PDB-7zqi: MHC class I from a wild bird in complex with a nonameric peptide P2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zqi

タイトル

MHC class I from a wild bird in complex with a nonameric peptide P2

要素

Beta-2-microglobulin
Inosine monophosphate dehydrogenase-related protein
MHC class I antigen

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Major Histocompatibility Complex Class I / Acrocephalus arundinaceus / antigen presentation / cell-surface receptor / nonameric peptide from Vibrio

機能・相同性

機能・相同性情報

antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / MHC class I protein complex / phagocytic vesicle membrane / immune response / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acrocephalus arundinaceus (オオヨシキリ)

Vibrio sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Eltschkner, S. / Mellinger, S. / Buus, S. / Nielsen, M. / Paulsson, K.M. / Lindkvist-Petersson, K. / Westerdahl, H.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2023
タイトル: The structure of songbird MHC class I reveals antigen binding that is flexible at the N-terminus and static at the C-terminus.
著者: Eltschkner, S. / Mellinger, S. / Buus, S. / Nielsen, M. / Paulsson, K.M. / Lindkvist-Petersson, K. / Westerdahl, H.

履歴

登録	2022年4月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zqi.cif.gz	182.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zqi.ent.gz	143.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zqi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/7zqi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/7zqi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7zqjC 5gjxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: MHC class I antigen

B: Beta-2-microglobulin

F: Inosine monophosphate dehydrogenase-related protein

ヘテロ分子

47.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.202, 48.780, 202.135
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	MHC class I antigen 分子量: 31630.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: exon 2-4 由来: (組換発現) Acrocephalus arundinaceus (オオヨシキリ) 器官: liver / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O98187
#2: タンパク質	Beta-2-microglobulin 分子量: 14205.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His6-tag, TEV-cleavage site 由来: (組換発現) Acrocephalus arundinaceus (オオヨシキリ) 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A076JEK1

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 F

#3: タンパク質・ペプチド	Inosine monophosphate dehydrogenase-related protein 分子量: 1073.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Vibrio sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9KT74

-
非ポリマー , 4種, 170分子

#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM Hepes/MOPS, pH 7.0, 20 mM MgCl2, 40 mM CaCl2, 25 % (v/v) MPD, 25 % (w/v) PEG 1000, 25 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→67.38 Å / Num. obs: 22044 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1759 / CC_1/2: 0.848 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
EDNA		データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0258	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5GJX

5gjx

解像度: 2.15→50.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 13.893 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22937	1102	5 %	RANDOM
R_work	0.17984	-	-	-
obs	0.18245	20877	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.065 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.95 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.87 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.15→50.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3151	0	10	167	3328

