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万見
- PDB-7zvy: Thermococcus kadokarensis phosphomannose isomerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zvy
タイトルThermococcus kadokarensis phosphomannose isomerase
要素(Cupin_2 domain-containing ...) x 4
キーワードISOMERASE / High pressure adaptation / proteins dynamics / neutron scattering
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cupin type-2 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Hoh, f. / Calio, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Unravelling the Adaptation Mechanisms to High Pressure in Proteins.
著者: Calio, A. / Dubois, C. / Fontanay, S. / Koza, M.M. / Hoh, F. / Roumestand, C. / Oger, P. / Peters, J.
履歴
登録2022年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cupin_2 domain-containing protein
B: Cupin_2 domain-containing protein
C: Cupin_2 domain-containing protein
D: Cupin_2 domain-containing protein
E: Cupin_2 domain-containing protein
F: Cupin_2 domain-containing protein
G: Cupin_2 domain-containing protein
H: Cupin_2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,90812
ポリマ－105,6468
非ポリマー2624
水90150
1
A: Cupin_2 domain-containing protein
G: Cupin_2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0385
ポリマ－25,8412
非ポリマー1963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area10290 Å2
2
B: Cupin_2 domain-containing protein
E: Cupin_2 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1942
ポリマ－26,1942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area10440 Å2
3
C: Cupin_2 domain-containing protein
D: Cupin_2 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1572
ポリマ－27,1572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10660 Å2
4
F: Cupin_2 domain-containing protein
H: Cupin_2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5203
ポリマ－26,4542
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area10350 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)91.158, 91.158, 113.378
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

-
Cupin 2 domain-containing ... , 4種, 8分子 ACDFBEHG

#1: タンパク質
Cupin_2 domain-containing protein


分子量: 13578.505 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK0503 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JD98
#2: タンパク質 Cupin_2 domain-containing protein


分子量: 13318.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Missing Nt 1-2 and Ct 113-116
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK0503 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JD98
#3: タンパク質 Cupin_2 domain-containing protein


分子量: 12875.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK0503 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JD98
#4: タンパク質 Cupin_2 domain-containing protein


分子量: 12262.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK0503 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JD98

-
非ポリマー , 2種, 54分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2M ammonium phosphate, 0.1M Tris pH 8.5 and 50 % V/V MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.288
11K, H, -L20.235
11-h,-k,l30.243
11-K, -H, -L40.233
反射解像度: 2.16→64.79 Å / Num. obs: 53371 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.16→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.661 / Num. unique obs: 5036 / CC1/2: 0.297 / % possible all: 98.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alphafold2

解像度: 2.16→64.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 11.897 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2889 1994 3.6 %RANDOM
Rwork0.2208 ---
obs0.2233 53371 98.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 159.33 Å2 / Biso mean: 63.241 Å2 / Biso min: 29.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.11 Å2-0 Å2-0 Å2
2---14.11 Å2-0 Å2
3---28.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.16→64.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7118 0 4 50 7172
Biso mean--50 55.48 -
残基数----856
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0137392
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0167005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1691.64910004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4341.58616181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.9995867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.23722.618401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.697151282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.1541538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2889
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.028217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021699
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr9.629314397
LS精密化 シェル解像度: 2.161→2.217 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 134 -
Rwork-3733 -
obs--93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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