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- PDB-7zuv: Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii chloroplastic sedo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zuv
タイトルCrystal structure of Chlamydomonas reinhardtii chloroplastic sedoheptulose-1,7-bisphosphatase in reducing conditions
要素FBPase domain-containing protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Sedoheptulose-1 / 7-bisphosphatase / calvin-benson cycle / chloroplast / Chlamydomonas reinhardtii
機能・相同性
機能・相同性情報


sedoheptulose-bisphosphatase activity / sucrose biosynthetic process / starch biosynthetic process / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / gluconeogenesis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sedoheptulose-1,7-bisphosphatase / Fructose-1,6-bisphosphatase, active site / Fructose-1-6-bisphosphatase active site. / Fructose-1,6-bisphosphatase class 1 / Fructose-1-6-bisphosphatase class I, N-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase class 1, C-terminal / Fructose-1-6-bisphosphatase, N-terminal domain / Fructose-1-6-bisphosphatase, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Le Moigne, T. / Robert, G.Q. / Lemaire, S.D. / Henri, J.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用
ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2024
タイトル: Characterization of chloroplast ribulose-5-phosphate-3-epimerase from the microalga Chlamydomonas reinhardtii.
著者: Meloni, M. / Fanti, S. / Tedesco, D. / Gurrieri, L. / Trost, P. / Fermani, S. / Lemaire, S.D. / Zaffagnini, M. / Henri, J.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structure of the photosynthetic Calvin-Benson-Bassham sedoheptulose-1,7-bisphosphatase SBPase from the model microalga Chlamydomonas reinhardtii
著者: Le Moigne, T. / Santoni, M. / Jomat, L. / Lemaire, S.D. / Zaffagnini, M. / Cheron, N. / Henri, J.
履歴
登録2022年5月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FBPase domain-containing protein
B: FBPase domain-containing protein
C: FBPase domain-containing protein
D: FBPase domain-containing protein
E: FBPase domain-containing protein
F: FBPase domain-containing protein
G: FBPase domain-containing protein
H: FBPase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,95810
ポリマ－289,7658
非ポリマー1922
水00
1
A: FBPase domain-containing protein
ヘテロ分子

D: FBPase domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5373
ポリマ－72,4412
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area22330 Å2
2
B: FBPase domain-containing protein
F: FBPase domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4412
ポリマ－72,4412
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area22140 Å2
3
C: FBPase domain-containing protein
H: FBPase domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4412
ポリマ－72,4412
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area21550 Å2
4
G: FBPase domain-containing protein
ヘテロ分子

E: FBPase domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5373
ポリマ－72,4412
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area21070 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)53.774, 163.462, 172.765
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))
21(chain B and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))
31(chain C and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))
41(chain D and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))
51(chain E and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))
61(chain F and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))
71(chain G and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))
81(chain H and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLY(chain A and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))AA78 - 11618 - 56
12LEULEU(chain A and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))AA131 - 38671 - 326
21GLYGLY(chain B and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))BB78 - 11618 - 56
22LEULEU(chain B and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))BB131 - 38671 - 326
31GLYGLY(chain C and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))CC78 - 11618 - 56
32LEULEU(chain C and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))CC131 - 38671 - 326
41GLYGLY(chain D and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))DD78 - 11618 - 56
42LEULEU(chain D and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))DD131 - 38671 - 326
51GLYGLY(chain E and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))EE78 - 11618 - 56
52LEULEU(chain E and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))EE131 - 38671 - 326
61GLYGLY(chain F and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))FF78 - 11618 - 56
62LEULEU(chain F and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))FF131 - 38671 - 326
71GLYGLY(chain G and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))GG78 - 11618 - 56
72LEULEU(chain G and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))GG131 - 38671 - 326
81GLYGLY(chain H and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))HH78 - 11618 - 56
82LEULEU(chain H and (resid 78 through 116 or resid 131 through 386))HH131 - 38671 - 326

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要素

#1: タンパク質
FBPase domain-containing protein / Sedoheptulose-1 / 7-bisphosphatase / chloroplastic


分子量: 36220.684 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: CHLRE_03g185550v5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K3DY10, sedoheptulose-bisphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 200mM lithium sulfate, 100mM tris-HCl pH7, 1 M sodium/potassium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→48.54 Å / Num. obs: 53456 / % possible obs: 99.65 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 68.45 Å2 / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Net I/σ(I): 8.54
反射 シェル解像度: 3.11→3.221 Å / Num. unique obs: 5213 / CC1/2: 0.479 / CC star: 0.805

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7B2O

7b2o


解像度: 3.11→48.54 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2312 1984 3.71 %
Rwork0.1951 51462 -
obs0.1964 53446 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 145.25 Å2 / Biso mean: 68.4124 Å2 / Biso min: 26.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.11→48.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18704 0 10 0 18714
Biso mean--94.37 --
残基数----2451
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7136X-RAY DIFFRACTION7.569TORSIONAL
12B7136X-RAY DIFFRACTION7.569TORSIONAL
13C7136X-RAY DIFFRACTION7.569TORSIONAL
14D7136X-RAY DIFFRACTION7.569TORSIONAL
15E7136X-RAY DIFFRACTION7.569TORSIONAL
16F7136X-RAY DIFFRACTION7.569TORSIONAL
17G7136X-RAY DIFFRACTION7.569TORSIONAL
18H7136X-RAY DIFFRACTION7.569TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.11-3.180.36621370.33353460359793
3.18-3.270.35921450.279336353780100
3.27-3.370.27991380.263237233861100
3.37-3.480.2981350.247636103745100
3.48-3.60.29071500.243737513901100
3.6-3.740.25771410.225836523793100
3.74-3.910.24431390.201436913830100
3.91-4.120.23471530.192136983851100
4.12-4.380.2081400.174536563796100
4.38-4.720.18681380.152736983836100
4.72-5.190.21551370.154437033840100
5.19-5.940.23641470.178537303877100
5.94-7.480.21741440.185537053849100
7.48-48.540.15651400.161837503890100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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