PDB-7zm9: Ketosynthase domain 3 of Brevibacillus Brevis orphan BGC11

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zm9

タイトル

Ketosynthase domain 3 of Brevibacillus Brevis orphan BGC11

要素

Putative polyketide synthase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Ketosynthase / polyketide synthase / Claisen condensation / thiolase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Brevibacillus brevis NBRC 100599 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Tittes, Y.U. / Herbst, D.A. / Jakob, R.P. / Maier, T.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: The structure of a polyketide synthase bimodule core.
著者: Yves U Tittes / Dominik A Herbst / Solène F X Martin / Hugo Munoz-Hernandez / Roman P Jakob / Timm Maier /

要旨: Polyketide synthases (PKSs) are predominantly microbial biosynthetic enzymes. They assemble highly potent bioactive natural products from simple carboxylic acid precursors. The most versatile ...

履歴

登録	2022年4月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zm9.cif.gz	363.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zm9.ent.gz	299 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zm9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zm9_validation.pdf.gz	449.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zm9_full_validation.pdf.gz	458.5 KB	表示
XML形式データ	7zm9_validation.xml.gz	28.7 KB	表示
CIF形式データ	7zm9_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/7zm9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/7zm9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	14793C 14795C 14945C 7zmaC 7zmcC 7zmdC 7zmfC 7zskC 4z37S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (15) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative polyketide synthase

ヘテロ分子

68 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative polyketide synthase

ヘテロ分子

A: Putative polyketide synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
136 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.780, 92.690, 99.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.540, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative polyketide synthase 分子量: 67347.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: CSD in strucutre is an oxidized CYS, and therefore not a sequence missmatch 由来: (組換発現) Brevibacillus brevis NBRC 100599 (バクテリア) 株: 47 / JCM 6285 / NBRC 100599 / 遺伝子: BBR47_39880 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C0ZGQ6
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 ul drop of 12 mg/ml protein in buffer (20 mM Hepes KOH pH 8.0, 250 mM NaCl, 5 % v/v glycerol, 5 mM DTT) with 0.2 ul of reservoir solution (1 % w/v PEG MME 2k, 1 M Na succinate)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→60.483 Å / Num. obs: 145063 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 28.42 Å² / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 1.62→1.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 10662 / CC_1/2: 0.625 / % possible all: 99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4z37

4z37

解像度: 1.62→60.483 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1675	2000	1.38 %
R_work	0.1521	143021	-
obs	0.1524	145021	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 202.05 Å² / B_iso mean: 58.7989 Å² / B_iso min: 21.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.62→60.483 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4652	0	110	519	5281
B_iso mean	-	-	87.14	55.82	-
残基数	-	-	-	-	596

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.62-1.6605	0.4014	142	0.3808	10155	99
1.6605-1.7054	0.3438	143	0.3323	10172	100
1.7054-1.7556	0.3134	141	0.2865	10113	99
1.7556-1.8122	0.3041	142	0.2474	10172	100
1.8122-1.877	0.2263	143	0.2178	10177	100
1.877-1.9522	0.2002	142	0.1953	10156	100
1.9522-2.041	0.1641	142	0.1577	10203	100
2.041-2.1486	0.1576	143	0.1456	10231	100
2.1486-2.2832	0.1629	143	0.1392	10172	100
2.2832-2.4595	0.1492	143	0.1328	10268	100
2.4595-2.707	0.1606	144	0.1369	10248	100
2.707-3.0988	0.1791	143	0.1522	10268	100
3.0988-3.904	0.1594	144	0.1351	10278	100
3.904-60.483	0.1328	145	0.1335	10408	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0555	-0.6529	0.2822	2.3616	0.662	1.212	0.0561	0.1328	0.4652	-0.2455	-0.0604	-0.4018	-0.1303	0.1891	-0.0186	0.3203	-0.0065	0.0723	0.3505	0.1082	0.5399	18.9582	41.9509	41.238
2	1.4995	-0.1692	0.0939	1.6749	0.1488	1.1313	0.0387	0.06	0.6736	-0.173	-0.0592	-0.2825	-0.3023	0.0371	0.0675	0.3643	-0.0018	0.0546	0.3139	0.1102	0.5526	9.6235	52.3285	40.7536
3	1.7604	-0.2408	0.0444	1.6249	-0.2179	0.8699	0.0583	-0.0623	0.2445	0.0224	-0.0776	-0.3285	0.02	0.083	0.0208	0.2436	0.0002	-0.0072	0.2498	0.0177	0.2789	11.1237	34.946	49.3975
4	1.3428	-0.0634	-0.1232	3.0392	0.7703	2.5139	0.0776	-0.1906	0.2457	0.1333	-0.0393	-0.9882	-0.0576	0.4427	0.0186	0.2721	-0.0004	-0.1038	0.4603	0.0346	0.7152	30.4914	32.5999	55.4306
5	2.7877	-0.8105	-0.2312	2.7642	0.2415	1.426	0.0003	0.1845	-0.4363	-0.1245	-0.2327	-0.2646	0.3124	0.1997	0.0414	0.2982	0.0613	0.0287	0.3034	0.0398	0.4135	19.9783	19.961	47.3595
6	1.4669	-0.7075	-0.2205	1.6471	1.3414	1.8704	-0.0546	0.2203	0.1928	-0.1652	0.1208	-0.4161	0.0054	0.5118	0.0005	0.6776	0.0754	0.2418	0.6891	0.1963	0.3673	19.8692	34.9569	16.8712
7	1.0178	0.0778	-0.0536	0.5536	0.2658	1.2676	-0.0731	0.6678	0.203	-0.5147	0.0313	-0.4826	0.0644	0.4376	0.0918	0.8402	0.0977	0.2938	0.8771	0.1614	0.3865	19.8946	34.3097	13.2319
8	3.8543	0.1472	0.5467	2.3017	0.1054	2.4642	0.0976	0.5052	-0.1006	-0.3927	-0.0112	0.4885	0.2663	-0.3369	0.0127	1.1038	0.0782	0.1085	0.9913	0.069	0.4278	3.5558	28.4015	4.6011
9	1.5421	0.0831	0.351	0.8828	0.1655	1.7741	-0.0392	0.562	0.0792	-0.4102	0.0785	0.069	0.2511	0.1872	0.0002	0.5812	0.0239	0.1454	0.5579	0.1444	0.3502	9.8844	34.8323	22.6069

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 535 through 578 )	A	535 - 578
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 579 through 640 )	A	579 - 640
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 641 through 888 )	A	641 - 888
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 889 through 923 )	A	889 - 923
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 924 through 965 )	A	924 - 965
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 966 through 1000 )	A	966 - 1000
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1001 through 1057 )	A	0
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1058 through 1096 )	A	0
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 1097 through 1130 )	A	0

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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