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- PDB-7zqx: Human galectin-3c in complex with a galactose derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zqx
タイトルHuman galectin-3c in complex with a galactose derivative
要素Galectin-3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis / IgE binding ...: / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis / IgE binding / eosinophil chemotaxis / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / protein phosphatase inhibitor activity / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of T cell proliferation / positive chemotaxis / macrophage chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / monocyte chemotaxis / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / ficolin-1-rich granule membrane / immunological synapse / laminin binding / epithelial cell differentiation / neutrophil chemotaxis / RNA splicing / secretory granule membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein localization to plasma membrane / molecular condensate scaffold activity / spliceosomal complex / positive regulation of protein-containing complex assembly / mRNA processing / carbohydrate binding / protein phosphatase binding / collagen-containing extracellular matrix / mitochondrial inner membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / cell surface / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JU0 / METHANOL / THIOCYANATE ION / Galectin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Zetterberg, F. / Nilsson, U.J. / Hakansson, M. / Logan, D.T.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery and Optimization of the First Highly Effective and Orally Available Galectin-3 Inhibitors for Treatment of Fibrotic Disease.
著者: Zetterberg, F.R. / MacKinnon, A. / Brimert, T. / Gravelle, L. / Johnsson, R.E. / Kahl-Knutson, B. / Leffler, H. / Nilsson, U.J. / Pedersen, A. / Peterson, K. / Roper, J.A. / Schambye, H. / ...著者: Zetterberg, F.R. / MacKinnon, A. / Brimert, T. / Gravelle, L. / Johnsson, R.E. / Kahl-Knutson, B. / Leffler, H. / Nilsson, U.J. / Pedersen, A. / Peterson, K. / Roper, J.A. / Schambye, H. / Slack, R.J. / Tantawi, S.
履歴
登録2022年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4978
ポリマ－15,6751
非ポリマー8227
水4,648258
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area7260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.404, 58.088, 62.575
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen


分子量: 15675.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931

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非ポリマー , 6種, 265分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-JU0 / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-2-(5-bromanylpyridin-3-yl)sulfanyl-6-(hydroxymethyl)-4-[4-[3,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]oxane-3,5-diol / 5-Bromopyridin-3-yl 3-deoxy-3-[4-(3,4,5-trifluorophenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-1-thio-alpha-D-galactopyranoside


分子量: 533.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16BrF3N4O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MOH / METHANOL / ヒドロキシメチリジンラジカル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.72 %
結晶化温度: 289 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7.5
詳細: The compound was dissolved in 100% DMSO to 50 mM concentration (2.30 mg + 86.2 uL DMSO). 15 uL galectin-3C (20 mg/ml in 10 mM Na phosphate buffer pH 7.4, 100 mM NaCl, 10 mM b-mercaptoethanol) ...詳細: The compound was dissolved in 100% DMSO to 50 mM concentration (2.30 mg + 86.2 uL DMSO). 15 uL galectin-3C (20 mg/ml in 10 mM Na phosphate buffer pH 7.4, 100 mM NaCl, 10 mM b-mercaptoethanol) were mixed with 0.5 uL compound solution. The sample was then centrifuged at 13 500 rpm for 5 min. A seed bead solution (Hampton Research) was used made from crushed apo galectin-3C crystals. The 40-fold diluted seed solution (diluted with reservoir solution similar to described below) was used to seed the crystallisation drops. The drops were set up in MRC 3-well plates and stored at 16C as follows: 200 nL galectin-3C complex + 30 nL app galectin-3C seed stock + 200 nL reservoir solution and equilibrated against 40 uL of reservoir containing 30% PEG 4000, 0.1 M Tris/HCl pH 7.5, 0.1 M MgCl2, 7.9 mM b- mercaptoethanol. Large crystals (0.1 - 0.2 mm) were briefly soaked in a cryoprotectant solution with the following composition: 25.5 % PEG 4000 15 % glycerol 85 mM Tris/HCl pH 7.5 85 mM MgCl2 250 mM NaSCN 8 mM b-mercaptoethanol 1 mM compound After soaking the crystals were flash-cooled in liquid N2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→29.06 Å / Num. obs: 383590 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 1.05→1.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 62710 / CC1/2: 0.874

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OAX

5oax


解像度: 1.05→29.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.983 / SU B: 0.671 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1291 3239 5.2 %RANDOM
Rwork0.1087 ---
obs0.1097 59384 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.5 Å2 / Biso mean: 11.745 Å2 / Biso min: 5.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.05→29.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1106 0 46 263 1415
Biso mean--16.33 26.25 -
残基数----138
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0131449
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0171369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4491.6862005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5121.5983214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2045197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.39321.59188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.1415263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3731514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.021686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02316
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.63132818
LS精密化 シェル解像度: 1.05→1.077 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.183 224 -
Rwork0.176 4359 -
all-4583 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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