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- PDB-7zs2: Diheme cytochrome c Kustd1711 from Kuenenia stuttgartiensis, M292... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zs2
タイトルDiheme cytochrome c Kustd1711 from Kuenenia stuttgartiensis, M292H mutant
要素Hypothetical (Diheme) protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / anaerobic ammonium oxidation
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / heme binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haem-binding domain, putative / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / IMIDAZOLE / Hypothetical (Diheme) protein
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Kuenenia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Akram, M. / Barends, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Redox potential tuning by calcium ions in a novel c-type cytochrome from an anammox organism
著者: Akram, M. / Barends, T.
履歴
登録2022年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年9月4日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_initial_refinement_model.accession_code / _pdbx_initial_refinement_model.source_name / _pdbx_initial_refinement_model.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _software.version / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle
解説: Atomic clashes / 詳細: Re-refined structure with better clashscore. / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical (Diheme) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7698
ポリマ－34,3021
非ポリマー1,4667
水8,737485
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area13810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.650, 92.710, 55.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical (Diheme) protein / Putative (Diheme) protein


分子量: 34302.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Kuenenia (バクテリア)
遺伝子: KsCSTR_07890, KSMBR1_1466, kustd1711 / 発現宿主: Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q1PZE6
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M imidazole/HCl pH 8.0 and 20% PEG 1K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99988 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→50 Å / Num. obs: 211675 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 14.58 Å2 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.12→1.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4298 / Rpim(I) all: 0.892

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: WT Structure

解像度: 1.12→35.51 Å / SU ML: 0.0833 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 位相誤差: 13.8013
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1426 10582 5 %
Rwork0.1252 201002 -
obs0.1261 211584 88.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→35.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2136 0 95 485 2716
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02072380
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.52313265
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1223352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0186419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3905335
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.12-1.130.34480.3523869X-RAY DIFFRACTION11.48
1.13-1.150.35171360.30922428X-RAY DIFFRACTION32.04
1.15-1.160.27822140.2654234X-RAY DIFFRACTION55.94
1.16-1.180.25482740.23024994X-RAY DIFFRACTION66.15
1.18-1.190.22262960.20865472X-RAY DIFFRACTION72.45
1.19-1.210.21263070.18995914X-RAY DIFFRACTION78.92
1.21-1.220.19233440.17546590X-RAY DIFFRACTION86.73
1.22-1.240.17833690.15896920X-RAY DIFFRACTION91.99
1.24-1.260.17173930.14147359X-RAY DIFFRACTION97.41
1.26-1.280.15983960.13587576X-RAY DIFFRACTION99.19
1.28-1.30.13873920.12687446X-RAY DIFFRACTION99.13
1.3-1.330.15253770.127480X-RAY DIFFRACTION98.93
1.33-1.350.14433940.11687488X-RAY DIFFRACTION98.76
1.35-1.380.12473830.11397443X-RAY DIFFRACTION98.64
1.38-1.410.14673920.11387439X-RAY DIFFRACTION98.45
1.41-1.440.15543880.10687441X-RAY DIFFRACTION98.32
1.44-1.480.13863880.09867405X-RAY DIFFRACTION98.35
1.48-1.520.11783940.09467515X-RAY DIFFRACTION98.64
1.52-1.570.11513950.09027518X-RAY DIFFRACTION99.79
1.57-1.620.12793910.09127522X-RAY DIFFRACTION99.63
1.62-1.670.12313990.09617580X-RAY DIFFRACTION99.63
1.67-1.740.12653930.09827507X-RAY DIFFRACTION99.05
1.74-1.820.12663950.10467377X-RAY DIFFRACTION98.35
1.82-1.920.13783920.117397X-RAY DIFFRACTION97.78
1.92-2.040.11883870.11397380X-RAY DIFFRACTION97.26
2.04-2.190.13393910.10957406X-RAY DIFFRACTION97.98
2.19-2.410.12483840.11447400X-RAY DIFFRACTION98.16
2.41-2.760.13963960.12987402X-RAY DIFFRACTION97.83
2.76-3.480.15613900.14027350X-RAY DIFFRACTION97.25
3.48-35.510.15223840.14547150X-RAY DIFFRACTION94.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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