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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zir | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of hnRNPDL amyloid fibrils | ||||||||||||
![]() | Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D-like | ||||||||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / Amyloid / Protein aggregation / Alternative splicing / Exon / Prion-like / LGMD1G / cryoEM structure | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() poly(G) binding / poly(A) binding / RNA processing / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / spliceosomal complex / single-stranded DNA binding / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / DNA binding / RNA binding ...poly(G) binding / poly(A) binding / RNA processing / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / spliceosomal complex / single-stranded DNA binding / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | ||||||||||||
![]() | Garcia-Pardo, J. / Chaves-Sanjuan, A. / Bartolome-Nafria, A. / Gil-Garcia, M. / Visentin, C. / Bolognesi, M. / Ricagno, S. / Ventura, S. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of hnRNPDL-2 fibrils, a functional amyloid associated with limb-girdle muscular dystrophy D3. 著者: Javier Garcia-Pardo / Andrea Bartolomé-Nafría / Antonio Chaves-Sanjuan / Marcos Gil-Garcia / Cristina Visentin / Martino Bolognesi / Stefano Ricagno / Salvador Ventura / ![]() ![]() 要旨: hnRNPDL is a ribonucleoprotein (RNP) involved in transcription and RNA-processing that hosts missense mutations causing limb-girdle muscular dystrophy D3 (LGMD D3). Mammalian-specific alternative ...hnRNPDL is a ribonucleoprotein (RNP) involved in transcription and RNA-processing that hosts missense mutations causing limb-girdle muscular dystrophy D3 (LGMD D3). Mammalian-specific alternative splicing (AS) renders three natural isoforms, hnRNPDL-2 being predominant in humans. We present the cryo-electron microscopy structure of full-length hnRNPDL-2 amyloid fibrils, which are stable, non-toxic, and bind nucleic acids. The high-resolution amyloid core consists of a single Gly/Tyr-rich and highly hydrophilic filament containing internal water channels. The RNA binding domains are located as a solenoidal coat around the core. The architecture and activity of hnRNPDL-2 fibrils are reminiscent of functional amyloids, our results suggesting that LGMD D3 might be a loss-of-function disease associated with impaired fibrillation. Strikingly, the fibril core matches exon 6, absent in the soluble hnRNPDL-3 isoform. This provides structural evidence for AS controlling hnRNPDL assembly by precisely including/skipping an amyloid exon, a mechanism that holds the potential to generate functional diversity in RNPs. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 14738MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45804.266 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: hnRNPDL-2 amyloid fibrils / タイプ: COMPLEX 詳細: Fibril structure of the recombinantly produced full-lenght Heterogeneous ribonucleoprotein D-like (hnRNPDL) isoform 2 Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.23 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Diluted sample of hnRNPDL2 amyloid fibrils formed under native conditions. | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 120000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1114 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -4.8 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.8 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 158493 | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54490 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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