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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zk2 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of human Brachyury G177D variant in complex with CSC027898502 | ||||||
要素 | T-box transcription factor Tブラキウリ | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Brachyury (ブラキウリ) / Chordoma | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 primitive streak formation / anterior/posterior axis specification, embryo / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / Germ layer formation at gastrulation / Formation of definitive endoderm / Formation of axial mesoderm / Cardiogenesis / cell fate specification / Formation of paraxial mesoderm ...primitive streak formation / anterior/posterior axis specification, embryo / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / Germ layer formation at gastrulation / Formation of definitive endoderm / Formation of axial mesoderm / Cardiogenesis / cell fate specification / Formation of paraxial mesoderm / mesoderm development / mesoderm formation / somitogenesis / heart morphogenesis / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Newman, J.A. / Gavard, A. / Aitkenhead, H. / Imprachim, N. / Sherestha, L. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Gileadi, O. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of human Brachyury G177D variant in complex with CSC027898502 著者: Newman, J.A. / Gavard, A. / Aitkenhead, H. / Imprachim, N. / Sherestha, L. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Gileadi, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zk2.cif.gz | 53.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zk2.ent.gz | 39.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zk2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/7zk2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/7zk2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19655.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBXT, T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15178 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-IU4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M SPG pH 7.0, 30 % PEG 1000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→39.63 Å / Num. obs: 25137 / % possible obs: 99.73 % / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 25.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1238 / Rpim(I) all: 0.03021 / Net I/σ(I): 11.83 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.657 Å / Rmerge(I) obs: 2.721 / Mean I/σ(I) obs: 0.76 / Num. unique obs: 2476 / CC1/2: 0.374 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.6→39.63 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.86 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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