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- PDB-7zqy: Chaetomium thermophilum Rad50 Zn hook -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zqy
タイトルChaetomium thermophilum Rad50 Zn hook
要素DH domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / DNA repair / ATPase / coiled coil / Zn-hook
機能・相同性
機能・相同性情報


Mre11 complex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / double-stranded telomeric DNA binding / G-quadruplex DNA binding / single-stranded telomeric DNA binding / telomere maintenance via recombination / telomere maintenance via telomerase / guanyl-nucleotide exchange factor activity / condensed nuclear chromosome ...Mre11 complex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / double-stranded telomeric DNA binding / G-quadruplex DNA binding / single-stranded telomeric DNA binding / telomere maintenance via recombination / telomere maintenance via telomerase / guanyl-nucleotide exchange factor activity / condensed nuclear chromosome / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / ATP hydrolysis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein Rad50, eukaryotes / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein RAD50
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Lammens, K. / Rotheneder, M. / Stakyte, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the Mre11-Rad50-Nbs1 complex reveals the molecular mechanism of scaffolding functions.
著者: Matthias Rotheneder / Kristina Stakyte / Erik van de Logt / Joseph D Bartho / Katja Lammens / Yilan Fan / Aaron Alt / Brigitte Kessler / Christophe Jung / Wynand P Roos / Barbara ...著者: Matthias Rotheneder / Kristina Stakyte / Erik van de Logt / Joseph D Bartho / Katja Lammens / Yilan Fan / Aaron Alt / Brigitte Kessler / Christophe Jung / Wynand P Roos / Barbara Steigenberger / Karl-Peter Hopfner /
要旨: The DNA double-strand break repair complex Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) detects and nucleolytically processes DNA ends, activates the ATM kinase, and tethers DNA at break sites. How MRN can act both as ...The DNA double-strand break repair complex Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) detects and nucleolytically processes DNA ends, activates the ATM kinase, and tethers DNA at break sites. How MRN can act both as nuclease and scaffold protein is not well understood. The cryo-EM structure of MRN from Chaetomium thermophilum reveals a 2:2:1 complex with a single Nbs1 wrapping around the autoinhibited Mre11 nuclease dimer. MRN has two DNA-binding modes, one ATP-dependent mode for loading onto DNA ends and one ATP-independent mode through Mre11's C terminus, suggesting how it may interact with DSBs and intact DNA. MRNs two 60-nm-long coiled-coil domains form a linear rod structure, the apex of which is assembled by the two joined zinc-hook motifs. Apices from two MRN complexes can further dimerize, forming 120-nm spanning MRN-MRN structures. Our results illustrate the architecture of MRN and suggest how it mechanistically integrates catalytic and tethering functions.
履歴
登録2022年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DH domain-containing protein
B: DH domain-containing protein
C: DH domain-containing protein
D: DH domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6706
ポリマ－83,5394
非ポリマー1312
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy, cryo EM structure
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8170 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area42870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.490, 53.970, 110.420
Angle α, β, γ (deg.)75.85, 78.74, 90.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
DH domain-containing protein


分子量: 20884.699 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0073630 / 発現宿主: Escherichia coli K2 (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SHW7
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.53 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES, 0.6 M NaCl, 18% PEG4000 / PH範囲: 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.2832 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2832 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→104.88 Å / Num. obs: 63401 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.55 % / CC1/2: 0.93 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 7.86
反射 シェル解像度: 2.51→2.54 Å / Num. unique obs: 1715 / CC1/2: 0.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold2

解像度: 2.51→104.88 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 6487 10.23 %
Rwork0.2642 --
obs0.2661 63401 96.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→104.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5798 0 2 3 5803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125854
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7797850
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.992362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.12878
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0141034
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.540.53361940.43291715X-RAY DIFFRACTION86
2.54-2.570.43282010.41272055X-RAY DIFFRACTION95
2.57-2.60.37831860.38751753X-RAY DIFFRACTION97
2.6-2.630.35721550.38282005X-RAY DIFFRACTION98
2.63-2.670.41072780.35521800X-RAY DIFFRACTION98
2.67-2.70.39962310.38291952X-RAY DIFFRACTION98
2.7-2.740.37662160.40161868X-RAY DIFFRACTION96
2.74-2.780.45492170.38611879X-RAY DIFFRACTION97
2.78-2.830.63561640.33841986X-RAY DIFFRACTION97
2.83-2.870.42422400.33981853X-RAY DIFFRACTION97
2.87-2.920.35831920.3361972X-RAY DIFFRACTION98
2.92-2.970.32672440.33151804X-RAY DIFFRACTION97
2.97-3.030.32262660.30851815X-RAY DIFFRACTION96
3.03-3.090.31352130.31451932X-RAY DIFFRACTION97
3.09-3.160.36582410.35441923X-RAY DIFFRACTION98
3.16-3.230.27961880.33481884X-RAY DIFFRACTION98
3.23-3.320.30782380.331937X-RAY DIFFRACTION98
3.32-3.410.31932490.30411863X-RAY DIFFRACTION99
3.41-3.510.35771790.28731965X-RAY DIFFRACTION98
3.51-3.620.29182200.27561986X-RAY DIFFRACTION98
3.62-3.750.2291840.23731918X-RAY DIFFRACTION98
3.75-3.90.27022220.25061925X-RAY DIFFRACTION98
3.9-4.080.22772300.23981955X-RAY DIFFRACTION98
4.08-4.290.26032020.22131877X-RAY DIFFRACTION98
4.29-4.560.20421880.19941880X-RAY DIFFRACTION97
4.56-4.910.20132590.20811932X-RAY DIFFRACTION98
4.91-5.410.24252630.22681830X-RAY DIFFRACTION97
5.41-6.190.24872010.2721975X-RAY DIFFRACTION99
6.19-7.790.31622420.26411877X-RAY DIFFRACTION97
7.8-104.880.2251840.17971798X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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