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- PDB-7zjo: Phosphorylated Thalassospira sp. esterase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zjo
タイトルPhosphorylated Thalassospira sp. esterase
要素Lipase
キーワードHYDROLASE / esterase / lipase / inhibitor / complex / phosphorylated
機能・相同性P-NITROPHENOL / :
機能・相同性情報
生物種Thalassospira sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lund, B.A.
資金援助 ノルウェー, 2件
組織認可番号国
Research Council of Norway262695 ノルウェー
Research Council of Norway274858 ノルウェー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Phosphorylated Thalassospira sp. esterase
著者: Lund, B.A.
履歴
登録2022年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase
B: Lipase
C: Lipase
D: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,50921
ポリマ－136,7684
非ポリマー1,74117
水14,124784
1
C: Lipase
ヘテロ分子

A: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,16810
ポリマ－68,3842
非ポリマー7848
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
2
B: Lipase
D: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,34111
ポリマ－68,3842
非ポリマー9579
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)161.210, 115.768, 87.554
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.059, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Lipase


分子量: 34191.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thalassospira sp. (バクテリア) / 遺伝子: CMO05_03125 / プラスミド: pET-26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Nico21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2E9W914

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非ポリマー , 5種, 801分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL


分子量: 139.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 784 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.82 % / 解説: plate-like
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium HEPES 7.5, 2 % v/v PEG 400 (Structure HT C6)
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→64.1 Å / Num. obs: 113113 / % possible obs: 96.78 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 27.25 Å2 / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.07344 / Net I/σ(I): 7.91
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.3682 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 11168 / CC1/2: 0.797

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
pointless1.11.21データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4V2I

4v2i


解像度: 1.95→64.1 Å / SU ML: 0.1865 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 20.5338
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1981 1658 1.47 %
Rwork0.1672 111445 -
obs0.1676 113103 96.79 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→64.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9566 0 113 784 10463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00939958
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.920713613
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05591546
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00961795
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.65081428
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.010.26451360.24459194X-RAY DIFFRACTION96.38
2.01-2.070.25961360.21799184X-RAY DIFFRACTION95.99
2.07-2.150.2521400.20219161X-RAY DIFFRACTION95.93
2.15-2.230.22271400.18419202X-RAY DIFFRACTION96.4
2.23-2.330.23961380.1719305X-RAY DIFFRACTION96.86
2.33-2.460.2091400.16199267X-RAY DIFFRACTION97.17
2.46-2.610.21811310.15539291X-RAY DIFFRACTION96.77
2.61-2.810.18491370.15359333X-RAY DIFFRACTION97.05
2.81-3.10.19191430.15329349X-RAY DIFFRACTION97.46
3.1-3.540.2071410.169315X-RAY DIFFRACTION97.09
3.54-4.460.15961380.14999361X-RAY DIFFRACTION97.13
4.46-64.10.18231380.17479483X-RAY DIFFRACTION97.21
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 54.2926272693 Å / Origin y: 0.648329264225 Å / Origin z: 64.4391974898 Å
111213212223313233
T0.183580045839 Å2-0.00879785407355 Å20.0107327047214 Å2-0.202758425385 Å2-0.00551766386643 Å2--0.190367714203 Å2
L0.148798568674 °20.0684298191943 °20.0559805835696 °2-0.206285621418 °20.0305405291553 °2--0.175648412674 °2
S-0.0191871070666 Å °-0.0413778723272 Å °-0.0225732360708 Å °-0.0207706917048 Å °-0.0089725527981 Å °0.0192192781491 Å °0.0290065838378 Å °-0.0490920443423 Å °0.031698854408 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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