[日本語] English
万見
- PDB-7ztb: Structure of the Salmonella tRNA pyrophosphokinase CapRel -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ztb
タイトルStructure of the Salmonella tRNA pyrophosphokinase CapRel
要素RelA/SpoT family protein
キーワードTOXIN / toxin-antitoxin / small alarmone synthetase / tRNA pyrophosphokinase / CapRel / bacterial defence
機能・相同性Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Salmonella (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.312 Å
データ登録者Garcia-Pino, A.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS) ベルギー
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Direct activation of a bacterial innate immune system by a viral capsid protein.
著者: Zhang, T. / Tamman, H. / Coppieters 't Wallant, K. / Kurata, T. / LeRoux, M. / Srikant, S. / Brodiazhenko, T. / Cepauskas, A. / Talavera, A. / Martens, C. / Atkinson, G.C. / Hauryliuk, V. / ...著者: Zhang, T. / Tamman, H. / Coppieters 't Wallant, K. / Kurata, T. / LeRoux, M. / Srikant, S. / Brodiazhenko, T. / Cepauskas, A. / Talavera, A. / Martens, C. / Atkinson, G.C. / Hauryliuk, V. / Garcia-Pino, A. / Laub, M.T.
履歴
登録2022年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月27日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entry_details ...entity_src_gen / pdbx_entry_details / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RelA/SpoT family protein
B: RelA/SpoT family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7645
ポリマ－85,6832
非ポリマー813
水4,089227
1
A: RelA/SpoT family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9003
ポリマ－42,8411
非ポリマー582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RelA/SpoT family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8642
ポリマ－42,8411
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.573, 136.196, 57.782
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 RelA/SpoT family protein


分子量: 42841.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salmonella (サルモネラ菌) / 遺伝子: J46_0058
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化温度: 277.16 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: peg 20000, 20%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.312→68.1 Å / Num. obs: 20877 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 59.56 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.312→2.61 Å / Rmerge(I) obs: 1.292 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1044 / CC1/2: 0.531

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (3-FEB-2022)精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6S2T

6s2t


解像度: 2.312→68.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.357
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2648 1065 5.1 %RANDOM
Rwork0.2118 ---
obs0.2145 20877 63.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 68.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.6132 Å20 Å21.147 Å2
2--5.0095 Å20 Å2
3---2.6037 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.312→68.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5304 0 3 228 5535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085389HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.977277HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1898SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes910HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5389HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.86
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion741SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4303SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.312→2.5 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3287 -5.5 %
Rwork0.2738 395 -
obs--6.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.13080.3125-0.22710.02140.45380.82420.1029-0.03060.0887-0.0194-0.042-0.01460.0486-0.0357-0.0608-0.1523-0.011-0.01510.06830.02950.0128-8.862913.0971-17.8803
20.7112-0.4546-0.23840.73721.12390.6507-0.07520.07440.00240.24590.00420.06620.3359-0.01920.0710.06430.06610.145-0.07630.0683-0.0478-31.651347.169615.2267
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る