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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zvu | ||||||
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タイトル | HUMAN PRMT5:MEP50 Crystal Structure With MTA and Fragment Bound | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / MTAP / methyl transferase / fragment-based lead discovery / FBDD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / histone H4R3 methyltransferase activity / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development ...positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / peptidyl-arginine N-methylation / oocyte axis specification / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / Golgi ribbon formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / histone H4R3 methyltransferase activity / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / histone arginine N-methyltransferase activity / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / protein-arginine N-methyltransferase activity / methylosome / methyl-CpG binding / endothelial cell activation / histone H3 methyltransferase activity / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / regulation of mitotic nuclear division / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / histone methyltransferase complex / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / histone methyltransferase activity / E-box binding / negative regulation of cell differentiation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / ribonucleoprotein complex binding / spliceosomal snRNP assembly / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / nuclear receptor coactivator activity / regulation of signal transduction by p53 class mediator / methyltransferase activity / liver regeneration / DNA-templated transcription termination / circadian regulation of gene expression / Regulation of TP53 Activity through Methylation / RMTs methylate histone arginines / protein polyubiquitination / transcription corepressor activity / p53 binding / snRNP Assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Ahmad, M.U. / Koelmel, W. / Arkhipova, V. / Lawson, J.D. / Smith, C.R. / Gunn, R.J. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2022 タイトル: Fragment optimization and elaboration strategies - the discovery of two lead series of PRMT5/MTA inhibitors from five fragment hits. 著者: Smith, C.R. / Kulyk, S. / Ahmad, M.U.D. / Arkhipova, V. / Christensen, J.G. / Gunn, R.J. / Ivetac, A. / Ketcham, J.M. / Kuehler, J. / Lawson, J.D. / Thomas, N.C. / Wang, X. / Marx, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zvu.cif.gz | 211.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zvu.ent.gz | 162.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zvu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/7zvu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/7zvu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7uy1C 7uyfC 7zupC 7zuqC 7zuuC 7zuyC 7zv2C 7zvlC 8csgC 8ctbC 5emlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 73763.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT5, HRMT1L5, IBP72, JBP1, SKB1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O14744, type II protein arginine methyltransferase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 37862.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR77, MEP50, WD45, HKMT1069, Nbla10071 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9BQA1 |
-非ポリマー , 4種, 317分子
#3: 化合物 | ChemComp-MTA / | ||
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#4: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 14% PEG3350, 100 mM Na citrate pH 5.4, 100mM Carboxylic acids |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9197 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9197 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.946→109.78 Å / Num. obs: 60214 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.946→2.174 Å / Num. unique obs: 3012 / CC1/2: 0.79 / % possible all: 75.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5EML 解像度: 1.95→109.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 118.1 Å2 / Biso mean: 30.664 Å2 / Biso min: 14.14 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→109.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→1.996 Å
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