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- PDB-7zvx: Crystal structure of human Annexin A2 in complex with full phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zvx
タイトルCrystal structure of human Annexin A2 in complex with full phosphorothioate 5-10 2'-methoxyethyl DNA gapmer antisense oligonucleotide solved at 2.4 A resolution
要素
  • 2'-methoxyethyl DNA gapmer antisense oligonucleotide
  • Annexin A2
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / nucleic acid binding / ASO / antisense oligonucleotide / phosphorothioate
機能・相同性
機能・相同性情報


AnxA2-p11 complex / membrane raft assembly / positive regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / positive regulation of vacuole organization / phospholipase A2 inhibitor activity / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / positive regulation of vesicle fusion / negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / myelin sheath adaxonal region / positive regulation of plasma membrane repair ...AnxA2-p11 complex / membrane raft assembly / positive regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / positive regulation of vacuole organization / phospholipase A2 inhibitor activity / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / positive regulation of vesicle fusion / negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / myelin sheath adaxonal region / positive regulation of plasma membrane repair / positive regulation of plasminogen activation / PCSK9-AnxA2 complex / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / cornified envelope / Schmidt-Lanterman incisure / vesicle budding from membrane / plasma membrane protein complex / calcium-dependent phospholipid binding / osteoclast development / negative regulation of receptor internalization / Dissolution of Fibrin Clot / S100 protein binding / collagen fibril organization / vesicle membrane / epithelial cell apoptotic process / phosphatidylserine binding / positive regulation of receptor recycling / positive regulation of exocytosis / basement membrane / Smooth Muscle Contraction / regulation of neurogenesis / cytoskeletal protein binding / fibrinolysis / lipid droplet / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / lung development / cell-matrix adhesion / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / response to activity / adherens junction / mRNA transcription by RNA polymerase II / serine-type endopeptidase inhibitor activity / sarcolemma / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear matrix / calcium-dependent protein binding / azurophil granule lumen / late endosome membrane / melanosome / : / midbody / protease binding / vesicle / angiogenesis / basolateral plasma membrane / early endosome / endosome / lysosomal membrane / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin A2 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. ...Annexin A2 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Annexin A2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hyjek-Skladanowska, M. / Anderson, B. / Mykhaylyk, V. / Orr, C. / Wagner, A. / Skowronek, K. / Seth, P. / Nowotny, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structures of annexin A2-PS DNA complexes show dominance of hydrophobic interactions in phosphorothioate binding.
著者: Hyjek-Skladanowska, M. / Anderson, B.A. / Mykhaylyk, V. / Orr, C. / Wagner, A. / Poznanski, J.T. / Skowronek, K. / Seth, P. / Nowotny, M.
履歴
登録2022年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Annexin A2
B: Annexin A2
C: 2'-methoxyethyl DNA gapmer antisense oligonucleotide
D: 2'-methoxyethyl DNA gapmer antisense oligonucleotide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,74528
ポリマ－90,4974
非ポリマー1,24824
水4,342241
1
A: Annexin A2
C: 2'-methoxyethyl DNA gapmer antisense oligonucleotide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,88314
ポリマ－45,2482
非ポリマー63512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Annexin A2
D: 2'-methoxyethyl DNA gapmer antisense oligonucleotide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,86114
ポリマ－45,2482
非ポリマー61312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.230, 60.360, 128.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Annexin A2 / Annexin II / Annexin-2 / Calpactin I heavy chain / Calpactin-1 heavy chain / Chromobindin-8 / ...Annexin II / Annexin-2 / Calpactin I heavy chain / Calpactin-1 heavy chain / Chromobindin-8 / Lipocortin II / Placental anticoagulant protein IV / PAP-IV / Protein I / p36


分子量: 35150.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: the first residue is derived from the expression vector
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANXA2, ANX2, ANX2L4, CAL1H, LPC2D / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07355
#2: DNA鎖 2'-methoxyethyl DNA gapmer antisense oligonucleotide


分子量: 10098.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: (K39)(N7X)(N7X)(K2F)(K39)(GS)(OKN)(PST)(GS)(GS)(PST)(PST)(AS)(PST)(GS),(K39)(N7X)(N7X)(K2F)(K39)(GS)(OKN)(PST)(GS)(GS)(PST)(PST)(AS)(PST)(GS),(K39)(N7X)(N7X)(K2F)(K39)(GS)(OKN)(PST)(GS)(GS) ...詳細: (K39)(N7X)(N7X)(K2F)(K39)(GS)(OKN)(PST)(GS)(GS)(PST)(PST)(AS)(PST)(GS),(K39)(N7X)(N7X)(K2F)(K39)(GS)(OKN)(PST)(GS)(GS)(PST)(PST)(AS)(PST)(GS),(K39)(N7X)(N7X)(K2F)(K39)(GS)(OKN)(PST)(GS)(GS)(PST)(PST)(AS)(PST)(GS),(K39)(N7X)(N7X)(K2F)(K39)(GS)(OKN)(PST)(GS)(GS)(PST)(PST)(AS)(PST)(GS)
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 12% w/v PEG 8000, 24% v/v ethylene glycol, 0.02 M sodium formate/ammonium acetate/trisodium citrate/sodium potassium L-tartrate/sodium oxamate, 0.1 M MES/imidazole pH 6.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→44.47 Å / Num. obs: 29215 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 37.59 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 8.96
反射 シェル解像度: 2.4→2.54 Å / Num. unique obs: 4021 / CC1/2: 0.54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSv3データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LPU

5lpu


解像度: 2.4→35.85 Å / SU ML: 0.3537 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.1888
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 1456 5 %
Rwork0.1852 27676 -
obs0.1881 29132 96.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→35.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4823 150 63 241 5277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00815255
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94487070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0466788
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076993
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.4016915
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.480.38581030.32961967X-RAY DIFFRACTION69.79
2.48-2.580.32761500.25892851X-RAY DIFFRACTION99.93
2.58-2.70.32621500.25532859X-RAY DIFFRACTION99.83
2.7-2.840.31191510.24222862X-RAY DIFFRACTION99.5
2.84-3.020.27751500.19232849X-RAY DIFFRACTION99.67
3.02-3.250.28421500.17762847X-RAY DIFFRACTION99.6
3.25-3.580.22431470.16882799X-RAY DIFFRACTION96.91
3.58-4.10.2131500.14962847X-RAY DIFFRACTION99.5
4.1-5.160.2051520.15062892X-RAY DIFFRACTION99.67
5.16-35.850.18341530.18442903X-RAY DIFFRACTION97.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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