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万見
- PDB-7zmz: Engineered Interleukin 2 bound to CD25 receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zmz
タイトルEngineered Interleukin 2 bound to CD25 receptor
要素
  • Interleukin-2
  • Interleukin-2 receptor subunit alpha
キーワードCYTOKINE / CYTOKINE RECEPTOR / PROTEIN ENGINEERING / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of T cell tolerance induction / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / interleukin-2 binding / kappa-type opioid receptor binding / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / response to tacrolimus / positive regulation of plasma cell differentiation ...regulation of T cell tolerance induction / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / interleukin-2 binding / kappa-type opioid receptor binding / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / response to tacrolimus / positive regulation of plasma cell differentiation / glycosphingolipid binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of tissue remodeling / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-2-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / kinase activator activity / positive regulation of regulatory T cell differentiation / natural killer cell activation / : / inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of B cell apoptotic process / Interleukin-2 signaling / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of dendritic spine development / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-17 production / T cell differentiation / Interleukin receptor SHC signaling / negative regulation of T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of B cell proliferation / Notch signaling pathway / negative regulation of protein phosphorylation / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / carbohydrate binding / response to ethanol / adaptive immune response / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-2 receptor alpha / : / Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 / Interleukin-2 signature. / Interleukin-2 family / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain ...Interleukin-2 receptor alpha / : / Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 / Interleukin-2 signature. / Interleukin-2 family / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-2 receptor subunit alpha / Interleukin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Fyfe, P.K. / Moraga, I. / Gaggero, S. / Mitra, S.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-206-STGEuropean Union
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2022
タイトル: IL-2 is inactivated by the acidic pH environment of tumors enabling engineering of a pH-selective mutein.
著者: Gaggero, S. / Martinez-Fabregas, J. / Cozzani, A. / Fyfe, P.K. / Leprohon, M. / Yang, J. / Thomasen, F.E. / Winkelmann, H. / Magnez, R. / Conti, A.G. / Wilmes, S. / Pohler, E. / van Gijsel ...著者: Gaggero, S. / Martinez-Fabregas, J. / Cozzani, A. / Fyfe, P.K. / Leprohon, M. / Yang, J. / Thomasen, F.E. / Winkelmann, H. / Magnez, R. / Conti, A.G. / Wilmes, S. / Pohler, E. / van Gijsel Bonnello, M. / Thuru, X. / Quesnel, B. / Soncin, F. / Piehler, J. / Lindorff-Larsen, K. / Roychoudhuri, R. / Moraga, I. / Mitra, S.
履歴
登録2022年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-2
D: Interleukin-2 receptor subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8382
ポリマ－45,8382
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.046, 89.046, 116.683
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-2 / IL-2 / T-cell growth factor / TCGF


分子量: 16821.375 Da / 分子数: 1 / 変異: T37H, R38L, T41S, F42Y, K43G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P60568
#2: タンパク質 Interleukin-2 receptor subunit alpha / IL-2 receptor subunit alpha / IL-2-RA / IL-2R subunit alpha / IL2-RA / TAC antigen / p55


分子量: 29016.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2RA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01589

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 19% PEG 3350, 0.2 M Sodium tartrate dibasic dihydrate, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→64.33 Å / Num. obs: 9238 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.233 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.246 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 3.2→3.42 Å / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 5.973 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1650 / CC1/2: 0.592 / Rpim(I) all: 1.974 / Rrim(I) all: 6.293 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1-3660精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2b5i

2b5i


解像度: 3.2→64.3 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 433 4.7 %Random
Rwork0.237 ---
obs0.238 9148 99.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 147.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→64.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2035 0 0 0 2035
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00652079
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16482808
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561312
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061355
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0684779
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.5108 Å / Origin y: 34.4197 Å / Origin z: 4.3281 Å
111213212223313233
T1.2285 Å2-0.1289 Å2-0.0175 Å2-1.0059 Å2-0.0095 Å2--0.8805 Å2
L6.4153 °2-2.3767 °2-4.2634 °2-1.3331 °21.4417 °2--5.8585 °2
S-0.0916 Å °0.1944 Å °-0.2006 Å °-0.0251 Å °-0.1498 Å °0.1779 Å °0.0685 Å °-0.6009 Å °0.1524 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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