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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zot | ||||||
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タイトル | crystal structure of PLAAT4 N-terminal domain | ||||||
要素 | Phospholipase A and acyltransferase 4 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / phospholipase A1/A2 / acyltransferase / catalytic domain / soluble domain / cytosolic protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / phosphatidylethanolamine acyl-chain remodeling / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / 1-acyl-2-lysophosphatidylserine acylhydrolase activity / phospholipase A1 activity / Acyl chain remodelling of PE / N-acyltransferase activity / phospholipase A2 activity ...positive regulation of protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / phosphatidylethanolamine acyl-chain remodeling / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / 1-acyl-2-lysophosphatidylserine acylhydrolase activity / phospholipase A1 activity / Acyl chain remodelling of PE / N-acyltransferase activity / phospholipase A2 activity / positive regulation of keratinocyte differentiation / phospholipase A2 / acyltransferase activity / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / negative regulation of cell population proliferation / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.735 Å | ||||||
データ登録者 | von Castelmur, E. / Perrakis, A. / Cornaciu, I. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2022 タイトル: Crystal structure of the phospholipase A and acyltransferase 4 (PLAAT4) catalytic domain. 著者: Wehlin, A. / Cornaciu, I. / Marquez, J.A. / Perrakis, A. / von Castelmur, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zot.cif.gz | 64 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zot.ent.gz | 45.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zot.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zot_validation.pdf.gz | 396.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zot_full_validation.pdf.gz | 397.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7zot_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zot_validation.cif.gz | 9.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/7zot ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/7zot | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7zomS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14045.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAAT4, RARRES3, RIG1, TIG3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UL19, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, phospholipase A1, phospholipase A2 #2: 化合物 | ChemComp-PEG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Morpheus screen condition H12 0.1M Amino acids, 0.1M Tris Bicine pH 8.5 37.5% v/v MPD PEG1000 PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.966 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.735→52.752 Å / Num. obs: 23862 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.735→1.765 Å / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1079 / CC1/2: 0.781 / Rpim(I) all: 0.322 / Rrim(I) all: 0.58 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7ZOM 解像度: 1.735→52.752 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.108 詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.369 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.735→52.752 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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