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- PDB-7ztf: Penicillium expansum antifungal protein B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ztf
タイトルPenicillium expansum antifungal protein B
要素Antifungal protein
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / Penicillium expansum / antifungal protein B
機能・相同性Antifungal protein / Antifungal protein domain superfamily / Antifungal protein / defense response to fungus / killing of cells of another organism / Antifungal protein
機能・相同性情報
生物種Penicillium expansum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Gallego del Sol, F. / Marina, A. / Manzanares, P. / Marcos, J.F. / Giner Llorca, M.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities スペイン
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Rationally designed antifungal protein chimeras reveal new insights into structure-activity relationship.
著者: Giner-Llorca, M. / Del Sol, F.G. / Marcos, J.F. / Marina, A. / Manzanares, P.
履歴
登録2022年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antifungal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8385
ポリマ－6,7081
非ポリマー1294
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area4200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.332, 46.332, 42.089
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-279-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Antifungal protein


分子量: 6708.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Penicillium expansum (菌類) / 参照: UniProt: A0A0A2K0J0
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% jeffamine M60C, 10% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 83 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→40.125 Å / Num. all: 21626 / Num. obs: 21626 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.6 % / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.065 / Rsym value: 0.063 / Net I/av σ(I): 4.3 / Net I/σ(I): 40.1 / Num. measured all: 337920
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs
1.1-1.1615.20.0778.14739031120.020.0790.07730.5
1.16-1.2315.20.0669.44466529380.0180.0690.06634.2
1.23-1.3116.10.0659.24469227800.0170.0670.06536.5
1.31-1.4215.30.069.73950125800.0160.0620.0638.7
1.42-1.5616.40.058103919123920.0150.060.05842.8
1.56-1.7416.30.0589.83547121810.0150.060.05845.5
1.74-2.01150.0589.42911819450.0150.060.05845.6
2.01-2.4616.50.0599.32697316350.0150.0610.05949.6
2.46-3.48150.0628.11945113000.0170.0640.06248
3.48-42.089150.0717.5114687630.0190.0730.07148.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ha4

6ha4


解像度: 1.1→40.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 0.491 / SU ML: 0.011 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1383 1062 4.9 %RANDOM
Rwork0.1161 ---
obs0.1172 20536 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.11 Å2 / Biso mean: 9.15 Å2 / Biso min: 2.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å2-0.1 Å2-0 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.1→40.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数457 0 4 89 550
Biso mean--10.01 19.99 -
残基数----57
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.019526
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5131.945714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00431166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.16571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.6842425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.6615115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.253153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0298
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr9.48931015
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.957560
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.47751027
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.129 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.113 68 -
Rwork0.105 1492 -
all-1560 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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