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- PDB-7zmk: Structure of human MFAP4 in complex with the Fab fragment of the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zmk
タイトルStructure of human MFAP4 in complex with the Fab fragment of the AS0326 monoclonal antibody
要素
  • Light chain of AS0326
  • Microfibril-associated glycoprotein 4
  • heavy chain of antibody AS0326
キーワードCELL ADHESION / antibody / MFAP4 / extracellular matrix
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of collagen metabolic process / elastic fiber / microfibril / elastic fiber assembly / UV protection / Molecules associated with elastic fibres / cellular response to UV-B / supramolecular fiber organization / : / cell adhesion ...regulation of collagen metabolic process / elastic fiber / microfibril / elastic fiber assembly / UV protection / Molecules associated with elastic fibres / cellular response to UV-B / supramolecular fiber organization / : / cell adhesion / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Microfibril-associated glycoprotein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Laursen, N.S. / Andersen, G.R.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk Foundation デンマーク
引用ジャーナル: Mol.Ther. / 年: 2025
タイトル: Pharmacological blocking of microfibrillar-associated protein 4 reduces retinal neoangiogenesis and vascular leakage.
著者: Schlosser, A. / Pilecki, B. / Allen, C. / Benest, A.V. / Lynch, A.P. / Hua, J. / Ved, N. / Blackley, Z. / Andersen, T.L. / Hennig, D. / Graversen, J.H. / Moller, S. / Skallerup, S. / Ormhoj, ...著者: Schlosser, A. / Pilecki, B. / Allen, C. / Benest, A.V. / Lynch, A.P. / Hua, J. / Ved, N. / Blackley, Z. / Andersen, T.L. / Hennig, D. / Graversen, J.H. / Moller, S. / Skallerup, S. / Ormhoj, M. / Lange, C. / Agostini, H.T. / Grauslund, J. / Heegaard, S. / Dacheva, I. / Koss, M. / Hu, W. / Iglesias, B. / Lawrence, M.S. / Beck, H.C. / Steffensen, L.B. / Laursen, N.S. / Andersen, G.R. / Holmskov, U. / Bates, D.O. / Sorensen, G.L.
履歴
登録2022年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22025年2月5日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microfibril-associated glycoprotein 4
B: heavy chain of antibody AS0326
C: Light chain of AS0326
D: Microfibril-associated glycoprotein 4
E: heavy chain of antibody AS0326
F: Light chain of AS0326
G: heavy chain of antibody AS0326
H: Light chain of AS0326
I: Microfibril-associated glycoprotein 4
J: heavy chain of antibody AS0326
K: Light chain of AS0326
L: Microfibril-associated glycoprotein 4
M: heavy chain of antibody AS0326
N: Light chain of AS0326
O: Microfibril-associated glycoprotein 4
P: heavy chain of antibody AS0326
Q: Light chain of AS0326
R: Microfibril-associated glycoprotein 4
S: heavy chain of antibody AS0326
T: Light chain of AS0326
U: Microfibril-associated glycoprotein 4
V: heavy chain of antibody AS0326
W: Light chain of AS0326
X: Microfibril-associated glycoprotein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)611,83632
ポリマ－611,51624
非ポリマー3218
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: Not verified in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)317.320, 126.600, 187.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.857, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
12
22
32
42
52
62
72
82
13
23
33
43
53
63
73
83

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNALAALA(chain 'A' and resid 16 through 501)AA16 - 23437 - 255
221GLNGLNALAALA(chain 'D' and resid 16 through 501)DD16 - 23437 - 255
331GLNGLNALAALAchain 'I'II16 - 23437 - 255
441GLNGLNALAALA(chain 'L' and resid 16 through 501)LL16 - 23437 - 255
551GLNGLNALAALA(chain 'O' and resid 16 through 501)OO16 - 23437 - 255
661GLNGLNALAALAchain 'R'RR16 - 23437 - 255
771GLNGLNALAALA(chain 'U' and resid 16 through 501)UU16 - 23437 - 255
881GLNGLNALAALA(chain 'X' and resid 16 through 501)XX16 - 23437 - 255
192GLNGLNVALVAL(chain 'B' and resid 1 through 221)BB1 - 2201 - 220
2102GLNGLNVALVAL(chain 'E' and resid 1 through 221)EE1 - 2201 - 220
3112GLNGLNVALVAL(chain 'G' and resid 1 through 221)GG1 - 2201 - 220
4122GLNGLNVALVAL(chain 'J' and resid 1 through 221)JJ1 - 2201 - 220
5132GLNGLNVALVALchain 'M'MM1 - 2201 - 220
6142GLNGLNVALVAL(chain 'P' and resid 1 through 221)PP1 - 2201 - 220
7152GLNGLNVALVAL(chain 'S' and resid 1 through 221)SS1 - 2201 - 220
8162GLNGLNVALVALchain 'V'VV1 - 2201 - 220
1173ASPASPGLUGLUchain 'C'CC1 - 2131 - 213
2183ASPASPGLUGLUchain 'F'FF1 - 2131 - 213
3193ASPASPGLUGLUchain 'H'HH1 - 2131 - 213
4203ASPASPGLUGLUchain 'K'KK1 - 2131 - 213
5213ASPASPGLUGLUchain 'N'NN1 - 2131 - 213
6223ASPASPGLUGLUchain 'Q'QQ1 - 2131 - 213
7233ASPASPGLUGLUchain 'T'TT1 - 2131 - 213
8243ASPASPGLUGLUchain 'W'WW1 - 2131 - 213

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Microfibril-associated glycoprotein 4


