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- PDB-7ztv: Crystal structure of mutant AR-LBD (F755L) bound to dihydrotestos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ztv
タイトルCrystal structure of mutant AR-LBD (F755L) bound to dihydrotestosterone
要素Androgen receptor
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Hormone Receptor / Nuclear Receptor / DHT Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


reproductive behavior / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / copulation / male sex differentiation / skeletal muscle hypertrophy / regulation of prostatic bud formation / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / male courtship behavior / positive regulation of penile erection / ribonucleotide binding ...reproductive behavior / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / copulation / male sex differentiation / skeletal muscle hypertrophy / regulation of prostatic bud formation / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / male courtship behavior / positive regulation of penile erection / ribonucleotide binding / reproductive structure development / Ub-specific processing proteases / male somatic sex determination / : / lateral sprouting involved in mammary gland duct morphogenesis / SUMOylation of intracellular receptors / reproductive system development / POU domain binding / negative regulation of integrin biosynthetic process / regulation of developmental growth / male genitalia morphogenesis / positive regulation of integrin biosynthetic process / Nuclear Receptor transcription pathway / intracellular receptor signaling pathway / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / animal organ formation / androgen binding / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / Leydig cell differentiation / regulation of systemic arterial blood pressure / epithelial cell morphogenesis / prostate gland growth / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / membraneless organelle assembly / prostate gland epithelium morphogenesis / cellular response to testosterone stimulus / fertilization / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / nuclear androgen receptor binding / cellular response to steroid hormone stimulus / morphogenesis of an epithelial fold / seminiferous tubule development / androgen receptor signaling pathway / response to testosterone / single fertilization / mammary gland alveolus development / regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / positive regulation of phosphorylation / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of cell differentiation / molecular condensate scaffold activity / response to insulin / multicellular organism growth / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / positive regulation of miRNA transcription / male gonad development / nuclear receptor activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / MAPK cascade / response to estradiol / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ATPase binding / regulation of gene expression / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / transcription cis-regulatory region binding / nuclear speck / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / axon / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Androgen receptor / Androgen receptor / : / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...Androgen receptor / Androgen receptor / : / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE / Androgen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Alegre-Marti, A. / Jimenez-Panizo, A. / Estebanez-Perpina, E. / Fuentes-Prior, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: A hotspot for posttranslational modifications on the androgen receptor dimer interface drives pathology and anti-androgen resistance.
著者: Alegre-Marti, A. / Jimenez-Panizo, A. / Martinez-Tebar, A. / Poulard, C. / Peralta-Moreno, M.N. / Abella, M. / Anton, R. / Chinas, M. / Eckhard, U. / Piulats, J.M. / Rojas, A.M. / Fernandez- ...著者: Alegre-Marti, A. / Jimenez-Panizo, A. / Martinez-Tebar, A. / Poulard, C. / Peralta-Moreno, M.N. / Abella, M. / Anton, R. / Chinas, M. / Eckhard, U. / Piulats, J.M. / Rojas, A.M. / Fernandez-Recio, J. / Rubio-Martinez, J. / Le Romancer, M. / Aytes, A. / Fuentes-Prior, P. / Estebanez-Perpina, E.
履歴
登録2022年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Androgen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3653
ポリマ－29,0121
非ポリマー3532
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, immunoprecipitation, mass spectrometry, native gel electrophoresis, surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.175, 65.798, 72.307
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Androgen receptor / Dihydrotestosterone receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 4


分子量: 29012.059 Da / 分子数: 1 / 変異: F755L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Ar, Nr3c4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15207
#2: 化合物 ChemComp-DHT / 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE / ジヒドロテストステロン


分子量: 290.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H30O2 / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium chloride tris sodium acetate trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.95 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月4日
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→56.18 Å / Num. obs: 18026 / % possible obs: 88.1 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 84880 / Scaling rejects: 635
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.94-1.993.80.614394210270.8540.3630.722.876.8
9.1-56.184.80.04812002490.9980.0230.05419.599.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T7T

1t7t


解像度: 1.94→48.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.367 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 888 4.9 %RANDOM
Rwork0.2156 ---
obs0.2176 17086 87.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.24 Å2 / Biso mean: 37.285 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.31 Å20 Å2-0 Å2
2---3.13 Å20 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→48.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1983 0 25 44 2052
Biso mean--30.54 36.28 -
残基数----243
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0122062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4811.6222788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6455241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.77422.018109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.37515370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8461513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021521
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.991 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.449 71 -
Rwork0.414 1085 -
all-1156 -
obs--78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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