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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zii | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human tryptophan hydroxylase 1 in complex with inhibitor KM-05-193 | ||||||
要素 | Tryptophan 5-hydroxylase 1トリプトファンヒドロキシラーゼ | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / tryptophan hydroxylase (トリプトファンヒドロキシラーゼ) / serotonin biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of hemostasis / トリプトファンヒドロキシラーゼ / tryptophan 5-monooxygenase activity / Serotonin and melatonin biosynthesis / aromatic amino acid metabolic process / serotonin biosynthetic process / platelet degranulation / bone remodeling / NGF-stimulated transcription / negative regulation of ossification ...regulation of hemostasis / トリプトファンヒドロキシラーゼ / tryptophan 5-monooxygenase activity / Serotonin and melatonin biosynthesis / aromatic amino acid metabolic process / serotonin biosynthetic process / platelet degranulation / bone remodeling / NGF-stimulated transcription / negative regulation of ossification / response to immobilization stress / positive regulation of fat cell differentiation / mammary gland alveolus development / 概日リズム / neuron projection / iron ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62800050605 Å | ||||||
データ登録者 | Schuetz, A. / Mallow, K. / Nazare, M. / Specker, E. / Heinemann, U. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Structure-Based Design of Xanthine-Benzimidazole Derivatives as Novel and Potent Tryptophan Hydroxylase Inhibitors. 著者: Specker, E. / Matthes, S. / Wesolowski, R. / Schutz, A. / Grohmann, M. / Alenina, N. / Pleimes, D. / Mallow, K. / Neuenschwander, M. / Gogolin, A. / Weise, M. / Pfeifer, J. / Ziebart, N. / ...著者: Specker, E. / Matthes, S. / Wesolowski, R. / Schutz, A. / Grohmann, M. / Alenina, N. / Pleimes, D. / Mallow, K. / Neuenschwander, M. / Gogolin, A. / Weise, M. / Pfeifer, J. / Ziebart, N. / Heinemann, U. / von Kries, J.P. / Nazare, M. / Bader, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zii.cif.gz | 100.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zii.ent.gz | 58.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zii.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/7zii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/7zii | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37424.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: catalytic domain of human TPH1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPH1, TPH, TPRH, TRPH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P17752, トリプトファンヒドロキシラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 化合物 | ChemComp-IVQ / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.45 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% w/v PEG 3350, 200 mM potassium formate pH 7.3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.628→29.5515963785 Å / Num. obs: 39546 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 17.8251303948 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0669 / Net I/σ(I): 14.71 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.7235 / Num. unique obs: 3859 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1mlw 解像度: 1.62800050605→29.5515963785 Å / SU ML: 0.169431605722 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3544379811 / 位相誤差: 20.1215586376
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.8363252539 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62800050605→29.5515963785 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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