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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zs4 | ||||||
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タイトル | F32V Cytochrome c prime beta from Methylococcus capsulatus (Bath) | ||||||
![]() | Cytochrome c | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome c prime / Beta-sheet | ||||||
機能・相同性 | Cytochrome P460 / Cytochrome P460 superfamily / Cytochrome P460 / metal ion binding / HEME C / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cytochrome c![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Adams, H.R. / Hough, M.A. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: A heme pocket aromatic quadrupole modulates gas binding to cytochrome c'-beta : Implications for NO sensors. 著者: Adams, H.R. / Svistunenko, D.A. / Wilson, M.T. / Fujii, S. / Strange, R.W. / Hardy, Z.A. / Vazquez, P.A. / Dabritz, T. / Streblow, G.J. / Andrew, C.R. / Hough, M.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7zpsC ![]() 7zqzC ![]() 7zrwC ![]() 7zrxC ![]() 7zsvC ![]() 7zswC ![]() 7zsxC ![]() 7ztiC ![]() 7zvzC ![]() 6hihS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 138 / Label seq-ID: 23 - 158
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 17322.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath / 遺伝子: ccp, MCA2394 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 144分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2 microlitres of 15 mg/ml protein in 0.1 M HEPES buffer, pH 7.5, mixed with with an equivalent volume of reservoir solution containing 0.01 M ZnSO4, 30% PEG 550 (v/v) and 0.1 M MES, pH 6.5. ...詳細: 2 microlitres of 15 mg/ml protein in 0.1 M HEPES buffer, pH 7.5, mixed with with an equivalent volume of reservoir solution containing 0.01 M ZnSO4, 30% PEG 550 (v/v) and 0.1 M MES, pH 6.5. Cryoprotection in ML plus 10% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月1日 | ||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→74.72 Å / Num. obs: 40057 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 17.4 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6.8 % / % possible all: 100
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6HIH 解像度: 1.75→74.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 3.104 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.01 Å2 / Biso mean: 33.055 Å2 / Biso min: 22.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.75→74.71 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 4169 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.786 Å / Rfactor Rfree error: 0
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