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万見
- PDB-7zry: Structure of the 2a splicing variant of the full-length human LSD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zry
タイトルStructure of the 2a splicing variant of the full-length human LSD1 bound to CoREST (delta305)
要素
  • Isoform of Lysine-specific histone demethylase 1A
  • REST corepressor 1
キーワードFLAVOPROTEIN / demethylase / histone / splicing / epigenetics
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of megakaryocyte differentiation / DNA repair complex / histone deacetylase complex / transcription repressor complex / erythrocyte differentiation / Regulation of PTEN gene transcription / HDACs deacetylate histones / transcription corepressor activity / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production ...positive regulation of megakaryocyte differentiation / DNA repair complex / histone deacetylase complex / transcription repressor complex / erythrocyte differentiation / Regulation of PTEN gene transcription / HDACs deacetylate histones / transcription corepressor activity / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / transcription regulator complex / Potential therapeutics for SARS / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Helical region in REST corepressor / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / SANT domain profile. / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain ...: / : / Helical region in REST corepressor / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / SANT domain profile. / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / REST corepressor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Caroli, J. / Mattevi, A.
資金援助 サウジアラビア, 1件
組織認可番号国
Other governmentOSR-2019-CRG8-4012.2 サウジアラビア
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2022
タイトル: Fine-tuned KDM1A alternative splicing regulates human cardiomyogenesis through an enzymatic-independent mechanism.
著者: Astro, V. / Ramirez-Calderon, G. / Pennucci, R. / Caroli, J. / Saera-Vila, A. / Cardona-Londono, K. / Forastieri, C. / Fiacco, E. / Maksoud, F. / Alowaysi, M. / Sogne, E. / Falqui, A. / ...著者: Astro, V. / Ramirez-Calderon, G. / Pennucci, R. / Caroli, J. / Saera-Vila, A. / Cardona-Londono, K. / Forastieri, C. / Fiacco, E. / Maksoud, F. / Alowaysi, M. / Sogne, E. / Falqui, A. / Gonzalez, F. / Montserrat, N. / Battaglioli, E. / Mattevi, A. / Adamo, A.
履歴
登録2022年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform of Lysine-specific histone demethylase 1A
B: REST corepressor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,8513
ポリマ－115,0652
非ポリマー7861
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.755, 179.747, 234.602
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Isoform of Lysine-specific histone demethylase 1A / BRAF35-HDAC complex protein BHC110 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 2 / ...BRAF35-HDAC complex protein BHC110 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 2 / [histone H3]-dimethyl-L-lysine(4) FAD-dependent demethylase 1A


分子量: 94820.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1A, AOF2, KDM1, KIAA0601, LSD1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase
#2: タンパク質 REST corepressor 1 / Protein CoREST


分子量: 20244.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RCOR1, KIAA0071, RCOR / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKL0
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.0-1.3 M Na/K Tartrate, 0.1 M ADA pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999998 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.12 Å / Num. obs: 69570 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.76 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 3.105 / Mean I/σ(I) obs: 0.68 / Num. unique obs: 701 / CC1/2: 0.307 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V1D

2v1d


解像度: 2.7→49.12 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2406 1997 2.89 %
Rwork0.2204 129232 -
obs0.221 69570 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 157.27 Å2 / Biso mean: 98.4218 Å2 / Biso min: 53.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→49.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6286 0 53 0 6339
Biso mean--73.93 --
残基数----798
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.730.45251220.4544224434687
2.73-2.770.45511400.44254683482397
2.77-2.810.50461460.42514756490299
2.81-2.850.5251430.41554816495999
2.85-2.890.39931440.417547674911100
2.89-2.940.40651360.400548084944100
2.94-2.980.50271430.374348364979100
2.98-3.040.32751470.367248014948100
3.04-3.090.42231410.345648534994100
3.09-3.150.36591440.332648174961100
3.15-3.210.31181450.314548044949100
3.21-3.280.34331400.288748004940100
3.28-3.360.29621450.266848074952100
3.36-3.440.32051410.265248715012100
3.44-3.540.29021440.256648464990100
3.54-3.640.29681440.250748084952100
3.64-3.760.24211480.236848234971100
3.76-3.890.23571410.216348394980100
3.89-4.050.20691450.200448054950100
4.05-4.230.21151410.190948434984100
4.23-4.460.18841430.177947994942100
4.46-4.740.17841400.17344768490899
4.74-5.10.19781470.174947964943100
5.1-5.610.23391430.203248154958100
5.61-6.420.2081510.200848675018100
6.42-8.090.20691390.178348264965100
8.09-49.120.15771430.14984754489798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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