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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zn1 | ||||||
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タイトル | Avidin + Biotin-Tempo | ||||||
要素 | Avidin | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / Avidin / Biotin / TEMPO free radical | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å | ||||||
データ登録者 | Milani, J. / Lau, K. / Pojer, F. / Ansermet, J.P. / Saenz, F. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Avidin + Biotin-Tempo 著者: Milani, J. / Lau, K. / Pojer, F. / Ansermet, J.P. / Saenz, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zn1.cif.gz | 140.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zn1.ent.gz | 89.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zn1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zn1_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zn1_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zn1_validation.xml.gz | 25.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zn1_validation.cif.gz | 30.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/7zn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/7zn1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7zylC 1ravS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 16787.193 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P02701 |
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-糖 , 2種, 4分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 糖 |
-非ポリマー , 4種, 55分子
#4: 化合物 | ChemComp-KFL / #5: 化合物 | ChemComp-ZN / #6: 化合物 | ChemComp-NA / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.46 % |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Zinc Acetate dihydrate 22% w/v PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.33→44.5 Å / Num. obs: 40645 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2.13 % / Biso Wilson estimate: 44.79 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 5.13 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.48 Å / Num. unique obs: 6570 / CC1/2: 0.609 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1rav 解像度: 2.33→44.5 Å / SU ML: 0.3528 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.7179 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.84 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.33→44.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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