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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zn5 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of holo-PdxR from Bacillus clausii bound to its target DNA in the closed conformation, C2 symmetry. | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / transcription factor / PLP-binding protein / domain-swap homodimer | ||||||
機能・相同性 | ![]() transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
![]() | Freda, I. / Montemiglio, L.C. / Tramonti, A. / Contestabile, R. / Vallone, B. / Exertier, C. / Savino, C. / Chaves Sanjuan, A. / Bolognesi, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the DNA recognition mechanism by the bacterial transcription factor PdxR. 著者: Ida Freda / Cécile Exertier / Anna Barile / Antonio Chaves-Sanjuan / Mirella Vivoli Vega / Michail N Isupov / Nicholas J Harmer / Elena Gugole / Paolo Swuec / Martino Bolognesi / Anita ...著者: Ida Freda / Cécile Exertier / Anna Barile / Antonio Chaves-Sanjuan / Mirella Vivoli Vega / Michail N Isupov / Nicholas J Harmer / Elena Gugole / Paolo Swuec / Martino Bolognesi / Anita Scipioni / Carmelinda Savino / Martino Luigi Di Salvo / Roberto Contestabile / Beatrice Vallone / Angela Tramonti / Linda Celeste Montemiglio / ![]() ![]() 要旨: Specificity in protein-DNA recognition arises from the synergy of several factors that stem from the structural and chemical signatures encoded within the targeted DNA molecule. Here, we deciphered ...Specificity in protein-DNA recognition arises from the synergy of several factors that stem from the structural and chemical signatures encoded within the targeted DNA molecule. Here, we deciphered the nature of the interactions driving DNA recognition and binding by the bacterial transcription factor PdxR, a member of the MocR family responsible for the regulation of pyridoxal 5'-phosphate (PLP) biosynthesis. Single particle cryo-EM performed on the PLP-PdxR bound to its target DNA enabled the isolation of three conformers of the complex, which may be considered as snapshots of the binding process. Moreover, the resolution of an apo-PdxR crystallographic structure provided a detailed description of the transition of the effector domain to the holo-PdxR form triggered by the binding of the PLP effector molecule. Binding analyses of mutated DNA sequences using both wild type and PdxR variants revealed a central role of electrostatic interactions and of the intrinsic asymmetric bending of the DNA in allosterically guiding the holo-PdxR-DNA recognition process, from the first encounter through the fully bound state. Our results detail the structure and dynamics of the PdxR-DNA complex, clarifying the mechanism governing the DNA-binding mode of the holo-PdxR and the regulation features of the MocR family of transcription factors. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 212.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 162.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 14801MC ![]() 7pq9C ![]() 7zlaC ![]() 7zpaC ![]() 7zthC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55499.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CHH72_17460 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | | 分子量: 14667.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() #3: DNA鎖 | | 分子量: 14894.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Binary complex between the PLP-bound homodimeric PdxR and a 48bp double strand DNA fragment タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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分子量 | 値: 0.136 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | 詳細: GloQube system (Quorum Technologies) / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 120000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3284 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1358491 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32628 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 142 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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