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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zrw | ||||||
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タイトル | F61V Cytochrome c prime beta from Methylococcus capsulatus (Bath) | ||||||
要素 | Cytochrome c | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome c prime / Beta-sheet | ||||||
機能・相同性 | Cytochrome P460 / Cytochrome P460 superfamily / Cytochrome P460 / metal ion binding / HEME C / Cytochrome c 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å | ||||||
データ登録者 | Adams, H.R. / Hough, M.A. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023 タイトル: A heme pocket aromatic quadrupole modulates gas binding to cytochrome c'-beta : Implications for NO sensors. 著者: Adams, H.R. / Svistunenko, D.A. / Wilson, M.T. / Fujii, S. / Strange, R.W. / Hardy, Z.A. / Vazquez, P.A. / Dabritz, T. / Streblow, G.J. / Andrew, C.R. / Hough, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zrw.cif.gz | 75.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zrw.ent.gz | 54.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zrw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zrw_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zrw_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zrw_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zrw_validation.cif.gz | 18.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/7zrw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/7zrw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7zpsC 7zqzC 7zrxC 7zs4C 7zsvC 7zswC 7zsxC 7ztiC 7zvzC 6hihS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 138 / Label seq-ID: 23 - 158
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17322.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア) 遺伝子: ccp, MCA2394 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G1UBD5 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.41 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2 microlitres of 15 mg/ml protein in 0.1 M HEPES buffer, pH 7.5, mixed with with an equivalent volume of reservoir solution containing 0.01 M ZnSO4, 30% PEG 550 (v/v) and 0.1 M MES, pH 6.5. ...詳細: 2 microlitres of 15 mg/ml protein in 0.1 M HEPES buffer, pH 7.5, mixed with with an equivalent volume of reservoir solution containing 0.01 M ZnSO4, 30% PEG 550 (v/v) and 0.1 M MES, pH 6.5. Cryoprotection in ML plus 10% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97951 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月29日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97951 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.96→74.57 Å / Num. obs: 28359 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 286736 / Scaling rejects: 389 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6HIH 解像度: 1.96→74.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 3.846 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 131.41 Å2 / Biso mean: 47.652 Å2 / Biso min: 35.52 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.96→74.57 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 4221 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.961→2.012 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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