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- PDB-7zv9: Crystal structure of FLT3 in complex with a monomeric FLT3 Ligand... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zv9
タイトルCrystal structure of FLT3 in complex with a monomeric FLT3 Ligand variant
要素
  • Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
  • Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Inactive complex / Complex / Receptor Tyrosine Kinase / RTK-III
機能・相同性
機能・相同性情報


FLT3 mutants bind TKIs / KW2449-resistant FLT3 mutants / semaxanib-resistant FLT3 mutants / crenolanib-resistant FLT3 mutants / gilteritinib-resistant FLT3 mutants / lestaurtinib-resistant FLT3 mutants / midostaurin-resistant FLT3 mutants / pexidartinib-resistant FLT3 mutants / ponatinib-resistant FLT3 mutants / quizartinib-resistant FLT3 mutants ...FLT3 mutants bind TKIs / KW2449-resistant FLT3 mutants / semaxanib-resistant FLT3 mutants / crenolanib-resistant FLT3 mutants / gilteritinib-resistant FLT3 mutants / lestaurtinib-resistant FLT3 mutants / midostaurin-resistant FLT3 mutants / pexidartinib-resistant FLT3 mutants / ponatinib-resistant FLT3 mutants / quizartinib-resistant FLT3 mutants / sorafenib-resistant FLT3 mutants / sunitinib-resistant FLT3 mutants / tandutinib-resistant FLT3 mutants / linifanib-resistant FLT3 mutants / tamatinib-resistant FLT3 mutants / leukocyte homeostasis / lymphocyte proliferation / pro-B cell differentiation / common myeloid progenitor cell proliferation / dendritic cell differentiation / vascular endothelial growth factor receptor activity / nuclear glucocorticoid receptor binding / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / STAT5 Activation / myeloid progenitor cell differentiation / FLT3 signaling through SRC family kinases / cellular response to glucocorticoid stimulus / cytokine receptor activity / embryonic hemopoiesis / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / growth factor binding / cellular response to cytokine stimulus / hemopoiesis / PI3K Cascade / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / animal organ regeneration / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / FLT3 signaling by CBL mutants / : / Negative regulation of FLT3 / FLT3 Signaling / B cell differentiation / positive regulation of MAP kinase activity / cytokine activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / receptor tyrosine kinase binding / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cytokine-mediated signaling pathway / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / regulation of apoptotic process / protein autophosphorylation / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endosome membrane / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / cell surface / signal transduction / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular region / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flt3 ligand / flt3 ligand / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Four-helical cytokine-like, core / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain ...Flt3 ligand / flt3 ligand / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Four-helical cytokine-like, core / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3 / Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.507 Å
データ登録者Pannecoucke, E. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO) ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of FLT3 in complex with a monomeric FLT3 Ligand variant
著者: Pannecoucke, E. / Savvides, S.N.
履歴
登録2022年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
B: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
C: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
D: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
E: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
F: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
G: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
H: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
I: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
J: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
K: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
L: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
M: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
N: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
O: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
P: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)668,00826
ポリマ－664,57716
非ポリマー3,43110
水00
1
A: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
B: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Experiments to support the assembly include multi-angle laser-light scattering experiments online to a size-exclusion chromatographic column and isothermal titration calorimetry.
  • 83.5 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5144
ポリマ－83,0722
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
D: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,4963
ポリマ－83,0722
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
F: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,4963
ポリマ－83,0722
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
H: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2933
ポリマ－83,0722
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
J: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,4963
ポリマ－83,0722
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
L: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,4963
ポリマ－83,0722
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
M: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
N: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,4963
ポリマ－83,0722
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
O: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
P: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7184
ポリマ－83,0722
非ポリマー6462
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.208, 139.215, 143.689
Angle α, β, γ (deg.)90.02, 90.03, 89.99
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Fms-related tyrosine kinase 3 ligand / Flt3 ligand / Flt3L / SL cytokine


分子量: 17764.242 Da / 分子数: 8 / 変異: L27D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLT3LG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49771
#2: タンパク質
Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3 / FL cytokine receptor / Fetal liver kinase-2 / FLK-2 / Fms-like tyrosine kinase 3 / FLT-3 / Stem ...FL cytokine receptor / Fetal liver kinase-2 / FLK-2 / Fms-like tyrosine kinase 3 / FLT-3 / Stem cell tyrosine kinase 1 / STK-1


分子量: 65307.824 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLT3, CD135, FLK2, STK1 / プラスミド: pcDNA4/TO / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Human embryonic kidney 293 / Variant (発現宿主): MGAT-/- TR+ / 参照: UniProt: P36888, receptor protein-tyrosine kinase
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.9 M ammonium sulfate 10% PEG 8000 MES buffer pH 8.3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.3→50 Å / Num. obs: 68007 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 1.68 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 7.64
反射 シェル解像度: 4.3→4.6 Å / 冗長度: 1.66 % / Mean I/σ(I) obs: 0.44 / Num. unique obs: 1187 / CC1/2: 0.222 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PHENIX1.20-4459精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PDB-REDO精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QS7

