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- PDB-7zqj: MHC class I from a wild bird in complex with a nonameric peptide P3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zqj
タイトルMHC class I from a wild bird in complex with a nonameric peptide P3
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • Uncharacterized protein Rv3403c
キーワードIMMUNE SYSTEM / Major Histocompatibility Complex Class I / Acrocephalus arundinaceus / antigen presentation / cell-surface receptor / nonameric peptide from Mycobacterium
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / immune response / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
FAD-dependent urate hydroxylase HpyO, FAD/NAD(P)-binding domain / : / FAD-NAD(P)-binding / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...FAD-dependent urate hydroxylase HpyO, FAD/NAD(P)-binding domain / : / FAD-NAD(P)-binding / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Beta-2-microglobulin / MHC class I antigen / Uncharacterized protein Rv3403c
類似検索 - 構成要素
生物種Acrocephalus arundinaceus (オオヨシキリ)
Mycobacterium sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Eltschkner, S. / Mellinger, S. / Buus, S. / Nielsen, M. / Paulsson, K.M. / Lindkvist-Petersson, K. / Westerdahl, H.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)679799European Union
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2023
タイトル: The structure of songbird MHC class I reveals antigen binding that is flexible at the N-terminus and static at the C-terminus.
著者: Eltschkner, S. / Mellinger, S. / Buus, S. / Nielsen, M. / Paulsson, K.M. / Lindkvist-Petersson, K. / Westerdahl, H.
履歴
登録2022年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
F: Uncharacterized protein Rv3403c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0295
ポリマ－46,8743
非ポリマー1552
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.793, 65.977, 122.837
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31630.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: exon 2-4
由来: (組換発現) Acrocephalus arundinaceus (オオヨシキリ)
器官: liver / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O98187
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 14205.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His6-tag, TEV-cleavage site
由来: (組換発現) Acrocephalus arundinaceus (オオヨシキリ)
遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A076JEK1

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 F

#3: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein Rv3403c


分子量: 1038.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Mycobacterium sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: P9WKZ5

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非ポリマー , 3種, 78分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES, pH 6.0, 6 % (v/v) Tacsimate, pH 6.0, 25 % (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→46.94 Å / Num. obs: 20176 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1819 / CC1/2: 0.418 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PHASER位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GJX

5gjx


解像度: 2.25→46.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 0.01 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23099 982 4.9 %RANDOM
Rwork0.19754 ---
obs0.19919 19145 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.812 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.76 Å20 Å20 Å2
2--0.12 Å2-0 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.25→46.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3092 0 9 76 3177
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 70 -
Rwork0.302 1378 -
obs--99.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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