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- PDB-7zmj: SFX structure of dye-type peroxidase DtpB R243A variant in the fe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zmj
タイトルSFX structure of dye-type peroxidase DtpB R243A variant in the ferric state
要素Putative dye-decolorizing peroxidase (DyP), encapsulated subgroup
キーワードOXIDOREDUCTASE / haem / peroxidase / ferric
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Putative dye-decolorizing peroxidase (DyP), encapsulated subgroup
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lividans (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lucic, M. / Worrall, J.A.R. / Hough, M.A. / Shilova, A. / Axford, D.A. / Owen, R.L. / Tosha, T. / Sugimoto, H. / Owada, S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R021015/1 英国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Serial Femtosecond Crystallography Reveals the Role of Water in the One- or Two-Electron Redox Chemistry of Compound I in the Catalytic Cycle of the B-Type Dye-Decolorizing Peroxidase DtpB.
著者: Lucic, M. / Wilson, M.T. / Tosha, T. / Sugimoto, H. / Shilova, A. / Axford, D. / Owen, R.L. / Hough, M.A. / Worrall, J.A.R.
履歴
登録2022年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative dye-decolorizing peroxidase (DyP), encapsulated subgroup
B: Putative dye-decolorizing peroxidase (DyP), encapsulated subgroup
C: Putative dye-decolorizing peroxidase (DyP), encapsulated subgroup
D: Putative dye-decolorizing peroxidase (DyP), encapsulated subgroup
E: Putative dye-decolorizing peroxidase (DyP), encapsulated subgroup
F: Putative dye-decolorizing peroxidase (DyP), encapsulated subgroup
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,69614
ポリマ－198,9486
非ポリマー3,7488
水15,601866
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22410 Å2
ΔGint-236 kcal/mol
Surface area67630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.600, 121.300, 197.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULEULEUAA7 - 3121 - 306
21GLUGLULEULEUBB7 - 3121 - 306
12GLUGLULEULEUAA7 - 3121 - 306
22GLUGLULEULEUCC7 - 3121 - 306
13PROPROGLUGLUAA8 - 3102 - 304
23PROPROGLUGLUDD8 - 3102 - 304
14PROPROASPASPAA8 - 3112 - 305
24PROPROASPASPEE8 - 3112 - 305
15PROPROASPASPAA8 - 3112 - 305
25PROPROASPASPFF8 - 3112 - 305
16GLUGLULEULEUBB7 - 3121 - 306
26GLUGLULEULEUCC7 - 3121 - 306
17PROPROGLUGLUBB8 - 3102 - 304
27PROPROGLUGLUDD8 - 3102 - 304
18PROPROASPASPBB8 - 3112 - 305
28PROPROASPASPEE8 - 3112 - 305
19PROPROASPASPBB8 - 3112 - 305
29PROPROASPASPFF8 - 3112 - 305
110PROPROGLUGLUCC8 - 3102 - 304
210PROPROGLUGLUDD8 - 3102 - 304
111PROPROASPASPCC8 - 3112 - 305
211PROPROASPASPEE8 - 3112 - 305
112PROPROASPASPCC8 - 3112 - 305
212PROPROASPASPFF8 - 3112 - 305
113PROPROGLUGLUDD8 - 3102 - 304
213PROPROGLUGLUEE8 - 3102 - 304
114PROPROGLUGLUDD8 - 3102 - 304
214PROPROGLUGLUFF8 - 3102 - 304
115PROPROASPASPEE8 - 3112 - 305
215PROPROASPASPFF8 - 3112 - 305

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

#1: タンパク質
Putative dye-decolorizing peroxidase (DyP), encapsulated subgroup


分子量: 33158.062 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
遺伝子: SLI_7409 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U9HFU5
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 866 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 7.5
詳細: 6.2 mg/mL of protein in 20mM Sodium phosphate, 150mM NaCl pH 7 mixed with 125 mM MgCl2, 125 mM HEPES, 18% PEG 4000, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 301 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.13 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月6日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.13 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35.27 Å / Num. obs: 140951 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 207.8 % / CC1/2: 0.947 / R split: 0.194 / Net I/σ(I): 4.09
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / Num. unique obs: 13959 / CC1/2: 0.48 / R split: 0.79
Serial crystallography measurementPulse duration: 10 fsec.
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: HEC / Filter size: 30 µm / Flow rate: 0.0068 µL/min / Injector diameter: 100 µm
Serial crystallography data reductionXFEL pulse events: 5000

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CrystFEL0.10.0データ削減
CrystFEL0.10.0データスケーリング
REFMAC5.8.0267位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YRJ

6yrj


解像度: 2→35.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 4.759 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 6916 4.9 %RANDOM
Rwork0.2015 ---
obs0.2028 133981 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 122.05 Å2 / Biso mean: 28.357 Å2 / Biso min: 13.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å2-0 Å2
2--0.28 Å2-0 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→35.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13860 0 260 866 14986
Biso mean--22.01 34.96 -
残基数----1833
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01314691
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01413506
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6541.67720075
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3781.59331020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.70251873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.22720.556792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.864152191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.03815139
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217021
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.023487
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A89420.08
12B89420.08
21A90560.08
22C90560.08
31A90170.07
32D90170.07
41A89280.08
42E89280.08
51A90100.07
52F90100.07
61B89810.08
62C89810.08
71B89650.07
72D89650.07
81B90920.05
82E90920.05
91B89410.07
92F89410.07
101C90550.07
102D90550.07
111C89530.08
112E89530.08
121C90850.07
122F90850.07
131D90400.08
132E90400.08
141D90920.07
142F90920.07
151E90410.07
152F90410.07
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 538 -
Rwork0.381 9783 -
all-10321 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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