3qs7


解像度: 4.507→47.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.841 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.792 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 1.136
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2913 2027 -RANDOM
Rwork0.2777 ---
obs0.2784 42090 66.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 200.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9395 Å25.463 Å2-10.0354 Å2
2---9.1462 Å20.657 Å2
3---11.0857 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.01 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.507→47.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26467 0 224 0 26691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00527132HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8337588HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6770SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4917HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it26892HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4555SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14098SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.61
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.37
LS精密化 シェル解像度: 4.51→4.64 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3118 32 -
Rwork0.2067 --
obs0.2114 842 15.7 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.50644.9421-2.02174.22990.55014.8870.20920.0687-0.07620.0687-0.385-0.9412-0.0762-0.94120.17580.2210.2172-0.3040.60780.05620.3467-117.3807-54.351971.4293
216.62742.42394.203112.2065-0.361216.63490.1330.7782-1.08820.77820.1327-1.0885-1.0882-1.0885-0.2657-0.00960.1574-0.2037-0.36160.01580.6077-68.7438-36.631232.1762
316.6348-0.5547-4.050112.72862.053816.6280.0623-0.59330.316-0.5933-0.3856-1.04540.316-1.04540.32330.0329-0.0131-0.0003-0.2927-0.16720.6078-68.674-97.67873.4088
45.6467-4.0566-1.07993.4444-0.80914.88390.0122-0.2719-0.3521-0.2719-0.31621.058-0.35211.0580.30410.15-0.1371-0.27840.60790.14710.5519-14.9145-53.931336.0178
57.94284.79312.93654.0774-0.85596.4382-0.14220.15460.37340.1546-0.21311.0880.37341.0880.3553-0.00010.13370.12270.60770.27180.5764-15.2288-80.3029-0.7681
614.11361.69592.973215.37-5.820816.63050.1073-0.79311.0883-0.7931-0.3070.71181.08830.71180.1998-0.29880.14540.0183-0.11160.20180.6081-35.5807-69.9578-32.762
73.8152-3.57720.17347.33431.85334.5828-0.17250.4674-1.08850.4674-0.06150.1857-1.08850.18570.2340.6082-0.1962-0.30390.27910.21980.3702-53.0697-16.0663-36.6832
811.2486-0.5217-1.303916.62765.820816.6330.585-1.0424-1.0885-1.0424-0.2057-0.9393-1.0885-0.9393-0.3793-0.19410.1591-0.30430.0299-00.6076-96.6902-64.608938.9437
92.0612-3.6658-0.11736.1011-1.34875.43750.18451.06610.83721.0661-0.52180.13210.83720.13210.33740.6078-0.26380.01830.089-0.1190.4531-78.9028-118.396135.1541
1011.97370.3673-2.130216.6342-5.820316.62530.36621.0886-1.0881.0886-0.64270.8487-1.0880.84870.2765-0.410.07-0.15820.16030.16270.5966-35.625-64.409968.118
113.54133.3951-0.08712.04692.93133.3196-0.11450.25331.08860.25330.20810.34791.08860.3479-0.09360.6080.2474-0.03890.21260.18110.4449-53.2123-118.64171.9764
1216.635-5.8202-5.822511.54470.559616.6253-0.48451.08851.08871.08850.53770.88051.08870.8805-0.0532-0.0403-0.0495-0.0612-0.21760.05160.6079-63.5959-97.6548-39.7585
1310.4567-4.65763.60414.99380.02615.4482-0.0084-0.00270.1661-0.0027-0.229-1.08880.1661-1.08880.23740.0425-0.22330.1690.608-0.06870.2995-117.5024-80.0149-35.8578
1415.5516-2.806-2.670415.93455.819616.6317-0.00261.05221.08891.05220.3492-0.72411.0889-0.7241-0.3466-0.1491-0.06220.0888-0.1105-0.00030.593-96.4097-70.1515-3.4446
155.09675.241-1.31410.1175-4.93387.7239-0.1737-0.4083-1.0085-0.4083-0.14950.1138-1.00850.11380.32320.60820.091-0.25520.0634-0.14650.0239-79.1803-16.2034-0.3407
1615.72974.53145.821713.39190.258316.6369-0.4959-0.5413-0.9381-0.54130.59171.0894-0.93811.0894-0.0958-0.19850.0628-0.1917-0.31590.12760.6052-63.3061-36.86474.9481
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ N|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ O|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ P|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ C|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ D|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ E|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ F|* }
10X-RAY DIFFRACTION10{ G|* }
11X-RAY DIFFRACTION11{ H|* }
12X-RAY DIFFRACTION12{ I|* }
13X-RAY DIFFRACTION13{ J|* }
14X-RAY DIFFRACTION14{ K|* }
15X-RAY DIFFRACTION15{ L|* }
16X-RAY DIFFRACTION16{ M|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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