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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zvp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of poplar glutathione transferase U19 in complex with glutathione | ||||||
![]() | Glutathione transferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Glutathione / Tau | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to chemical / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Didierjean, C. / Favier, F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Biochemical and Structural Insights on the Poplar Tau Glutathione Transferase GSTU19 and 20 Paralogs Binding Flavonoids. 著者: Sylvestre-Gonon, E. / Morette, L. / Viloria, M. / Mathiot, S. / Boutilliat, A. / Favier, F. / Rouhier, N. / Didierjean, C. / Hecker, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 783.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 785.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7zs3SC ![]() 7zznC ![]() 8a08C ![]() 8a0iC ![]() 8a0oC ![]() 8a0pC ![]() 8a0qC ![]() 8a0rC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25053.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: POPTR_008G174900 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GS8 / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Calcium acetate hydrate, 0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5 and 18 % w/v PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.61→48.1 Å / Num. obs: 39646 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.61→1.64 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1927 / CC1/2: 0.94 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7ZS3 解像度: 1.61→48.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU R Cruickshank DPI: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.103 / SU Rfree Blow DPI: 0.098 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.092
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.07 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.61→48.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.61→1.62 Å /
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