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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zoh | |||||||||
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タイトル | Carbohydrate binding domain CBM92-B from a multi-catalytic glucanase-chitinase from Chitinophaga pinensis DSM 2588 | |||||||||
![]() | Glycoside hydrolase family 18 | |||||||||
![]() | CARBOHYDRATE / beta-trefoil / carbohydrate binding domain / beta-glycan | |||||||||
機能・相同性 | ![]() chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mazurkewich, S. / McKee, L.S. / Lu, Z. / Branden, G. / Larsbrink, J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and biochemical analysis of family 92 carbohydrate-binding modules uncovers multivalent binding to beta-glucans. 著者: Hao, M.S. / Mazurkewich, S. / Li, H. / Kvammen, A. / Saha, S. / Koskela, S. / Inman, A.R. / Nakajima, M. / Tanaka, N. / Nakai, H. / Branden, G. / Bulone, V. / Larsbrink, J. / McKee, L.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 465.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16176.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: succinimide observed substituted at Asp 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Cpin_2580 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.49 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M citrate buffer pH 5.5 with 15 % w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.56→33.97 Å / Num. obs: 69506 / % possible obs: 95.35 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 24.42 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 8.74 |
反射 シェル | 解像度: 1.56→1.61 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 6543 / CC1/2: 0.415 / % possible all: 88.81 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3LLP 解像度: 1.56→33.97 Å / SU ML: 0.1833 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.826 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.56→33.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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