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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zk1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cystinosin from Arabidopsis thaliana bound to sybody and nanobody | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Cystinosin / PQ-loop protein / proton coupling / cystine transport | ||||||
機能・相同性 | Lysosomal cystine transporter / Repeated motif present between transmembrane helices in cystinosin, yeast ERS1p, mannose-P-dolichol utilization defect 1, and other hypothetical proteins. / PQ-loop repeat / PQ loop repeat / L-cystine transmembrane transporter activity / plant-type vacuole / lysosomal membrane / Cystinosin homolog![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Loebel, M. / Newstead, S. / Omari, K.E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for proton coupled cystine transport by cystinosin. 著者: Lobel, M. / Salphati, S.P. / El Omari, K. / Wagner, A. / Tucker, S.J. / Parker, J.L. / Newstead, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 205 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 168.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 411.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 421.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7zkwC ![]() 7zkzC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31902.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: At5g40670, MNF13.23 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 13888.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: 抗体 | 分子量: 13651.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.19 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5 詳細: 27.5% PEG 500DME, 100 mM MES-NaOH, pH 5.50, 100 mM K-formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月20日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.65→79.99 Å / Num. obs: 28079 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.542 / Rpim(I) all: 0.114 / Rrim(I) all: 0.554 / Net I/σ(I): 5.9 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.9
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso max: 131.86 Å2 / Biso mean: 84.8151 Å2 / Biso min: 33.68 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.49 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→79.99 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.68 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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