+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zqm | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | d(CGCGCG)2 Z-DNA AT 3000 BARS (300 MPa) | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | Z-DNA (5'-D(*キーワード | DNA / HIGH PRESSURE / DIAMOND ANVIL CELL | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.41 Å | データ登録者 | Prange, T. / Colloc'h, N. / Girard, E. | 資金援助 | 1件 |
引用 | ジャーナル: Crystals / 年: 2022 タイトル: Behavior of B- and Z-DNA Crystals under High Hydrostatic Pressure 著者: Prange, T. / Colloc'h, N. / Dhaussy, A.C. / Lecouvey, M. / Migianu-Griffoni, E. / Girard, E. #1: ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2007 タイトル: Adaptation of the base-paired double-helix molecular architecture to extreme pressure. 著者: Girard, E. / Prange, T. / Dhaussy, A.C. / Migianu-Griffoni, E. / Lecouvey, M. / Chervin, J.C. / Mezouar, M. / Kahn, R. / Fourme, R. 履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zqm.cif.gz | 18.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7zqm.ent.gz | 10.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zqm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/7zqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/7zqm | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Z-DNA Hexamer under 3000 Bars hydrostatic pressure / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.64 % / 解説: COLORLESS PRISMS |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 6.9 詳細: 10 mg in 20-30% MPD solution, cacodylatee buffer + 0.01M MGCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.75003 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.75003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.41→25.5 Å / Num. obs: 4712 / % possible obs: 91.18 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.41→1.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.206 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique obs: 291 / CC1/2: 0.89 / Rpim(I) all: 0.177 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 2ELG 解像度: 1.41→25.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.614 / SU B: 1.327 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 53.78 Å2 / Biso mean: 9.859 Å2 / Biso min: 4.71 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.41→25.45 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.41→1.442 Å / Rfactor Rfree error: 0
|