PDB-7zip: JC Polyomavirus VP1 in complex with 3'-Sialyllactose glycomacromo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zip

タイトル

JC Polyomavirus VP1 in complex with 3'-Sialyllactose glycomacromolecules (aliphatic linker)

要素

Major capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

Complex /

Sialic acid (シアル酸) /

Capsid protein (カプシド)

機能・相同性

機能・相同性情報

caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Betapolyomavirus hominis (BKウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Freytag, J. / Mueller, J.C. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2022
タイトル: Synthesis of Homo- and Heteromultivalent Fucosylated and Sialylated Oligosaccharide Conjugates via Preactivated N -Methyloxyamine Precision Macromolecules and Their Binding to Polyomavirus Capsid Proteins.
著者: Konietzny, P.B. / Freytag, J. / Feldhof, M.I. / Muller, J.C. / Ohl, D. / Stehle, T. / Hartmann, L.

履歴

登録	2022年4月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zip.cif.gz	283.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zip.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zip.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/7zip ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/7zip	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zilC 7zimC 7zinC 7zioC 7ziqC 4mj1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Major capsid protein VP1

BBB: Major capsid protein VP1

CCC: Major capsid protein VP1

DDD: Major capsid protein VP1

EEE: Major capsid protein VP1

ヘテロ分子

152 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.734, 152.505, 62.952
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質

Major capsid protein VP1 /

/ Major structural protein VP1

分子量: 30261.039 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Betapolyomavirus hominis (BKウイルス)
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03088

#2: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖, Oligosaccharide

オリゴ糖
クラス: 栄養素

栄養素 / 分子量: 633.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照:

BIRD: PRD_002415

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 816 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.25 M LiCl, 18% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→48 Å / Num. obs: 110486 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.42 % / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 13.04
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / Num. unique obs: 17558 / CC_1/2: 0.63 / R_rim(I) all: 1.27

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MJ1

4mj1

解像度: 1.9→47.963 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 3.857 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2155	5525	5.001 %
R_work	0.1721	104961	-
all	0.174	-	-
obs	-	110486	99.905 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.791 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.31 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.442 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.869 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.963 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9805	0	32	816	10653

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	10185
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	9078
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.564	1.654	13906
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.347	1.573	21149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.682	5	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.041	22.97	505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.5	15	1585
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.281	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	11546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	8496
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	4793
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	4367
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	589
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.157	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.179	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.221	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.116	2.765	5181
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.116	2.764	5180
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.026	4.124	6467
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.026	4.125	6468
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.718	2.986	5004
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.717	2.985	5002
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.05	4.387	7419
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.048	4.387	7419
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.321	32.26	10766
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.272	32.062	10664

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.948	0.339	400	0.315	7585	X-RAY DIFFRACTION	99.1187
1.948-2.002	0.287	392	0.259	7451	X-RAY DIFFRACTION	100
2.002-2.06	0.267	383	0.23	7279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.123	0.24	372	0.214	7077	X-RAY DIFFRACTION	100
2.123-2.192	0.263	362	0.198	6882	X-RAY DIFFRACTION	99.9724
2.192-2.269	0.23	349	0.186	6621	X-RAY DIFFRACTION	99.9857
2.269-2.355	0.224	339	0.178	6446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.355-2.451	0.228	325	0.171	6169	X-RAY DIFFRACTION	99.9692
2.451-2.559	0.249	312	0.172	5935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.559-2.684	0.229	300	0.16	5691	X-RAY DIFFRACTION	99.9833
2.684-2.828	0.2	285	0.152	5423	X-RAY DIFFRACTION	99.9825
2.828-2.999	0.208	272	0.158	5169	X-RAY DIFFRACTION	99.9449
2.999-3.206	0.215	253	0.163	4800	X-RAY DIFFRACTION	99.8617
3.206-3.461	0.208	238	0.166	4528	X-RAY DIFFRACTION	100
3.461-3.79	0.201	220	0.163	4168	X-RAY DIFFRACTION	100
3.79-4.234	0.162	200	0.134	3815	X-RAY DIFFRACTION	100
4.234-4.882	0.144	178	0.12	3378	X-RAY DIFFRACTION	100
4.882-5.964	0.191	151	0.161	2875	X-RAY DIFFRACTION	99.967
5.964-8.37	0.248	121	0.186	2290	X-RAY DIFFRACTION	99.8757
8.37-47.963	0.257	73	0.2	1379	X-RAY DIFFRACTION	99.8624

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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