PDB-7zui: PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B (PBP-1B) in complex with lactone 5A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zui

タイトル

PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B (PBP-1B) in complex with lactone 5Az - Streptococcus pneumoniae R6

要素

Penicillin-binding protein 1b

キーワード

TRANSFERASE / CELL WALL / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS ENZYME / INFECTION / DRUG-BINDING PROTEIN / LACTAM ANTIBIOTICS

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Flanders, P.L. / Contreras-Martel, C. / Martins, A. / Brown, N.W. / Shirley, J.D. / Nauta, K.M. / Dessen, A. / Carlson, E.E. / Ambrose, E.A.

資金援助

フランス,

米国, 6件

組織	認可番号	国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-10-INBS-0005-02	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-17-EURE-0003	フランス
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	R01 GM128439	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	K12 GM119955	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	TL1R002493	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	UL1TR002494	米国

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Combined Structural Analysis and Molecular Dynamics Reveal Penicillin-Binding Protein Inhibition Mode with beta-Lactones.
著者: Flanders, P.L. / Contreras-Martel, C. / Brown, N.W. / Shirley, J.D. / Martins, A. / Nauta, K.N. / Dessen, A. / Carlson, E.E. / Ambrose, E.A.

履歴

登録	2022年5月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zui.cif.gz	201.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zui.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zui.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/7zui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/7zui	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zuhC 7zujC 7zukC 7zulC 2bg1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Penicillin-binding protein 1b

ヘテロ分子

90.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.025, 149.061, 99.226
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-915- CL
2	1	AAA-1470- HOH
3	1	AAA-1574- HOH

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein 1b 分子量: 89461.227 Da / 分子数: 1 / 変異: N656G R686Q R687Q / 由来タイプ: 組換発現詳細: ENGINEERED RESIDUE ASN 656 TO GLY ENGINEERED RESIDUE ARG 686 TO GLN ENGINEERED RESIDUE ARG 687 TO GLN 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: pbp1b, spr1909 / プラスミド: PGEX-Amp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q7CRA4, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの, peptidoglycan glycosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-K2O / 6-azido-N-[(2R)-1-oxidanylidene-1-[[(2S,3R)-3-oxidanyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]amino]propan-2-yl]hexanamide / Beta-lactone antibacterial agent (open form) 分子量: 313.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₃N₅O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 50MM HEPES PH 7.2, 3M NACL, 0.6-0.9M AMMONIUM SULFATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965459 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.965459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.568→48.02 Å / Num. obs: 98508 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 34.821 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 10.62
反射シェル	解像度: 1.568→1.66 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 15029 / CC_1/2: 0.447 / R_sym value: 1.221 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	20210323	データ削減
XSCALE	20210323	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BG1 WITHOUT RESIDUES 654 TO 660

2bg1

解像度: 1.57→48.013 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 2.915 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.06 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1814	2458	2.495 %
R_work	0.1538	96049	-
all	0.155	-	-
obs	-	98507	99.343 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.839 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.293 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.091 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.384 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→48.013 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3506	0	51	589	4146

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3639
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3342
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.245	1.642	4944
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.419	1.578	7700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.105	5	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.69	23.804	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.022	15	598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.004	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	478
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	843
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	784
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	3143
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1829
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	404
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.19	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.288	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.033	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.126	2.783	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.126	2.783	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.628	4.172	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.628	4.172	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.087	3.179	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.086	3.179	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.846	4.6	2647
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.845	4.601	2648
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.954	36.59	4453
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.801	34.904	4310

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.57-1.611	0.386	185	0.394	7032	0.394	7274	0.579	0.595	99.2164	0.402
1.611-1.655	0.331	195	0.334	6838	0.334	7056	0.687	0.702	99.674	0.332
1.655-1.703	0.284	185	0.281	6678	0.281	6891	0.835	0.818	99.5937	0.274
1.703-1.755	0.258	159	0.24	6516	0.24	6697	0.867	0.879	99.6715	0.222
1.755-1.813	0.234	151	0.205	6338	0.205	6506	0.908	0.919	99.7387	0.184
1.813-1.876	0.185	158	0.175	6084	0.175	6260	0.95	0.946	99.7125	0.153
1.876-1.947	0.198	164	0.166	5890	0.167	6076	0.949	0.955	99.6379	0.147
1.947-2.026	0.165	125	0.154	5700	0.154	5847	0.957	0.965	99.6237	0.137
2.026-2.116	0.167	142	0.141	5459	0.142	5623	0.967	0.975	99.6087	0.13
2.116-2.219	0.172	153	0.132	5144	0.133	5379	0.964	0.973	98.4756	0.124
2.219-2.339	0.176	114	0.128	4974	0.129	5103	0.961	0.975	99.7061	0.125
2.339-2.48	0.175	109	0.134	4715	0.135	4842	0.967	0.971	99.6283	0.135
2.48-2.651	0.174	108	0.142	4444	0.143	4568	0.965	0.97	99.6497	0.149
2.651-2.863	0.185	96	0.163	4147	0.164	4264	0.957	0.962	99.5075	0.176
2.863-3.135	0.193	94	0.164	3801	0.165	3920	0.957	0.96	99.3622	0.185
3.135-3.503	0.147	80	0.14	3481	0.14	3586	0.97	0.973	99.3028	0.166
3.503-4.042	0.166	78	0.13	3015	0.131	3180	0.96	0.969	97.2642	0.165
4.042-4.941	0.143	70	0.122	2590	0.122	2700	0.978	0.98	98.5185	0.162
4.941-6.951	0.186	62	0.153	2029	0.154	2124	0.964	0.97	98.4463	0.193
6.951-48.013	0.216	30	0.178	1174	0.179	1257	0.952	0.969	95.7836	0.233

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.0941	1.3812	-4.6041	0.805	-1.1893	3.2159	-0.1194	-0.1006	0.1299	-0.0436	0.0557	0.0238	-0.05	0.0425	0.0637	0.1355	-0.0717	-0.0085	0.1257	0.0421	0.1414	19.588	38.6713	-43.1524
2	2.9613	1.1227	0.9776	6.4216	3.6823	8.8791	-0.0947	-0.0991	0.1232	0.1991	-0.0261	0.0884	-0.1389	0.3028	0.1207	0.0907	-0.0775	0.0008	0.1274	0.077	0.1844	17.3436	38.5627	-35.2707
3	0.623	-0.0148	-0.167	0.6328	0.0123	0.5873	-0.0193	-0.0486	0.0304	0.0353	-0.011	0.0108	-0.016	-0.0371	0.0303	0.0537	-0.0065	0.0055	0.0698	-0.0038	0.1205	30.6118	56.693	-59.1528
4	1.0869	-0.2565	-0.0427	0.9757	-0.0091	1.1496	-0.0238	0.1081	0.0624	-0.0769	-0.0172	0.0449	-0.0933	-0.0752	0.041	0.066	-0.0114	-0.0049	0.0692	0.0033	0.1098	33.7392	56.5013	-69.8673
5	3.0155	1.7421	-0.1236	3.6647	0.1331	2.4376	0.0154	0.4819	0.6235	-0.4659	0.0986	0.206	-0.7076	-0.1813	-0.1139	0.2927	0.0674	0.008	0.1012	0.1312	0.2289	28.4011	82.331	-77.5241

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	337 - 362
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	363 - 389
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	AAA	390 - 600
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	AAA	601 - 744
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	AAA	745 - 790

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)