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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zhx | ||||||
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タイトル | Leishmania donovani Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase (N-terminal deletion variant)complexed with NADP(H) | ||||||
![]() | Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Trypanosoma / Leishmania donovani / Glucose 6-Phosphate Dehydrogenase / G6P / NADP(H) / pentose phosphate pathway | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+) / glucose-6-phosphate dehydrogenase activity / pentose-phosphate shunt, oxidative branch / glucose metabolic process / NADP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fritz-Wolf, K. / Berneburg, I. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Leishmania donovani glucose 6-phosphate dehydrogenase reveals a unique N-terminal domain. 著者: Berneburg, I. / Rahlfs, S. / Becker, K. / Fritz-Wolf, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 149.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 916.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 930.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 56793.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: g6pdh / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A2CIL3, glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+) |
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-非ポリマー , 5種, 391分子 ![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-NDP / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.55 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 6 % PEG 3000, 200 mM AmCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→47.3 Å / Num. obs: 58616 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 33.36 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Num. unique obs: 32174 / CC1/2: 0.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: D_1292122100 解像度: 1.9→47.3 Å / SU ML: 0.2316 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.9475 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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