分子量: 28674.162 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MFAP4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55083
#2: 抗体
heavy chain of antibody AS0326


分子量: 24295.252 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
Light chain of AS0326


分子量: 23470.064 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.14 M Ammonium phosphate dibasic, 14 % w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.041 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.041 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→49.25 Å / Num. obs: 100955 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 101.68 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.233 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / Num. unique obs: 9948 / CC1/2: 0.472 / Rsym value: 1.542

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M7H, 4JPI

4m7h

4jpi


解像度: 3.4→48.85 Å / SU ML: 0.5205 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.3754
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 1997 1.98 %
Rwork0.2393 98845 -
obs0.2401 100842 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 132.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→48.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41000 0 0 16 41016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005142070
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.898757092
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04936084
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00537340
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.396924572
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.480.49431410.40786956X-RAY DIFFRACTION98.6
3.48-3.580.39461400.37826983X-RAY DIFFRACTION99.72
3.58-3.680.40741420.35717029X-RAY DIFFRACTION99.71
3.68-3.80.39841420.31297055X-RAY DIFFRACTION99.83
3.8-3.940.29761430.2827024X-RAY DIFFRACTION99.72
3.94-4.10.28161420.26157017X-RAY DIFFRACTION99.6
4.1-4.280.28051420.24857059X-RAY DIFFRACTION99.88
4.28-4.510.19531430.20377051X-RAY DIFFRACTION99.83
4.51-4.790.23421420.19057038X-RAY DIFFRACTION99.86
4.79-5.160.24281430.19677086X-RAY DIFFRACTION99.93
5.16-5.680.27711440.21297071X-RAY DIFFRACTION99.88
5.68-6.50.26021430.23027116X-RAY DIFFRACTION99.97
6.5-8.180.29381450.2387129X-RAY DIFFRACTION99.93
8.18-48.850.2341450.20187231X-RAY DIFFRACTION99.41
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.86274479390.0313078089138-0.3900778602611.1184561142-0.3167356847881.44089216979-0.0394528156072-0.2737975936230.396013379920.166753840249-0.07394513863810.00610226388825-0.0143451708235-0.0562753971594-0.0003980691234340.693177591726-0.02420451994270.1115257836720.8881144500760.1071102858150.641094454217-27.0710813697103.3366941161.9318054248
22.484020267910.8041611507230.2245577385492.57716414192-0.1877197800471.933196022430.0261927631269-0.3237968115610.118416813562-0.1251473899530.0102119546360.515717270653-0.293777771305-0.0458570999753-0.06004276386580.8499061737220.05128236471210.1351061935170.922313385969-0.1325714888380.90701625046-42.8284922728133.29555698548.0598041539
32.020319822920.29571790409-0.2405986187581.95377479642-0.2371694277692.037863773890.03590625009320.3874777651680.151251716441-0.0927304635237-0.00468927047372-0.365310194745-0.156969375377-0.00913774310059-0.01962318469360.898690458682-0.000558155841489-0.05190967065060.660024220904-0.002542026216270.828776841378-29.7207165456125.13318229614.6710155572
43.01962484991-0.6065011710650.6617905550911.9530972837-0.4303827478361.275533572960.16906172923-0.144593547566-0.263050297253-0.118037936583-0.00137794150346-0.1645883836-0.03996140311470.15977495448-0.1233183090880.893408049026-0.04977661698880.09520128455970.6712443962150.01905209629140.907465642807-11.157442654597.339524877129.3933259647
52.767970711031.14749502717-0.1385821562061.673520413420.1839776901982.07970743223-0.0646486205520.2432508828110.195422342119-0.0508137142774-0.1588018931-0.002886147576630.04674011905720.1735941341070.1846168522820.787459338820.00836663255289-0.009896092658820.7173658304910.0649439034690.89236711774613.991703102124.00959884428.0079864467
62.40164574523-0.5592959834880.2068345899871.8285974724-0.4481927312011.64128941742-0.183608683186-0.162792758880.9615640225150.0930656032137-0.0131995726788-0.130383746441-0.0354536473554-0.1861672307760.1701533883580.994774286478-0.0397043928737-0.1492615341750.711545482417-0.07613167110121.31914134003-9.6508939355151.90346881929.3662032117
72.094062328130.6489651552460.2928268790811.03821731297-0.21629395231.855605755830.129392118567-0.215064104098-0.382949116183-0.0200287539407-0.04408120184730.179682907889-0.170468126806-0.161802146177-0.1061771161830.928929556339-0.06614643508290.03622623904990.916952829767-0.3344260672920.905778522104-13.4773703109146.54827536465.4179372457
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14X-RAY DIFFRACTION14(resid 110:218 and chain C) or (resid 123:224 and chain B)
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16X-RAY DIFFRACTION16(resid 110:218 and chain H) or (resid 123:224 and chain G)
17X-RAY DIFFRACTION17(resid 1:109 and chain T) or (resid 1:122 and chain S)
18X-RAY DIFFRACTION18(resid 110:218 and chain T) or (resid 123:224 and chain S)
19X-RAY DIFFRACTION19(resid 1:109 and chain W) or (resid 1:122 and chain V)
20X-RAY DIFFRACTION20(resid 110:218 and chain W) or (resid 123:224 and chain V)
21X-RAY DIFFRACTION21(resid 1:109 and chain F) or (resid 1:122 and chain E)
22X-RAY DIFFRACTION22(resid 110:218 and chain F) or (resid 123:224 and chain E)
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24X-RAY DIFFRACTION24(resid 110:218 and chain Q) or (resid 123:224 and chain P)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る