PDB-7zqn: d(CGCGCG)2 Z-DNA AT 5400 BARS (540 MPa)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zqn

タイトル

d(CGCGCG)2 Z-DNA AT 5400 BARS (540 MPa)

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

キーワード

DNA / HIGH PRESSURE / DIAMOND ANVIL CELL

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Prange, T. / Colloc'h, N. / Girard, E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Crystals / 年: 2022
タイトル: Behavior of B- and Z-DNA Crystals under High Hydrostatic Pressure
著者: Prange, T. / Colloc'h, N. / Dhaussy, A.C. / Lecouvey, M. / Migianu-Griffoni, E. / Girard, E.

履歴

登録	2022年5月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zqn.cif.gz	19 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zqn.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zqn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zqn_validation.pdf.gz	378.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zqn_full_validation.pdf.gz	378.5 KB	表示
XML形式データ	7zqn_validation.xml.gz	3.2 KB	表示
CIF形式データ	7zqn_validation.cif.gz	4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/7zqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/7zqn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zqlC 7zqmC 7zqoC 2elgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

BaB: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

3.64 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	17.870, 30.900, 43.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPCPGPCPG)-3') 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 26.28 % / 解説: colorless prisms
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 6.9 詳細: 10 mg in 20 % MPD solution (cacodylate buffer + 0.01 M MgCl2)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.75003 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.75003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.41→25.1 Å / Num. obs: 3922 / % possible obs: 77.4 % / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 1.41→1.44 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.189 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 271 / CC_1/2: 0.97 / R_pim(I) all: 0.179 / % possible all: 75.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
FFT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 2ELG

2elg

解像度: 1.41→22.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 1.254 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.097 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2216	183	4.666 %
R_work	0.1918	3739	-
all	0.193	-	-
obs	-	3922	77.388 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.586 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.045 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.021 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.024 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→22.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	240	1	52	293

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	272
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.017	134
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.427	1.738	418
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.513	1.574	314
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.187	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.022	0.02	150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	48
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.158	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.228	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.279	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.25	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.095	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.153	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.244	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.479	0.908	272
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.479	0.908	272
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.323	1.367	417
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.32	1.366	418
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.361	8.97	399
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.145	8.505	394

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.41-1.442	0.402	10	0.243	259	X-RAY DIFFRACTION	75.1397
1.442-1.482	0.211	18	0.195	289	X-RAY DIFFRACTION	82.973
1.482-1.524	0.241	13	0.232	269	X-RAY DIFFRACTION	82.2157
1.524-1.571	0.284	12	0.244	262	X-RAY DIFFRACTION	82.5301
1.571-1.622	0.21	12	0.194	265	X-RAY DIFFRACTION	81.2317
1.622-1.679	0.258	8	0.175	233	X-RAY DIFFRACTION	81.6949
1.679-1.742	0.358	11	0.187	236	X-RAY DIFFRACTION	80.719
1.742-1.813	0.21	15	0.191	231	X-RAY DIFFRACTION	80.6557
1.813-1.893	0.233	8	0.191	223	X-RAY DIFFRACTION	81.338
1.893-1.985	0.22	9	0.197	207	X-RAY DIFFRACTION	80
1.985-2.092	0.365	9	0.177	188	X-RAY DIFFRACTION	76.0618
2.092-2.218	0.256	12	0.184	179	X-RAY DIFFRACTION	76.4
2.218-2.369	0.187	5	0.18	168	X-RAY DIFFRACTION	74.2489
2.369-2.557	0.229	8	0.207	155	X-RAY DIFFRACTION	73.0942
2.557-2.799	0.264	5	0.19	141	X-RAY DIFFRACTION	73.7374
2.799-3.124	0.213	11	0.172	123	X-RAY DIFFRACTION	72.043
3.124-3.598	0.18	5	0.179	112	X-RAY DIFFRACTION	68.0233
3.598-4.385	0.214	4	0.204	92	X-RAY DIFFRACTION	65.7534
4.385-6.109	0.407	4	0.134	68	X-RAY DIFFRACTION	61.0169
6.109-10	0.175	4	0.17	39	X-RAY DIFFRACTION

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)