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- PDB-7zow: Crystal structure of Synechocystis halorhodopsin (SyHR), Cl-pumpi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zow
タイトルCrystal structure of Synechocystis halorhodopsin (SyHR), Cl-pumping mode, O state
要素Synechocystis halorhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / rhodopsin / syhr / trapping / cryo / cryotrapping / o-state / k-state / sulfate / chloride / pump / anion / photocycle / ion transport
機能・相同性EICOSANE / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
機能・相同性情報
生物種Synechocystis sp. PCC 7509 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kovalev, K. / Bukhdruker, S. / Astashkin, R. / Vaganova, S. / Gordeliy, V.
資金援助 フランス, ロシア, 5件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15-CE11-0029-02 フランス
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation075-00337-20-03/FSMG-2020-0003 ロシア
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INSB-05-02 フランス
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology (GRAL)ANR-10-LABX-49-01 フランス
Russian Science Foundation16-15-00242 ロシア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural insights into light-driven anion pumping in cyanobacteria.
著者: Astashkin, R. / Kovalev, K. / Bukhdruker, S. / Vaganova, S. / Kuzmin, A. / Alekseev, A. / Balandin, T. / Zabelskii, D. / Gushchin, I. / Royant, A. / Volkov, D. / Bourenkov, G. / Koonin, E. / ...著者: Astashkin, R. / Kovalev, K. / Bukhdruker, S. / Vaganova, S. / Kuzmin, A. / Alekseev, A. / Balandin, T. / Zabelskii, D. / Gushchin, I. / Royant, A. / Volkov, D. / Bourenkov, G. / Koonin, E. / Engelhard, M. / Bamberg, E. / Gordeliy, V.
履歴
登録2022年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synechocystis halorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,77119
ポリマ－26,4631
非ポリマー5,30718
水2,180121
1
A: Synechocystis halorhodopsin
ヘテロ分子

A: Synechocystis halorhodopsin
ヘテロ分子

A: Synechocystis halorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,31257
ポリマ－79,3893
非ポリマー15,92254
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.406, 62.406, 110.076
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Space group name HallP32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1214-

HOH

21A-1220-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Synechocystis halorhodopsin


分子量: 26463.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 7509 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#3: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.6 / 詳細: 1.6 M Ammonium Phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.52 Å / Num. obs: 33454 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 17.94 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.227 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
7.16-48.529.521.74430.9990.06998
5.06-7.161120.97400.9990.07699.9
3.58-4.1310.822.99260.9980.07499.9
3.58-4.1310.820.110920.9960.093100
3.2-3.581116.512200.9950.123100
2.92-3.211.214.813240.9950.13799.9
2.7-2.9211.312.914480.9930.163100
2.53-2.710.910.515420.9890.2100
2.39-2.5310.98.516370.9840.261100
2.26-2.3911.17.217360.9730.329100
2.16-2.2611.1617920.9620.406100
2.07-2.1611519170.9390.49199.9
1.98-2.0711.23.919640.9060.655100
1.91-1.9811.22.720340.8260.952100
1.85-1.9111.32.121310.7181.202100
1.79-1.8511.31.721530.6051.476100
1.74-1.7911.21.322500.491.874100
1.69-1.74111.122910.422.139100
1.64-1.6911123740.3492.443100
1.6-1.64110.824400.2892.988100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HYJ

4hyj


解像度: 1.6→19.28 Å / SU ML: 0.2237 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.2994
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2316 1609 5.13 %
Rwork0.195 29754 -
obs0.1969 31363 93.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1790 0 233 121 2144
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00622186
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86872911
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0533314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058337
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5405854
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.650.3667940.28951796X-RAY DIFFRACTION64
1.65-1.710.30331140.29922363X-RAY DIFFRACTION82.27
1.71-1.780.27461300.27032554X-RAY DIFFRACTION89.74
1.78-1.860.32931430.24912720X-RAY DIFFRACTION95.21
1.86-1.960.29431530.23142841X-RAY DIFFRACTION99.8
1.96-2.080.24341540.19842876X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.240.18781220.17292883X-RAY DIFFRACTION99.93
2.24-2.470.22091510.17242884X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.820.21851970.17362873X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.550.21611660.17762909X-RAY DIFFRACTION99.97
3.55-19.280.21141850.1873055X-RAY DIFFRACTION99.57
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.916332044383-0.3394049281420.03952871298420.712735977174-0.191272532130.7497869996330.0187785286278-0.07602715561760.0634271810240.08818422842860.00643680467238-0.0386204561969-0.0257072594680.0123424022855-0.02190891644590.132620964634-0.01545717462550.004575694926960.127672878064-0.006623853212440.178981865566.7633258525-16.486815623-28.3450796601
20.3907881000880.05412683011330.05962374238490.391118291674-0.08900989629671.092616185510.0141798863892-0.06974011761430.009430319036920.07451089652640.01091290326840.0458409280266-0.0137561377365-0.0670072690626-0.01739395313190.1435887425-0.004907247703420.004477126705770.1309749918-0.005561697725530.139758001368-11.3784056-21.3778542689-29.8501435355
30.528936136554-0.0465866154497-0.07328192401120.711999463841-0.4929066149931.23068468578-0.02757771963890.0001991039648230.0644082378684-0.0221330834813-0.017678301031-0.0297635123153-0.07294644596640.09486225526890.03428632332090.1305798404480.000348558330031-0.002720831592570.113089785191-0.01238418082330.178687463542-3.04368414195-12.1920509579-27.8462963226
41.82152454987-0.5968407737872.265137882920.200262591834-0.7441777572982.82182343018-0.00619797987531-0.258145518752-0.1441603007810.02612471574070.1034927184250.1126256482380.219332029164-0.251838419364-0.1073996388690.693529078809-0.2949464995180.043948027540.897597175994-0.08279132675210.333646553331-1.11742573181-12.6684612863-2.04334633438
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 59 )1 - 591 - 59
22chain 'A' and (resid 60 through 189 )60 - 18960 - 189
33chain 'A' and (resid 190 through 219 )190 - 219190 - 219
44chain 'A' and (resid 220 through 225 )220 - 225220 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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