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- PDB-7zkf: Crystal Structure of human Brachyury G177D variant in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zkf
タイトルCrystal Structure of human Brachyury G177D variant in complex with CF-5-86
要素T-box transcription factor T
キーワードTRANSCRIPTION / Brachyury / Chordoma
機能・相同性
機能・相同性情報


primitive streak formation / anterior/posterior axis specification, embryo / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / Germ layer formation at gastrulation / Formation of definitive endoderm / Formation of axial mesoderm / Cardiogenesis / cell fate specification / Formation of paraxial mesoderm ...primitive streak formation / anterior/posterior axis specification, embryo / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / Germ layer formation at gastrulation / Formation of definitive endoderm / Formation of axial mesoderm / Cardiogenesis / cell fate specification / Formation of paraxial mesoderm / mesoderm development / mesoderm formation / somitogenesis / heart morphogenesis / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, Brachyury / T-box transcription factor / Transcription factor, T-box, conserved site / T-box superfamily / T-box transcription factor, DNA-binding domain / T-box domain signature 2. / T-box domain signature 1. / T-box domain profile. / Domain first found in the mice T locus (Brachyury) protein / T-box / p53-like transcription factor, DNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / T-box transcription factor T
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Newman, J.A. / Gavard, A. / Aitkenhead, H. / Imprachim, N. / Sherestha, L. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Gileadi, O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
The Mark Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into human brachyury DNA recognition and discovery of progressible binders for cancer therapy.
著者: Newman, J.A. / Gavard, A.E. / Imprachim, N. / Aitkenhead, H. / Sheppard, H.E. / Te Poele, R. / Clarke, P.A. / Hossain, M.A. / Temme, L. / Oh, H.J. / Wells, C.I. / Davis-Gilbert, Z.W. / ...著者: Newman, J.A. / Gavard, A.E. / Imprachim, N. / Aitkenhead, H. / Sheppard, H.E. / Te Poele, R. / Clarke, P.A. / Hossain, M.A. / Temme, L. / Oh, H.J. / Wells, C.I. / Davis-Gilbert, Z.W. / Workman, P. / Gileadi, O. / Drewry, D.H.
履歴
登録2022年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 2.02025年2月19日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
改定 2.12025年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-box transcription factor T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0103
ポリマ－19,6561
非ポリマー3542
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area480 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area9490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.960, 99.960, 99.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

PO4

21A-302-

PO4

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要素

#1: タンパク質 T-box transcription factor T / Brachyury protein / Protein T


分子量: 19655.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBXT, T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15178
#2: 化合物 ChemComp-A1I1T / N-(4-((2-fluorophenyl)(hydroxy)methyl)phenyl)acetamide / ~{N}-[4-[(~{R})-(2-fluorophenyl)-oxidanyl-methyl]phenyl]ethanamide


分子量: 259.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14FNO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M SPG pH 7.0, 30 % PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→42.98 Å / Num. obs: 24512 / % possible obs: 79.02 % / 冗長度: 16 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 32.76
反射 シェル解像度: 1.493→1.546 Å / Rmerge(I) obs: 0.7466 / Mean I/σ(I) obs: 0.81 / Num. unique obs: 718 / CC1/2: 0.617 / % possible all: 23.11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.49→42.98 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 1210 4.94 %
Rwork0.1814 --
obs0.1833 24508 79.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→42.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1380 0 24 234 1638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061529
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8322083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.354587
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005273
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.49-1.550.3698350.3486790X-RAY DIFFRACTION24
1.55-1.620.2674750.25871535X-RAY DIFFRACTION47
1.62-1.710.24731020.2312000X-RAY DIFFRACTION62
1.71-1.820.26491490.22262574X-RAY DIFFRACTION80
1.82-1.960.26231700.21083191X-RAY DIFFRACTION98
1.96-2.150.22041600.20233242X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.460.2631600.19463296X-RAY DIFFRACTION100
2.46-3.110.22861680.19083291X-RAY DIFFRACTION100
3.11-42.980.18871910.15453379X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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