PDB-7zun: Crystal structure of PIM1 in complex with a Pyrrolo-Pyrazinone co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zun

タイトル

Crystal structure of PIM1 in complex with a Pyrrolo-Pyrazinone compound

要素

Isoform 2 of Serine/threonine-protein kinase pim-1

キーワード

TRANSFERASE / PIM1 / ATP BINDING / KINASE INHIBITOR

機能・相同性

non-specific serine/threonine protein kinase / Chem-JYO / Isoform 2 of Serine/threonine-protein kinase pim-1

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Casale, E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Chirality / 年: 2022
タイトル: Stereoselective synthesis of 3,4-dihydropyrrolo[1,2-a]pyrazin-1(2H)-one derivatives as PIM kinase inhibitors inspired from marine alkaloids.
著者: Casuscelli, F. / Ardini, E. / Avanzi, N. / Badari, A. / Casale, E. / Disingrini, T. / Donati, D. / Ermoli, A. / Felder, E.R. / Galvani, A. / Isacchi, A. / Menichincheri, M. / Montemartini, M. ...

履歴

登録	2022年5月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2022年10月12日	Group: Atomic model / Database references / カテゴリ: atom_site / citation Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zun.cif.gz	123.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zun.ent.gz	92.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zun.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/7zun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/7zun	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yhsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isoform 2 of Serine/threonine-protein kinase pim-1

ヘテロ分子

36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.090, 95.090, 80.181
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Isoform 2 of Serine/threonine-protein kinase pim-1 分子量: 35835.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: residue SEP 261 is a PHOSPHOSERINE THE FIRST TWO RESIDUES AT THE N-TERMINAL GLY AND PRO ARE EXPRESSION TAG 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P11309-2, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-JYO / (4~{S})-4-(2-azanylethyl)-6-phenyl-7-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]-3,4-dihydropyrrolo[1,2-a]pyrazin-1-ol 分子量: 415.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₀F₃N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6 / 詳細: 20% PEG 3350K, 0.3 M NACL, 0.1 M TRIS-HCL PH 7.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→36.7 Å / Num. obs: 14258 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / R_merge(I) obs: 0.47 / Num. unique obs: 6771 / CC_1/2: 0.807 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YHS

1yhs

解像度: 2.5→36.655 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 8.666 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.317 / ESU R Free: 0.245 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	716	5.031 %
R_work	0.1744	13516	-
all	0.177	-	-
obs	-	14232	99.15 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.926 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.293 Å²	0.646 Å²	0 Å²
2-	-	1.293 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.193 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.655 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2186	0	30	46	2262

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.015	2095
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.315	1.654	3099
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.294	1.586	4814
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.62	5	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.734	21.603	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.882	15	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.234	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2555
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	547
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	970
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.091	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.24	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.606	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.644	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.046	5.005	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.045	5.002	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.752	7.491	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.751	7.494	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.256	5.294	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.255	5.294	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.164	7.817	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.163	7.816	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.315	56.072	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.318	56.059	2487

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.333	56	0.27	985	X-RAY DIFFRACTION	99.4269
2.565-2.635	0.336	47	0.248	978	X-RAY DIFFRACTION	99.418
2.635-2.712	0.301	62	0.233	936	X-RAY DIFFRACTION	99.4024
2.712-2.795	0.235	53	0.231	921	X-RAY DIFFRACTION	99.3878
2.795-2.886	0.214	47	0.202	889	X-RAY DIFFRACTION	99.4687
2.886-2.988	0.272	26	0.19	854	X-RAY DIFFRACTION	98.434
2.988-3.1	0.253	52	0.184	833	X-RAY DIFFRACTION	99.5501
3.1-3.227	0.296	23	0.181	812	X-RAY DIFFRACTION	99.4048
3.227-3.37	0.262	45	0.177	768	X-RAY DIFFRACTION	99.5104
3.37-3.534	0.233	43	0.181	735	X-RAY DIFFRACTION	99.8716
3.534-3.725	0.215	40	0.174	696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.725-3.95	0.223	34	0.149	670	X-RAY DIFFRACTION	99.0155
3.95-4.222	0.188	23	0.143	634	X-RAY DIFFRACTION	99.848
4.222-4.56	0.21	24	0.128	592	X-RAY DIFFRACTION	99.0354
4.56-4.993	0.199	29	0.131	532	X-RAY DIFFRACTION	98.0769
4.993-5.58	0.176	35	0.156	468	X-RAY DIFFRACTION	98.4344
5.58-6.438	0.251	42	0.172	398	X-RAY DIFFRACTION	96.4912
6.438-7.873	0.257	20	0.176	367	X-RAY DIFFRACTION	99.7423
7.873-11.084	0.217	11	0.144	282	X-RAY DIFFRACTION	97.6667
11.084-36	0.191	4	0.246	166	X-RAY DIFFRACTION	96.0452

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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