PDB-7zkw: Crystal structure of cystinosin from Arabidopsis thaliana in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zkw

タイトル

Crystal structure of cystinosin from Arabidopsis thaliana in complex with Cystine and sybody

要素

Cystinosin homolog
sybody

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Cystinosin / PQ-loop protein / proton coupling / cystine transport

機能・相同性

Lysosomal cystine transporter / Repeated motif present between transmembrane helices in cystinosin, yeast ERS1p, mannose-P-dolichol utilization defect 1, and other hypothetical proteins. / PQ-loop repeat / PQ loop repeat / L-cystine transmembrane transporter activity / plant-type vacuole / lysosomal membrane / L-cystine / Cystinosin homolog

機能・相同性情報

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.372 Å

データ登録者

Parker, J.L. / Loebel, M. / Newstead, S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for proton coupled cystine transport by cystinosin.
著者: Lobel, M. / Salphati, S.P. / El Omari, K. / Wagner, A. / Tucker, S.J. / Parker, J.L. / Newstead, S.

履歴

登録	2022年4月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zkw.cif.gz	713.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zkw.ent.gz	447.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zkw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zkw_validation.pdf.gz	864 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zkw_full_validation.pdf.gz	891.1 KB	表示
XML形式データ	7zkw_validation.xml.gz	29.4 KB	表示
CIF形式データ	7zkw_validation.cif.gz	38.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/7zkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/7zkw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zk1SC 7zkzC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cystinosin homolog

B: Cystinosin homolog

C: sybody

D: sybody

ヘテロ分子

91.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cystinosin homolog

C: sybody

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cystinosin homolog

D: sybody

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	283.372, 64.065, 55.443
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.946, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	A	3 - 245
2	1	1	A	3 - 245
3	2	2	A	1 - 121
4	2	2	A	1 - 121

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

#1: タンパク質	Cystinosin homolog 分子量: 31902.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At5g40670, MNF13.23 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant (発現宿主): BJ5460 / 参照: UniProt: P57758
#2: 抗体	sybody 分子量: 13651.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-IYY / L-cystine / (2R)-2-azanyl-3-[[(2R)-2-azanyl-3-oxidanyl-3-oxidanylidene-propyl]disulfanyl]propanoic acid / シスチン分子量: 240.300 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂N₂O₄S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5 詳細: 28% PEG 500DME, 100 mM MES-NaOH, pH 5.50, 150 mM K-formate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.676
pseudo-merohedral	2	2	-H-4/2L, -K, L	2	0.324

反射

解像度: 3.37→69.78 Å / Num. obs: 13144 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.79 / R_pim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 2

反射シェル

解像度: 3.37→3.52 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 3643 / CC_1/2: 0.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0350	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7ZK1

7zk1

解像度: 3.372→69.778 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.823 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.802 / WR_factor R_free: 0.276 / WR_factor R_work: 0.238 / SU B: 27.489 / SU ML: 0.22 / Average fsc free: 0.9804 / Average fsc work: 0.9851 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.144 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2795	631	4.833 %
R_work	0.2495	12426	-
all	0.251	-	-
obs	-	13057	92.774 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.309 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.757 Å²	0 Å²	-2.371 Å²
2-	-	-8.223 Å²	-0 Å²
3-	-	-	12.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.372→69.778 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5898	0	28	0	5926

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.011	6096
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.044	0.016	5448
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.006	1.624	8290
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.036	1.549	12600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.72	5	724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.578	10	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.495	10	962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.383	10	280
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	894
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6862
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.248	0.2	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.226	0.2	5654
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.2	2994
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	3209
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.108	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.396	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.441	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.434	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.163	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.388	5.595	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.388	5.595	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.045	8.388	3630
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.045	8.388	3631
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.179	5.681	3188
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.179	5.681	3187
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.814	8.492	4660
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.814	8.492	4660
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.628	108.348	25601
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.628	108.347	25600
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.149	0.05	8309
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.105	0.05	3636

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14878	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14878	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10485	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10485	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.372-3.46	0.527	2	0.277	97	X-RAY DIFFRACTION	20
3.46-3.554	0.283	54	0.266	926	X-RAY DIFFRACTION	96.9337
3.554-3.657	0.264	34	0.247	926	X-RAY DIFFRACTION	98.4615
3.657-3.77	0.23	38	0.225	882	X-RAY DIFFRACTION	97.4576
3.77-3.893	0.27	41	0.238	873	X-RAY DIFFRACTION	99.5643
3.893-4.03	0.24	38	0.2	865	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.182	0.267	40	0.243	816	X-RAY DIFFRACTION	100
4.182-4.353	0.262	44	0.254	781	X-RAY DIFFRACTION	99.3976
4.353-4.546	0.299	47	0.263	723	X-RAY DIFFRACTION	97.3451
4.546-4.767	0.27	37	0.246	740	X-RAY DIFFRACTION	100
4.767-5.025	0.263	37	0.234	698	X-RAY DIFFRACTION	99.3243
5.025-5.329	0.303	29	0.244	653	X-RAY DIFFRACTION	99.8536
5.329-5.697	0.392	48	0.256	594	X-RAY DIFFRACTION	99.3808
5.697-6.152	0.318	33	0.269	587	X-RAY DIFFRACTION	100
6.152-6.738	0.315	31	0.264	502	X-RAY DIFFRACTION	97.0856
6.738-7.531	0.27	28	0.233	492	X-RAY DIFFRACTION	100
7.531-8.692	0.351	10	0.224	443	X-RAY DIFFRACTION	99.5604
8-10	0.222	22	0.202	363	X-RAY DIFFRACTION	97.7157

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1411	0.0357	0.1066	0.0469	-0.0386	0.2129	-0.0471	-0.0586	-0.0047	-0.0562	0.0413	0.029	0.0584	-0.1368	0.0058	0.107	0.0076	0.0164	0.258	-0.0162	0.2255	22.653	-2.9019	20.0297
2	0.1261	-0.0501	-0.0382	0.1312	0.0184	0.0148	-0.0216	0.1083	0.0203	-0.0386	0.0263	0.0342	-0.0042	-0.0527	-0.0048	0.0745	0.001	0.0382	0.3063	-0.0057	0.1803	18.8333	25.0799	43.4876
3	0.5853	-0.4637	-0.4769	0.7814	0.5949	0.5047	-0.0137	0.0421	0.0331	-0.1287	0.0853	-0.0877	-0.0642	0.0159	-0.0717	0.0484	-0.0292	0.0191	0.1198	0.0158	0.1969	59.3472	-6.4889	24.7671
4	0.6283	0.8527	0.5151	1.4259	1.0488	0.882	-0.0703	0.0925	0.0138	-0.0327	0.1377	-0.0295	0.0275	0.0679	-0.0675	0.0272	-0.0103	-0.0049	0.1141	0.0394	0.1591	54.1344	29.3161	54.1351

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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