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万見
- PDB-7zkx: SRPK2 IN COMPLEX WITH INHIBITOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zkx
タイトルSRPK2 IN COMPLEX WITH INHIBITOR
要素SRSF protein kinase 2
キーワードTRANSFERASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / SRPK2 / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear speck organization / R-loop processing / regulation of mRNA processing / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Maturation of nucleoprotein / negative regulation of viral genome replication / spliceosomal complex assembly / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of cell cycle / 14-3-3 protein binding ...nuclear speck organization / R-loop processing / regulation of mRNA processing / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Maturation of nucleoprotein / negative regulation of viral genome replication / spliceosomal complex assembly / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of cell cycle / 14-3-3 protein binding / RNA splicing / positive regulation of neuron apoptotic process / peptidyl-serine phosphorylation / angiogenesis / cell differentiation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein phosphorylation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / chromatin / nucleolus / magnesium ion binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-IXQ / NITRATE ION / SRSF protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Graedler, U.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: MSC-1186, a Highly Selective Pan-SRPK Inhibitor Based on an Exceptionally Decorated Benzimidazole-Pyrimidine Core.
著者: Schroder, M. / Leiendecker, M. / Gradler, U. / Braun, J. / Blum, A. / Wanior, M. / Berger, B.T. / Kramer, A. / Muller, S. / Esdar, C. / Knapp, S. / Heinrich, T.
履歴
登録2022年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SRSF protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,51813
ポリマ－70,2071
非ポリマー1,31112
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area16560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.755, 107.755, 90.228
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 SRSF protein kinase 2 / SFRS protein kinase 2 / Serine/arginine-rich protein-specific kinase 2 / SR-protein-specific kinase 2


分子量: 70206.562 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRPK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P78362, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 6種, 145分子

#2: 化合物 ChemComp-IXQ / N-[3-[[[2-(6-chloranyl-5-fluoranyl-1H-benzimidazol-2-yl)pyrimidin-4-yl]amino]methyl]pyridin-2-yl]-N-methyl-methanesulfonamide / N-(3-{[2-(5-Chloro-6-fluoro-1H-benzoimidazol-2-yl)-pyrimidin-4-ylamino]-methyl}-pyridin-2-yl)-N-methyl-methanesulfonamide


分子量: 461.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17ClFN7O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 5 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 20 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99989 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→93.32 Å / Num. obs: 36972 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.9 % / Rrim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 15.51
反射 シェル解像度: 2.06→2.31 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / Num. unique obs: 10714 / Rrim(I) all: 0.584 / Rsym value: 0.473 / % possible all: 98.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2X7G

2x7g


解像度: 2.06→93.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 7.792 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2075 1766 4.8 %RANDOM
Rwork0.1793 ---
obs0.1807 35191 97.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 129.33 Å2 / Biso mean: 57.306 Å2 / Biso min: 27.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20.13 Å20 Å2
2--0.27 Å2-0 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.06→93.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2762 0 80 133 2975
Biso mean--70.13 54.14 -
残基数----339
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192882
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5361.9653907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.24836177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5045343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.71323.492126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.10815473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7121516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02669
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.114 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 128 -
Rwork0.305 2588 -
all-2716 -
obs--99.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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