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- PDB-7zsf: Structure of Orange Carotenoid Protein with canthaxanthin bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zsf
タイトルStructure of Orange Carotenoid Protein with canthaxanthin bound
要素Orange carotenoid-binding protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / photoreceptor / carotenoid
機能・相同性
機能・相同性情報


light absorption / phycobilisome / chloride ion binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photoreceptor activity
類似検索 - 分子機能
Orange carotenoid-binding protein, N-terminal / Orange carotenoid-binding protein, N-terminal domain superfamily / Orange carotenoid protein, N-terminal / Orange carotenoid protein (OCP) N-terminal domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / NTF2-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta,beta-carotene-4,4'-dione / ACETATE ION / Orange carotenoid-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Chukhutsina, V.U. / Baxter, J.M. / Fadini, A. / Morgan, R.M. / Pope, M.A. / Maghlaoui, K. / Orr, C. / Wagner, A. / van Thor, J.J.
資金援助European Union, 英国, 5件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization (EMBO)EMBO ALTF 244-2017European Union
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission839389European Union
Leverhulme TrustRPG-2018-372 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/D524840/1 英国
Wellcome Trust202926/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Light activation of Orange Carotenoid Protein reveals bicycle-pedal single-bond isomerization.
著者: Chukhutsina, V.U. / Baxter, J.M. / Fadini, A. / Morgan, R.M. / Pope, M.A. / Maghlaoui, K. / Orr, C.M. / Wagner, A. / van Thor, J.J.
履歴
登録2022年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orange carotenoid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6275
ポリマ－35,8761
非ポリマー7514
水6,990388
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area630 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area14330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.569, 82.569, 87.365
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-731-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Orange carotenoid-binding protein / OCP


分子量: 35875.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ...詳細: PFTIDSARGIFPNTLAADVVPATIARFSQLNAEDQLALIWFAYLEMGKTLTIAAPGAASMQLAENALKEIQAMGPLQQTQAMCDLANRADTPLCRTYASWSPNIKLGFWYRLGELMEQGFVAPIPAGYQLSANANAVLATIQGLESGQQITVLRNAVVDMGFTAGKDGKRIAEPVVPPQDTASRTKVSIEGVTNATVLNYMDNLNANDFDTLIELFTSDGALQPPFQRPIVGKENVLRFFREECQNLKLIPERGVTEPAEDGFTQIKVTGKVQTPWFGGNVGMNIAWRFLLNPEGKIFFVAIDLLASPKELLNF
由来: (組換発現) Synechocystis (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: slr1963 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: P74102

-
非ポリマー , 5種, 392分子

#2: 化合物 ChemComp-45D / beta,beta-carotene-4,4'-dione / Isomer of Canthaxanthin / カンタキサンチン


分子量: 564.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.5, 10 % poly-ethylene glycol 20,000, 3 % glycerol

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
2501N
3501N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0310.9796
シンクロトロンDiamond I2324.42801
シンクロトロンDiamond I2334.27532
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER2 XE 16M1PIXEL2019年7月4日
DECTRIS PILATUS 12M2PIXEL2020年7月29日
DECTRIS PILATUS 12M3PIXEL2020年7月29日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2Si 111
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3Si 111
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
24.428011
34.275321
反射

Entry-ID: 7ZSF

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allΧ2Diffraction-IDNet I/σ(I)CC1/2
1.36-87.297425299.9719.90.0750.0250.0790.94117.1
2.8-72867498.321.90.1380.0270.14218.90.998
2.89-7278919821.70.1730.0350.177314.60.997
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.36-1.419.93.5431.154380.5190.7793.480.881100
2.8-2.9512.80.3046.811880.9760.0820.316294.5
2.89-3.070.4134.8149520.9630.1110.429393.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
MOLREP位相決定
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XB5

4xb5


解像度: 1.36→55.396 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / WRfactor Rfree: 0.221 / WRfactor Rwork: 0.19 / SU B: 1.239 / SU ML: 0.049 / Average fsc free: 0.8958 / Average fsc work: 0.9037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2179 3699 4.985 %RANDOM
Rwork0.189 70508 --
all0.19 ---
obs-74207 99.884 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 25.954 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.001 Å20 Å20 Å2
2--0.001 Å2-0 Å2
3----0.003 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→55.396 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2376 0 53 388 2817
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0122695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9571.6433690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8225351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.51421.538156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.57915437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8141516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022124
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21329
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.21777
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2080.2295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2750.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2050.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1522.2541354
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0963.3691721
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1732.4121341
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5933.5391969
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.80732.8434304
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.36-1.3950.3222590.3225102X-RAY DIFFRACTION98.6385
1.395-1.4330.3322470.3055066X-RAY DIFFRACTION100
1.433-1.4750.2972690.2864875X-RAY DIFFRACTION100
1.475-1.520.2932450.2594767X-RAY DIFFRACTION100
1.52-1.570.2532600.2454598X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.6250.2852250.224498X-RAY DIFFRACTION100
1.625-1.6860.2451800.2164359X-RAY DIFFRACTION100
1.686-1.7550.2482320.2064141X-RAY DIFFRACTION100
1.755-1.8330.2282110.1994001X-RAY DIFFRACTION100
1.833-1.9230.2052110.1893793X-RAY DIFFRACTION100
1.923-2.0270.1972170.1993616X-RAY DIFFRACTION100
2.027-2.1490.2311940.1973461X-RAY DIFFRACTION100
2.149-2.2980.2341980.1843221X-RAY DIFFRACTION100
2.298-2.4820.2051560.1883025X-RAY DIFFRACTION100
2.482-2.7180.2041450.182810X-RAY DIFFRACTION100
2.718-3.0390.2471210.1782559X-RAY DIFFRACTION100
3.039-3.5080.2031090.1662268X-RAY DIFFRACTION100
3.508-4.2950.1551040.1461934X-RAY DIFFRACTION100
4.295-6.0670.185810.1641516X-RAY DIFFRACTION100
6.067-55.30.281350.211898X-RAY DIFFRACTION99.7861

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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