PDB-7zqo: d(CGCGCG)2 Z-DNA AT 7150 BARS (715 MPa)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zqo

タイトル

d(CGCGCG)2 Z-DNA AT 7150 BARS (715 MPa)

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

キーワード

DNA / HIGH PRESSURE / DIAMOND ANVIL CELL

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Prange, T. / Colloc'h, N. / Girard, E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Crystals / 年: 2022
タイトル: Behavior of B- and Z-DNA Crystals under High Hydrostatic Pressure
著者: Prange, T. / Colloc'h, N. / Dhaussy, A.C. / Lecouvey, M. / Migianu-Griffoni, E. / Girard, E.

履歴

登録	2022年5月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zqo.cif.gz	18.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zqo.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zqo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zqo_validation.pdf.gz	378.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zqo_full_validation.pdf.gz	378.2 KB	表示
XML形式データ	7zqo_validation.xml.gz	3.2 KB	表示
CIF形式データ	7zqo_validation.cif.gz	3.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/7zqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/7zqo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zqlC 7zqmC 7zqnC 2elgS 1dj6 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

BBB: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

3.62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	17.770, 30.870, 43.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPCPGPCPG)-3') 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 25.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 6.9 詳細: 10 mg of compound dissolved in 100 microLiter of 20 % MPD cacodylate buffer + 0.01 M MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.75003 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.75003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.41→25.165 Å / Num. obs: 3464 / % possible obs: 69.9 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.41→1.44 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Num. unique obs: 255 / CC_1/2: 0.88 / R_pim(I) all: 0.301 / % possible all: 66.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
FFT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 2ELG

2elg

解像度: 1.8→25.165 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / WR_factor R_free: 0.446 / WR_factor R_work: 0.329 / SU B: 3.923 / SU ML: 0.122 / Average fsc free: 0.844 / Average fsc work: 0.926 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.245 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2831	83	4.851 %
R_work	0.2121	1628	-
all	0.215	-	-
obs	-	1711	69.98 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.969 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.366 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.149 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.217 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.165 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	240	0	48	288

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	268
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	134
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.901	1.729	410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.291	1.574	314
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.169	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.017	0.02	150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	48
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.171	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.246	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.27	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.095	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.214	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.325	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.006	1.038	268
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.006	1.039	268
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.428	1.554	410
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.426	1.553	411
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.316	11.19	437
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.153	11.013	434

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.268	9	0.243	87	X-RAY DIFFRACTION	57.485
1.847-1.897	0.27	5	0.264	93	X-RAY DIFFRACTION	56.9767
1.897-1.952	0.229	5	0.227	86	X-RAY DIFFRACTION	54.8193
1.952-2.011	0.424	2	0.253	91	X-RAY DIFFRACTION	58.125
2.011-2.077	0.377	2	0.197	90	X-RAY DIFFRACTION	58.5987
2.077-2.149	0.268	8	0.267	79	X-RAY DIFFRACTION	57.2368
2.149-2.23	0.243	1	0.204	89	X-RAY DIFFRACTION	58.0645
2.23-2.32	0.594	2	0.24	80	X-RAY DIFFRACTION	64.0625
2.32-2.422	0.263	8	0.159	79	X-RAY DIFFRACTION	63.0435
2.422-2.539	0.713	1	0.244	93	X-RAY DIFFRACTION	64.3836
2.539-2.675	0.224	3	0.218	82	X-RAY DIFFRACTION	72.6496
2.675-2.836	0.399	3	0.193	79	X-RAY DIFFRACTION	73.2143
2.836-3.029	0.394	8	0.165	82	X-RAY DIFFRACTION	75.6303
3.029-3.267	0.441	6	0.192	84	X-RAY DIFFRACTION	89.1089
3.267-3.573	0.24	9	0.218	102	X-RAY DIFFRACTION	99.1071
3.573-3.985	0.305	1	0.238	89	X-RAY DIFFRACTION	100
3.985-4.582	0.55	2	0.143	76	X-RAY DIFFRACTION	100
4.582-5.566	0.189	4	0.174	69	X-RAY DIFFRACTION	100
5.566-7.686	0.546	2	0.216	59	X-RAY DIFFRACTION	100
7.686-10	0.255	2	0.244	38	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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