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- PDB-7zrn: Crystal structure of 10-epi-cubebol synthase from Sorangium cellu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zrn
タイトルCrystal structure of 10-epi-cubebol synthase from Sorangium cellulosum (ScCubS) in complex with Pyrophosphate
要素10-epi-cubebol synthase
キーワードPLANT PROTEIN / Lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


10-epi-cubebol synthase / lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PYROPHOSPHATE / 10-epi-cubebol synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Sorangium cellulosum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Levy, C.W.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M000354/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M017702/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L027593/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/S01778X/1 英国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: How a 10- epi-Cubebol Synthase Avoids Premature Reaction Quenching to Form a Tricyclic Product at High Purity.
著者: Whitehead, J.N. / Leferink, N.G.H. / Komati Reddy, G. / Levy, C.W. / Hay, S. / Takano, E. / Scrutton, N.S.
履歴
登録2022年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 10-epi-cubebol synthase
B: 10-epi-cubebol synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,61211
ポリマ－79,0512
非ポリマー5619
水7,963442
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area23210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.315, 89.644, 100.563
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 10-epi-cubebol synthase


分子量: 39525.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sorangium cellulosum (バクテリア)
株: So ce56 / 遺伝子: sce6369 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9GK58, 10-epi-cubebol synthase
#2: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Imidazole, MES monohydrate acid pH 6.5, 0.03 M of each divalent cation, and 30% precipitant mix 2 40% v/v Ethylene glycol; 20% w/v PEG 8000
Temp details: Cold room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.916 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→66.92 Å / Num. obs: 60876 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1151 / Rpim(I) all: 0.0499 / Rrim(I) all: 0.1257 / Net I/σ(I): 9.36
反射 シェル解像度: 1.82→1.885 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 1.384 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 5964 / CC1/2: 0.506 / Rpim(I) all: 0.6683 / % possible all: 99.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PS1

1ps1


解像度: 1.82→66.92 Å / SU ML: 0.2006 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.6104
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2044 2000 3.29 %
Rwork0.1748 58839 -
obs0.1758 60839 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→66.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4890 0 28 442 5360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00455176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77897072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0398743
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0123935
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2682709
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.82-1.870.33151400.2894145X-RAY DIFFRACTION99.7
1.87-1.920.31381410.26844109X-RAY DIFFRACTION99.84
1.92-1.970.27541410.24334165X-RAY DIFFRACTION99.81
1.97-2.040.26741410.22464148X-RAY DIFFRACTION99.86
2.04-2.110.22781420.1924165X-RAY DIFFRACTION99.95
2.11-2.190.23541420.17294173X-RAY DIFFRACTION99.98
2.19-2.290.17971400.164159X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.410.22441430.16284191X-RAY DIFFRACTION99.93
2.41-2.570.1761430.16354195X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.760.19771430.16194191X-RAY DIFFRACTION100
2.76-3.040.21511430.16914210X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.480.1961440.16814255X-RAY DIFFRACTION100
3.48-4.390.17261450.15044277X-RAY DIFFRACTION100
4.39-66.920.18581520.1734456X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 73.9331860457 Å / Origin y: -5.20454116231 Å / Origin z: 0.00161027478401 Å
111213212223313233
T0.165707143993 Å2-0.00289712514383 Å20.00782654065021 Å2-0.17492138602 Å20.0195891582649 Å2--0.230257245502 Å2
L0.605705604959 °2-0.111607548299 °2-0.0201936703621 °2-0.370404372414 °20.28335844493 °2--0.859517102694 °2
S0.0043302311881 Å °-0.0196386298309 Å °0.0250854636132 Å °-0.0119538326684 Å °0.00580207909516 Å °-0.00843530859115 Å °-0.0136627807145 Å °0.0158219297346 Å °-0.00823745348018 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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