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- PDB-7zkt: Moss spermine/spermidine acetyl transferase (PpSSAT) in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zkt
タイトルMoss spermine/spermidine acetyl transferase (PpSSAT) in complex with CoA and lysine
要素N-acetyltransferase domain-containing protein
キーワードTRANSFERASE / Acetylation / moss / SSAT
機能・相同性N-acetyltransferase activity / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / COENZYME A / LYSINE / N-acetyltransferase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Physcomitrium patens (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Morera, S. / Kopecny, D. / Vigouroux, A. / Briozzo, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2023
タイトル: Biochemical and structural basis of polyamine, lysine and ornithine acetylation catalyzed by spermine/spermidine N-acetyl transferase in moss and maize.
著者: Belicek, J. / Luptakova, E. / Kopecny, D. / Frommel, J. / Vigouroux, A. / Cavar Zeljkovic, S. / Jagic, F. / Briozzo, P. / Kopecny, D.J. / Tarkowski, P. / Nisler, J. / De Diego, N. / Morera, S. / Kopecna, M.
履歴
登録2022年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetyltransferase domain-containing protein
B: N-acetyltransferase domain-containing protein
C: N-acetyltransferase domain-containing protein
D: N-acetyltransferase domain-containing protein
E: N-acetyltransferase domain-containing protein
F: N-acetyltransferase domain-containing protein
G: N-acetyltransferase domain-containing protein
H: N-acetyltransferase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,36746
ポリマ－208,8318
非ポリマー8,53638
水12,214678
1
A: N-acetyltransferase domain-containing protein
B: N-acetyltransferase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,55814
ポリマ－52,2082
非ポリマー2,35012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10810 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area17580 Å2
手法PISA
2
C: N-acetyltransferase domain-containing protein
D: N-acetyltransferase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,32612
ポリマ－52,2082
非ポリマー2,11910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10430 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area17170 Å2
手法PISA
3
E: N-acetyltransferase domain-containing protein
F: N-acetyltransferase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1459
ポリマ－52,2082
非ポリマー1,9387
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9670 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area17430 Å2
手法PISA
4
G: N-acetyltransferase domain-containing protein
H: N-acetyltransferase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,33711
ポリマ－52,2082
非ポリマー2,1309
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10210 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area17650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.010, 138.430, 129.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
N-acetyltransferase domain-containing protein


分子量: 26103.910 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Physcomitrium patens (植物) / 遺伝子: PHYPA_008003 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K1KKM6

-
非ポリマー , 6種, 716分子

#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M trisodium citrate pH 5.6, 15 % PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→94.55 Å / Num. obs: 138210 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 44.92 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.06→2.291 Å / Rmerge(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4684 / CC1/2: 0.579

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ZHC

7zhc


解像度: 2.06→94.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU R Cruickshank DPI: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.256 / SU Rfree Blow DPI: 0.183 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.185
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 4303 4.64 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.177 92757 65.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 188.9 Å2 / Biso mean: 55.78 Å2 / Biso min: 19.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4744 Å20 Å2-2.783 Å2
2--3.1673 Å20 Å2
3----0.6929 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.06→94.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12459 0 915 678 14052
Biso mean--60.56 51.61 -
残基数----1591
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4553SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2166HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13695HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd6SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1747SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15253SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d13695HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg18692HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.66
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 8 5.44 %
Rwork0.2192 139 -
all0.2207 147 -
obs--1.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5385-0.28360.5241.24780.14932.18870.05930.1583-0.63150.0329-0.02740.11680.35890.0404-0.0319-0.2949-0.0005-0.0379-0.2001-0.0175-0.134819.8343-7.800534.3453
21.4936-0.00970.09881.38750.461.6135-0.0986-0.05160.20310.18560.08310.0407-0.3255-0.00660.0155-0.1750.0248-0.0561-0.18920.0214-0.253119.730818.197647.9619
31.8601-0.46590.24591.93710.12451.47610.094-0.0348-0.1836-0.1072-0.0028-0.00920.19810.0152-0.0912-0.28180.0199-0.0503-0.1422-0.0197-0.238151.743-3.943915.1053
41.6304-1.37690.11293.4985-0.1461.04680.03270.06550.5792-0.2209-0.0105-0.5805-0.2780.0899-0.0222-0.2788-0.00430.0303-0.2132-0.017-0.117251.801825.234712.89
51.69940.98060.48042.98630.62562.04520.0850.1292-0.029-0.26330.0619-0.4742-0.40540.3629-0.1469-0.1787-0.14370.0535-0.1237-0.0434-0.315749.675172.38352.6554
61.03980.98810.16694.93510.50731.18980.13850.075-0.41860.22780.061-0.9610.19980.2714-0.1995-0.2549-0.001-0.137-0.1911-0.0689-0.132348.011742.948954.7506
71.7865-0.10990.35491.95430.442.40050.029-0.1388-0.17390.05860.02460.15020.1035-0.0849-0.0537-0.20560.021-0.0203-0.17660.0651-0.287222.977750.350115.3733
82.83250.52810.26921.70530.59863.6978-0.0236-0.42890.72530.1164-0.09760.4025-1.1928-0.4240.12120.02480.13490.0069-0.3131-0.0614-0.328120.256976.375928.8478
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A2 - 214
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C2 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D2 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E2 - 214
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F2 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G2 - 214
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H4 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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