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- PDB-7zon: Carbohydrate binding domain CBM92-B from a multi-catalytic glucan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zon
タイトルCarbohydrate binding domain CBM92-B from a multi-catalytic glucanase-chitinase from Chitinophaga pinensis DSM 2588 in complex with glucose
要素Glycoside hydrolase family 18
キーワードCARBOHYDRATE / beta-trefoil / carbohydrate binding domain / beta-glycan
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
Actin-crosslinking / Secretion system C-terminal sorting domain / Secretion system C-terminal sorting domain / : / Chitinase II / Glyco_18 / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 ...Actin-crosslinking / Secretion system C-terminal sorting domain / Secretion system C-terminal sorting domain / : / Chitinase II / Glyco_18 / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Glycoside hydrolase family 18
類似検索 - 構成要素
生物種Chitinophaga pinensis DSM 2588 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Mazurkewich, S. / McKee, L.S. / Lu, Z. / Branden, G. / Larsbrink, J.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2017-04906 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg FoundationWWSC スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural and biochemical analysis of family 92 carbohydrate-binding modules uncovers multivalent binding to beta-glucans.
著者: Hao, M.S. / Mazurkewich, S. / Li, H. / Kvammen, A. / Saha, S. / Koskela, S. / Inman, A.R. / Nakajima, M. / Tanaka, N. / Nakai, H. / Branden, G. / Bulone, V. / Larsbrink, J. / McKee, L.S.
履歴
登録2022年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年5月8日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_related / struct / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct.title / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 2.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 18
B: Glycoside hydrolase family 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3127
ポリマ－32,3532
非ポリマー9595
水1,820101
1
A: Glycoside hydrolase family 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7174
ポリマ－16,1771
非ポリマー5403
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycoside hydrolase family 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5953
ポリマ－16,1771
非ポリマー4182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.082, 111.970, 71.306
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.322, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1255-

HOH

21A-1261-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 18 / CBM92-B


分子量: 16176.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Succinimide substitution observed at Asp
由来: (組換発現) Chitinophaga pinensis DSM 2588 (バクテリア)
遺伝子: Cpin_2580 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A979GQH9
#2: 糖
ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M citrate buffer pH 5.5 with 15 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.991873 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.991873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→39.64 Å / Num. obs: 31344 / % possible obs: 97.03 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 33.76 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 14.65
反射 シェル解像度: 1.77→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 2569 / CC1/2: 0.843

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.15.2_3472精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ZOH

7zoh


解像度: 1.77→39.64 Å / SU ML: 0.243 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.9752
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 2346 7.5 %
Rwork0.1986 28938 -
obs0.2013 31284 96.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→39.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1950 0 64 101 2115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00562089
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.892834
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0529297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.542749
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.810.49191070.49831314X-RAY DIFFRACTION74.75
1.81-1.850.37531200.40091495X-RAY DIFFRACTION86.6
1.85-1.890.38051390.36981712X-RAY DIFFRACTION97.27
1.89-1.940.37741400.32681745X-RAY DIFFRACTION98.33
1.94-1.990.36541410.29461719X-RAY DIFFRACTION98.73
1.99-2.050.31821400.27191723X-RAY DIFFRACTION98.62
2.05-2.110.31341390.24741721X-RAY DIFFRACTION99.09
2.11-2.190.25861420.24161736X-RAY DIFFRACTION99
2.19-2.280.29181400.21441742X-RAY DIFFRACTION99.37
2.28-2.380.30321420.21591756X-RAY DIFFRACTION99.16
2.38-2.510.29521410.20431731X-RAY DIFFRACTION99.47
2.51-2.660.25811420.20821743X-RAY DIFFRACTION99.42
2.66-2.870.27881430.21751762X-RAY DIFFRACTION99.79
2.87-3.160.24651410.21161747X-RAY DIFFRACTION99.53
3.16-3.610.2031410.18971745X-RAY DIFFRACTION99.68
3.61-4.550.16881440.14571772X-RAY DIFFRACTION100
4.55-39.640.19381440.1631775X-RAY DIFFRACTION99.17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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