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- PDB-7zt2: Structure of E8 TCR in complex with human MR1 bound to 5-OP-RU -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zt2
タイトルStructure of E8 TCR in complex with human MR1 bound to 5-OP-RU
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • E8 TCR Alpha
  • E8 TCR beta
  • Major histocompatibility complex class I-related gene protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR / MR1 / 5-OP-RU
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression ...positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / defense response to Gram-negative bacterium / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2LJ / Beta-2-microglobulin / Major histocompatibility complex class I-related gene protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Karuppiah, V. / Srikannathasan, V. / Robinson, R.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2023
タイトル: Promiscuous recognition of MR1 drives self-reactive mucosal-associated invariant T cell responses.
著者: Chancellor, A. / Alan Simmons, R. / Khanolkar, R.C. / Nosi, V. / Beshirova, A. / Berloffa, G. / Colombo, R. / Karuppiah, V. / Pentier, J.M. / Tubb, V. / Ghadbane, H. / Suckling, R.J. / Page, ...著者: Chancellor, A. / Alan Simmons, R. / Khanolkar, R.C. / Nosi, V. / Beshirova, A. / Berloffa, G. / Colombo, R. / Karuppiah, V. / Pentier, J.M. / Tubb, V. / Ghadbane, H. / Suckling, R.J. / Page, K. / Crean, R.M. / Vacchini, A. / De Gregorio, C. / Schaefer, V. / Constantin, D. / Gligoris, T. / Lloyd, A. / Hock, M. / Srikannathasan, V. / Robinson, R.A. / Besra, G.S. / van der Kamp, M.W. / Mori, L. / Calogero, R. / Cole, D.K. / De Libero, G. / Lepore, M.
履歴
登録2022年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
D: E8 TCR Alpha
E: E8 TCR beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2307
ポリマ－97,7904
非ポリマー4403
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9020 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area36820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.190, 103.850, 117.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 Major histocompatibility complex class I-related gene protein / MHC class I-related gene protein / Class I histocompatibility antigen-like protein


分子量: 33782.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95460
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質 E8 TCR Alpha


分子量: 22884.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 E8 TCR beta


分子量: 29243.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 58分子

#5: 化合物 ChemComp-2LJ / 1-deoxy-1-({2,6-dioxo-5-[(E)-propylideneamino]-1,2,3,6-tetrahydropyrimidin-4-yl}amino)-D-ribitol / 5-(2-oxopropylideneamino)-6-D-ribitylaminouracil


分子量: 316.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H20N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 8.5, 20 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→59.24 Å / Num. obs: 44054 / % possible obs: 99.12 % / 冗長度: 15.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 3.872 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2149 / CC1/2: 0.419 / Rpim(I) all: 1.073 / Rrim(I) all: 4.022 / % possible all: 98.17

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PJ7

4pj7


解像度: 2.4→59.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 30.23 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.337 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27621 2160 4.9 %RANDOM
Rwork0.21548 ---
obs0.21856 41848 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.013 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å2-0 Å20 Å2
2--3.36 Å2-0 Å2
3----4.13 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→59.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6362 0 30 55 6447
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0136606
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0155931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5591.6468971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.191.5813675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8235784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.61522.674374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.42151071
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.751538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021616
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3865.3823151
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3865.3823150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2888.0653930
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2878.0653931
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.315.4933455
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.315.4943456
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1438.1895042
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.74659.5096951
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.74659.5146952
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 169 -
Rwork0.397 3014 -
obs--97.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9802-0.0577-1.41841.167-0.15522.02330.0996-0.0933-0.0537-0.3068-0.0541-0.3189-0.15570.1385-0.04560.2354-0.01670.09590.4499-0.00090.109319.16916.485-16.057
21.32560.3261-0.39943.08080.24316.1472-0.08360.4242-0.1738-0.9690.02870.18190.4574-0.18450.05490.4961-0.00130.01230.4712-0.02450.08213.7621.851-35.178
33.28320.4289-1.93081.4507-0.67745.51390.07-0.4717-0.24940.3224-0.1163-0.04540.17250.31140.04630.1968-0.0669-0.07690.25630.07530.059-1.9691.85530.428
42.00870.3044-0.85550.6072-1.00654.22860.1155-0.0912-0.06990.23290.03410.0722-0.141-0.365-0.14960.1588-0.01740.01220.20010.04070.0221-19.8956.59623.308
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 301
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3D3 - 187
4X-RAY DIFFRACTION4E2 - 242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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