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- PDB-7zoz: Crystal structure of Siglec-15 in complex with Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zoz
タイトルCrystal structure of Siglec-15 in complex with Fab
要素
  • Anti-Siglec 15 Fab HC
  • Anti-Siglec 15 Fab LC
  • Sialic acid-binding Ig-like lectin 15
キーワードIMMUNE SYSTEM / sialic acid / siglec / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of osteoclast development / regulation of bone resorption / DAP12 interactions / regulation of actin cytoskeleton organization / protein-containing complex / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sialic acid-binding Ig-like lectin 15 / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Sialic acid-binding Ig-like lectin 15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.104 Å
データ登録者Lenza, M.P. / Oyenarte, I. / Jimenez-Barbero, J. / Ereno-Orbea, J.
資金援助European Union, スペイン, 2件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionEuropean Union
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural insights into Siglec-15 reveal glycosylation dependency for its interaction with T cells through integrin CD11b.
著者: Lenza, M.P. / Egia-Mendikute, L. / Antonana-Vildosola, A. / Soares, C.O. / Coelho, H. / Corzana, F. / Bosch, A. / Manisha, P. / Quintana, J.I. / Oyenarte, I. / Unione, L. / Moure, M.J. / ...著者: Lenza, M.P. / Egia-Mendikute, L. / Antonana-Vildosola, A. / Soares, C.O. / Coelho, H. / Corzana, F. / Bosch, A. / Manisha, P. / Quintana, J.I. / Oyenarte, I. / Unione, L. / Moure, M.J. / Azkargorta, M. / Atxabal, U. / Sobczak, K. / Elortza, F. / Sutherland, J.D. / Barrio, R. / Marcelo, F. / Jimenez-Barbero, J. / Palazon, A. / Ereno-Orbea, J.
履歴
登録2022年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialic acid-binding Ig-like lectin 15
H: Anti-Siglec 15 Fab HC
L: Anti-Siglec 15 Fab LC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7433
ポリマ－81,7433
非ポリマー00
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area24520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)216.534, 60.525, 53.373
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.820, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Sialic acid-binding Ig-like lectin 15 / Siglec-15 / CD33 antigen-like 3


分子量: 33598.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIGLEC15, CD33L3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6ZMC9
#2: 抗体 Anti-Siglec 15 Fab HC


分子量: 24378.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Anti-Siglec 15 Fab LC


分子量: 23765.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20 % PEG 3350 0.2 M Calcium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.104→106.342 Å / Num. obs: 37172 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 33.79 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.104→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.633 / Num. unique obs: 1824 / CC1/2: 0.835 / Rpim(I) all: 0.307 / Rrim(I) all: 0.707

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5vkk

5vkk


解像度: 2.104→106.341 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2182 1898 5.11 %
Rwork0.1756 35251 -
obs0.1778 37149 93.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.58 Å2 / Biso mean: 40.4562 Å2 / Biso min: 17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.104→106.341 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4360 0 0 305 4665
Biso mean---47.54 -
残基数----561
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1045-2.15710.31411280.246245492
2.1571-2.21540.28171370.212257996
2.2154-2.28060.3392670.2212135751
2.2806-2.35420.21431530.1851265099
2.3542-2.43840.24871490.1807265699
2.4384-2.5360.2411330.18552659100
2.536-2.65140.27231470.18222661100
2.6514-2.79120.28041420.17922666100
2.7912-2.96610.22771390.18122694100
2.9661-3.19520.22481390.17392678100
3.1952-3.51670.19191430.16922692100
3.5167-4.02560.19581110.1603205476
4.0256-5.07190.1721660.14722685100
5.0719-106.340.22291440.1906276699
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -37.9702 Å / Origin y: 1.4837 Å / Origin z: 14.5035 Å
111213212223313233
T0.1981 Å20.0026 Å20.0241 Å2-0.1856 Å2-0.0052 Å2--0.242 Å2
L1.5148 °2-0.1391 °20.7814 °2-0.3483 °2-0.1015 °2--1.0805 °2
S0.0029 Å °-0.1823 Å °-0.0365 Å °0.0199 Å °0.0165 Å °-0.0447 Å °0.0078 Å °0.0303 Å °-0.0365 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA42 - 166
2X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 217
3X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 213
4X-RAY DIFFRACTION1allD3 - 476

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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