PDB-7zot: crystal structure of PLAAT4 N-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zot

タイトル

crystal structure of PLAAT4 N-terminal domain

要素

Phospholipase A and acyltransferase 4

キーワード

HYDROLASE / phospholipase A1/A2 / acyltransferase / catalytic domain / soluble domain / cytosolic protein

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / phosphatidylethanolamine acyl-chain remodeling / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / phospholipase A1 / Acyl chain remodelling of PE / phospholipase A1 activity / N-acyltransferase activity / phospholipase A2 activity / positive regulation of keratinocyte differentiation / phospholipase A2 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.735 Å

データ登録者

von Castelmur, E. / Perrakis, A. / Cornaciu, I.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the phospholipase A and acyltransferase 4 (PLAAT4) catalytic domain.
著者: Wehlin, A. / Cornaciu, I. / Marquez, J.A. / Perrakis, A. / von Castelmur, E.

履歴

登録	2022年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zot.cif.gz	64 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zot.ent.gz	45.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zot.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/7zot ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/7zot	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zomS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (2) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phospholipase A and acyltransferase 4

B: Phospholipase A and acyltransferase 4

ヘテロ分子

28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phospholipase A and acyltransferase 4

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phospholipase A and acyltransferase 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.800, 39.540, 52.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.952, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Phospholipase A and acyltransferase 4 / HRAS-like suppressor 4 / HRSL4 / RAR-responsive protein TIG3 / Retinoic acid receptor responder ...HRAS-like suppressor 4 / HRSL4 / RAR-responsive protein TIG3 / Retinoic acid receptor responder protein 3 / Retinoid-inducible gene 1 protein / Tazarotene-induced gene 3 protein 分子量: 14045.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAAT4, RARRES3, RIG1, TIG3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UL19, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, phospholipase A1, phospholipase A2
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Morpheus screen condition H12 0.1M Amino acids, 0.1M Tris Bicine pH 8.5 37.5% v/v MPD PEG1000 PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.735→52.752 Å / Num. obs: 23862 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 20.6 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.735→1.765 Å / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1079 / CC_1/2: 0.781 / R_pim(I) all: 0.322 / R_rim(I) all: 0.58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7ZOM

7zom

解像度: 1.735→52.752 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.108
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2009	1151	4.824 %
R_work	0.184	22710	-
all	0.185	-	-
obs	-	23861	94.518 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.369 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.614 Å²	-0 Å²	0.689 Å²
2-	-	0.585 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.089 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.735→52.752 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1872	0	7	98	1977

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.508	1.637	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.674	5	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.452	21.351	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.28	15	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.871	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	819
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.14	1.728	966
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.248	2.571	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.182	2.259	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.37	3.181	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.639	24.953	2933

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.735-1.78	0.264	78	0.262	1519	X-RAY DIFFRACTION	87.5548
1.78-1.828	0.356	77	0.26	1589	X-RAY DIFFRACTION	91.6392
1.828-1.881	0.282	76	0.228	1613	X-RAY DIFFRACTION	94.8344
1.881-1.939	0.268	57	0.212	1272	X-RAY DIFFRACTION	79.0131
1.939-2.003	0.17	76	0.191	1559	X-RAY DIFFRACTION	98.494
2.003-2.073	0.208	72	0.185	1308	X-RAY DIFFRACTION	85.7143
2.073-2.151	0.187	63	0.17	1391	X-RAY DIFFRACTION	96.6755
2.151-2.239	0.206	63	0.173	1419	X-RAY DIFFRACTION	98.8659
2.239-2.338	0.186	73	0.176	1350	X-RAY DIFFRACTION	98.6824
2.338-2.452	0.221	61	0.178	1298	X-RAY DIFFRACTION	98.6928
2.452-2.584	0.153	57	0.18	1214	X-RAY DIFFRACTION	98.8336
2.584-2.741	0.212	74	0.177	1139	X-RAY DIFFRACTION	98.5378
2.741-2.93	0.228	52	0.185	1097	X-RAY DIFFRACTION	98.7113
2.93-3.164	0.242	56	0.183	999	X-RAY DIFFRACTION	97.235
3.164-3.465	0.205	47	0.177	943	X-RAY DIFFRACTION	98.2143
3.465-3.872	0.142	47	0.154	846	X-RAY DIFFRACTION	97.3828
3.872-4.467	0.173	39	0.15	739	X-RAY DIFFRACTION	96.4064
4.467-5.463	0.178	34	0.182	626	X-RAY DIFFRACTION	97.0588
5.463-7.693	0.212	33	0.235	501	X-RAY DIFFRACTION	96.7391
7.693-52.752	0.235	16	0.217	288	X-RAY DIFFRACTION	95.899

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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