal ion binding / HEME C / Cytochrome c![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Adams, H.R. / Hough, M.A. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: A heme pocket aromatic quadrupole modulates gas binding to cytochrome c'-beta : Implications for NO sensors. 著者: Adams, H.R. / Svistunenko, D.A. / Wilson, M.T. / Fujii, S. / Strange, R.W. / Hardy, Z.A. / Vazquez, P.A. / Dabritz, T. / Streblow, G.J. / Andrew, C.R. / Hough, M.A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 55.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7zpsC ![]() 7zqzC ![]() 7zrwC ![]() 7zrxC ![]() 7zs4C ![]() 7zsvC ![]() 7zswC ![]() 7zsxC ![]() 7ztiC ![]() 6hihS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17370.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath / 遺伝子: ccp, MCA2394 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.4 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 15 mg/ml protein mixed with 10 mM ZnSO4, 35% PEG 550, 100 mM MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.68→43.09 Å / Num. obs: 44860 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 24.2 / Num. measured all: 299156 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6HIH 解像度: 1.68→37.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.124 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.56 Å2 / Biso mean: 31.401 Å2 / Biso min: 17.92 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.68→37.35 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.68→1.724 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|