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	3267
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2867
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.837	1.656	4442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.389	1.581	6639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.896	5	389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.961	21.117	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.37	15	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.587	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	397
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3717
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	767
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.785	3.03	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.784	3.03	1558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.706	4.534	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.706	4.534	1945
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.469	3.338	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.47	3.34	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.843	4.895	2498
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.477	35.263	3596
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.477	35.279	3597
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	71	-
R_work	0.26	1516	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9295	-2.7298	-0.9997	4.3026	0.2034	1.2851	0.0402	0.2439	-0.2943	-0.4575	-0.0878	0.5607	-0.1754	-0.2058	0.0477	0.1021	0.0281	-0.0694	0.0422	-0.0193	0.0791	-5.873	7.8384	-16.0005
2	5.1723	3.0004	2.158	6.2862	2.9614	2.6406	0.0046	-0.545	-0.4498	0.2659	-0.009	0.6644	0.3092	-0.1732	0.0044	0.0759	0.0271	0.012	0.1141	0.0959	0.2671	-7.6805	2.3112	-7.0128
3	11.152	0.3458	-0.9651	11.2931	1.8615	10.9251	0.0877	-0.4212	0.7819	1.0215	-0.125	0.3314	-0.6874	-0.2925	0.0373	0.1692	0.0262	-0.008	0.0677	-0.1052	0.2454	4.2437	25.3326	-8.6926
4	3.0801	-1.0886	0.0506	8.4998	1.1708	2.2326	0.04	0.1952	0.0983	-0.0235	-0.1552	-0.1626	-0.05	0.0684	0.1152	0.0043	-0.0084	-0.0038	0.0483	0.0198	0.0153	4.7858	12.7984	-17.6225
5	2.8288	-2.8416	0.1173	9.1365	-0.173	1.6327	0.0688	0.2025	0.0939	-0.3215	-0.1575	-0.3326	-0.0238	0.125	0.0887	0.0678	-0.0282	-0.0006	0.1375	-0.0134	0.0683	7.58	11.49	-19.5567
6	4.3006	-3.7431	0.5333	11.358	-1.3143	0.157	0.0285	0.1009	-0.1671	-0.0802	-0.0256	-0.0648	0.014	0.0215	-0.0028	0.1202	0.0353	0.0148	0.1639	-0.0222	0.0909	14.8576	9.4235	-17.4144
7	5.0893	-1.2593	1.7998	6.3268	-3.1741	7.9606	-0.1566	0.2518	0.6058	-0.0171	-0.2308	-0.1862	-0.3086	0.484	0.3874	0.0181	-0.0213	-0.0247	0.059	0.006	0.1202	16.9764	16.603	-10.8984
8	12.619	10.1318	3.0696	9.3921	2.388	2.5514	0.2799	-0.2054	-0.3163	0.4978	-0.1397	0.0049	0.2988	0.1036	-0.1402	0.1392	0.0441	-0.0286	0.0291	-0.0326	0.1935	6.0357	-3.5735	-11.4416
9	1.1003	-1.6317	4.0135	2.4596	-6.0272	14.7847	-0.0105	0.0133	-0.0459	-0.0314	-0.0177	-0.0293	0.0316	0.0273	0.0282	0.3137	0.0053	-0.0063	0.2228	-0.0391	0.3008	-10.5706	-10.0781	-29.9133
10	1.6633	2.1214	-2.3156	4.4086	-0.1842	8.2993	-0.0607	0.2295	0.089	-0.2638	0.2996	-0.0929	-0.5261	-0.0918	-0.2389	0.2927	-0.1156	0.0051	0.3724	-0.081	0.304	-12.9479	4.7984	-46.3779
11	1.6738	0.3971	-1.7626	0.5149	0.1073	9.3255	-0.0053	0.3578	-0.1174	-0.2445	0.1842	-0.1754	0.1676	0.6714	-0.1789	0.3526	-0.0418	-0.0116	0.4044	-0.1519	0.3077	-8.3772	0.5619	-48.9944
12	9.6047	1.523	3.5632	3.3127	-0.6233	4.7853	-0.1101	0.4339	-0.59	-0.0372	0.2054	0.0359	0.0749	0.5881	-0.0953	0.2759	0.021	-0.0048	0.1986	-0.0074	0.2956	10.2025	34.8842	-18.1205
13	12.104	6.4744	1.9441	4.9371	2.3198	3.1187	0.076	0.0955	0.0134	0.0557	0.2007	-0.3543	-0.2136	0.1249	-0.2768	0.2027	0.0191	-0.0372	0.1709	0.0387	0.1396	-4.8776	21.61	-31.9119
14	11.7809	1.8297	2.4325	7.8044	3.1944	3.5802	-0.002	0.3918	-0.6285	-0.1785	0.03	0.5992	0.3916	-0.3899	-0.028	0.2176	-0.0718	-0.0283	0.2122	0.01	0.1169	-23.0238	3.7879	-37.7294
15	2.9837	4.1367	1.4611	8.4247	4.6151	6.8528	-0.1271	-0.0468	0.2901	0.1337	0.0583	0.0059	-0.0242	-0.0203	0.0689	0.0763	0.0492	-0.0621	0.1255	-0.0001	0.1324	-8.2832	18.6805	-27.3212
16	13.9966	2.1293	9.9835	1.4452	1.5637	7.162	0.0202	-0.1865	0.2166	0.0915	-0.0958	0.0765	0.0317	-0.1791	0.0757	0.1316	0.0012	0.0082	0.2169	0.0537	0.1871	-23.3488	19.045	-32.2478
17	11.4229	0.7352	-1.0189	0.2702	0.0265	0.2301	0.2359	0.0791	0.111	-0.2568	-0.1081	-0.1916	-0.1358	-0.2557	-0.1279	0.3421	0.1076	0.2466	0.4816	0.0993	0.1793	-24.8704	14.0228	-26.8986
18	8.5525	-0.4237	-1.3539	4.3099	-1.0874	1.9857	-0.2231	0.3374	-0.0944	-0.0331	0.1165	-0.082	0.2313	-0.1399	0.1066	0.0986	-0.0198	-0.0251	0.1206	-0.0423	0.0519	-1.9995	13.5277	-24.8059
19	6.5716	0.9942	1.7912	2.7439	-0.8161	3.2437	-0.0093	0.0689	-0.0411	-0.3597	-0.0471	0.2552	0.5077	-0.1902	0.0564	0.1203	0.0026	0.0185	0.1723	-0.0018	0.1064	-21.3577	10.5338	-33.2716
20	10.8029	8.4423	7.4868	7.8055	6.6091	6.4282	-0.4036	0.4182	0.6035	-0.6508	0.2137	-0.0363	-0.8423	0.0631	0.1899	0.3059	0.0631	0.0379	0.1827	0.0752	0.3002	-16.2006	23.8385	-34.8447
21	6.6072	8.0469	3.5225	11.0433	5.8755	6.0333	-0.3313	0.2359	0.0157	-0.583	0.1328	0.283	0.0657	0.0365	0.1985	0.2113	0.0127	-0.0355	0.2309	0.0151	0.1328	-20.7193	12.4625	-43.0777
22	6.8234	4.8198	1.3444	8.5184	0.9768	4.1431	0.1124	-0.2075	-0.4843	0.2013	-0.1164	-0.2052	0.2909	-0.2287	0.004	0.0768	0.0509	0.0086	0.1146	-0.0119	0.0996	4.0804	8.515	-7.6995

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	44 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	77 - 84
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	85 - 108
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	109 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	121 - 131
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	132 - 152
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	153 - 174
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	175 - 187
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	188 - 211
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	212 - 275
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	-2 - 4
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	5 - 13
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	14 - 29
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	30 - 39
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	40 - 49
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	50 - 56
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	57 - 66
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	67 - 81
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	82 - 96
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	97 - 104
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	1 - 9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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