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- PDB-7zk1: Crystal structure of cystinosin from Arabidopsis thaliana bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zk1
タイトルCrystal structure of cystinosin from Arabidopsis thaliana bound to sybody and nanobody
要素
  • Cystinosin homolog
  • Llama derived nanobody
  • Synthetic nanobody (Sybody)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Cystinosin / PQ-loop protein / proton coupling / cystine transport
機能・相同性
機能・相同性情報


L-cystine transport / L-amino acid transmembrane transporter activity / plant-type vacuole / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
Lysosomal cystine transporter / Repeated motif present between transmembrane helices in cystinosin, yeast ERS1p, mannose-P-dolichol utilization defect 1, and other hypothetical proteins. / PQ-loop repeat / PQ loop repeat / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cystinosin homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Lama glama (ラマ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Loebel, M. / Newstead, S. / Omari, K.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust215519/Z/19/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for proton coupled cystine transport by cystinosin.
著者: Lobel, M. / Salphati, S.P. / El Omari, K. / Wagner, A. / Tucker, S.J. / Parker, J.L. / Newstead, S.
履歴
登録2022年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystinosin homolog
B: Llama derived nanobody
C: Synthetic nanobody (Sybody)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4433
ポリマ－59,4433
非ポリマー00
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area22830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.787, 319.962, 45.648
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Cystinosin homolog


分子量: 31902.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g40670, MNF13.23 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ5460 / 参照: UniProt: P57758
#2: タンパク質 Llama derived nanobody


分子量: 13888.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
#3: 抗体 Synthetic nanobody (Sybody)


分子量: 13651.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5
詳細: 27.5% PEG 500DME, 100 mM MES-NaOH, pH 5.50, 100 mM K-formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→79.99 Å / Num. obs: 28079 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.542 / Rpim(I) all: 0.114 / Rrim(I) all: 0.554 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.9

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
2.65-2.7913.67.0955437040120.3792.0117.380.5
8.37-79.99210.1342198410460.9960.0340.13917.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→79.99 Å / SU R Cruickshank DPI: 0.391 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.391 / SU Rfree Blow DPI: 0.286 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.289
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1331 -RANDOM
Rwork0.23 ---
obs-26170 93.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 131.86 Å2 / Biso mean: 84.8151 Å2 / Biso min: 33.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.7123 Å20 Å20 Å2
2--23.4473 Å20 Å2
3----16.735 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→79.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3920 0 0 32 3952
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.68 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 24 4.58 %
Rwork0.32 524 -
obs--52.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4985-0.04340.35043.40870.17170.67180.0289-0.05640.27180.0099-0.0746-0.07570.2014-0.07050.04570.304-0.00820.01530.03460.02470.16483.411635.7648-4.5806
22.5088-1.37130.21676.31132.09183.9251-0.23120.171-0.3537-0.01470.084-0.5169-0.248-0.00910.14720.304-0.02930.01360.0030.01540.109411.90953.191217.4456
32.64640.4144-0.36257.5323-0.5650.29270.16120.0829-0.00060.19480.0247-0.0719-0.0497-0.0002-0.18590.17050.0309-0.0663-0.0885-0.04620.3044.492372.7504-2.0436
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A3 - 245
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 127
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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