[日本語] English
万見
- PDB-7zoc: Crystal structure of the peptidase domain of collagenase H from C... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zoc
タイトルCrystal structure of the peptidase domain of collagenase H from Clostridium histolyticum in complex with N-aryl-2-alkylmercaptoacetamide-based inhibitor
要素Collagenase ColH
キーワードHYDROLASE / Collagenase / Inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tripeptidase activity / microbial collagenase / collagen metabolic process / collagen binding / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Collagenase ColG, catalytic helper subdomain / Collagenase G catalytic helper subdomain / Peptidase M9A/M9B, collagenase, bacterial / Peptidase M9, collagenase, N-terminal domain / Collagenase / Peptidase family M9 N-terminal / PKD domain / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. ...Collagenase ColG, catalytic helper subdomain / Collagenase G catalytic helper subdomain / Peptidase M9A/M9B, collagenase, bacterial / Peptidase M9, collagenase, N-terminal domain / Collagenase / Peptidase family M9 N-terminal / PKD domain / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
~{N}-(4-ethanoylphenyl)-2-sulfanyl-propanamide / Collagenase ColH
類似検索 - 構成要素
生物種Hathewaya histolytica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Schoenauer, E. / Brandstetter, H.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP31843 オーストリア
引用ジャーナル: Chemrxiv / 年: 2022
タイトル: N-Aryl-2-iso-butylmercaptoacetamides: the discovery of highly potent and selective inhibitors of Pseudomonas aeruginosa virulence factor LasB and Clostridium histolyticum virulence factor ColH
著者: Voos, K. / Yahiaoui, S. / Konstantinovic, J. / Schonauer, E. / Alhayek, A. / Sikandar, A. / Chaib, K. / Ramspoth, T. / Rox, K. / Haupenthal, J. / Koehnke, J. / Brandstetter, H. / Ducho, C. / Hirsch, A.
履歴
登録2022年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Collagenase ColH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4234
ポリマ－48,0941
非ポリマー3293
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.425, 81.981, 102.954
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Collagenase ColH / Class II collagenase / Gelatinase ColH / Microbial collagenase


分子量: 48094.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hathewaya histolytica (バクテリア)
遺伝子: colH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46085, microbial collagenase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-T8E / ~{N}-(4-ethanoylphenyl)-2-sulfanyl-propanamide


分子量: 223.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: Hepes/MOPS pH 7.1, 1,6-hexanediol, 1-butanol, 1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol, MPD, PEG 1000, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→43.6 Å / Num. obs: 34338 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.58
反射 シェル解像度: 1.91→1.98 Å / Num. unique obs: 3357 / CC1/2: 0.889

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.19rc5_4047精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5O7E

5o7e


解像度: 1.91→43.6 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 1759 5.13 %
Rwork0.1987 32562 -
obs-34321 99.5 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→43.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3064 0 17 279 3360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01053168
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02524293
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0633442
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087566
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6428442
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.91-1.960.42211280.35672452X-RAY DIFFRACTION99.5
1.96-2.020.36411230.28812492X-RAY DIFFRACTION99.77
2.02-2.080.31741250.24962460X-RAY DIFFRACTION99.54
2.08-2.160.29161360.23572476X-RAY DIFFRACTION99.58
2.16-2.250.29421530.22592443X-RAY DIFFRACTION99.35
2.25-2.350.26811210.20362530X-RAY DIFFRACTION99.62
2.35-2.470.2531250.20052484X-RAY DIFFRACTION99.69
2.47-2.630.24281240.21442484X-RAY DIFFRACTION99.66
2.63-2.830.27781460.21362514X-RAY DIFFRACTION99.96
2.83-3.110.26691350.21342505X-RAY DIFFRACTION99.36
3.11-3.560.21551420.19412520X-RAY DIFFRACTION99.25
3.56-4.490.20541460.15792546X-RAY DIFFRACTION99.7
4.49-43.60.19791550.16542656X-RAY DIFFRACTION98.6

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る