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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zic | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CYP125 from Mycobacterium tuberculosis in complex with an inhibitor | ||||||
要素 | Steroid C26-monooxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / CYP / CYP125 / P450 / Cholesterol / oxidase / inhibitor / complex / Cytochrome / tuberculosis / MTB / Mycobacterium / monooxygenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / biological process involved in interaction with host / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Snee, M. / Levy, C. / Kavanagh, M. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of CYP125 from Mycobacterium tuberculosis in complex with an inhibitor 著者: Kavanagh, M. / Snee, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zic.cif.gz | 917.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zic.ent.gz | 642.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zic.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zic_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zic_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zic_validation.xml.gz | 53.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zic_validation.cif.gz | 76.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/7zic ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/7zic | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 46663.383 Da / 分子数: 3 / 変異: None / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: cyp125, cyp125A1, Rv3545c, MTCY03C7.11 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 参照: UniProt: P9WPP1, cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25S)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] |
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-非ポリマー , 6種, 694分子
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 % / 解説: rough "boulder like" chunks |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.1M Mes pH 6.2, 1.9M Ammonium sulphate / Temp details: 4C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: N2 cryostream / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→144.13 Å / Num. obs: 104289 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 33.4 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.898 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 5050 / CC1/2: 0.518 / Rpim(I) all: 0.731 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2XN8 解像度: 1.9→72.06 Å / SU ML: 0.2507 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.1291 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→72.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 29.5663890974 Å / Origin y: -4.40434136692 Å / Origin z: 38.1904031996 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |